紅軍將新編第十四師魯大昌部守臘子口及花岡之線的部隊擊潰，進入甘肅境內。胡宗南這才弄清紅軍先頭部隊萬餘人是紅一方面軍，而不是紅四方面軍，便急帶第一師四個旅向甘南尾追紅軍。
9月24日，薛嶽在文縣接朱紹良等來電，判定入岷紅軍為紅一方面軍，紅四方面軍已退回毛兒蓋。次日，蔣介石電令，將胡宗南縱隊調回甘肅天水，第二路軍全部回師川西，限令薛嶽於10月8日到成都接受新任務。
在成都，蔣介石先後召見薛嶽三次，除要他與張學良、劉湘交流對紅軍作戰經驗外，還命薛嶽率第二路軍八個師東開川、鄂邊，進攻紅二、六軍團賀龍部。薛嶽只好率部沿嘉陵江順流而下重慶，完成川北陝南包圍圈。誰知薛部尚未與賀龍紅軍照面，川西突然戰事吃緊。
四、川西阻擊，長追未果
此時，紅軍內部，為北上還是南下，展開激烈的鬥爭。
1935年8月初，中共中央在四川松藩縣毛爾蓋附近的沙窩召開政治局會議，會議重申了兩河口會議確定的集中主力北上，建立川、陝、甘根據地的方針。中共中央為貫徹此方針，將紅軍分為左、右兩路軍北上，但擔任紅軍總政委的張國燾卻拒絕北上。
由於張國燾的錯誤主張，造成紅軍內部出現分裂。毛澤東率領的中央紅軍堅持北上抗日的主張，已於10月19日到達陝北吳起鎮，與紅十五軍團勝利會合，並粉碎了蔣介石對陝甘邊區的“圍剿”。
而頗有個人野心的張國燾卻於10月5日在阿壩另立“中央”，成立臨時中央委員會，自任為總書記。他反對北上抗日的主張，命令紅四方面軍和紅一方面軍的一部分共八萬多紅軍，向南開進，開啟通往天全、蘆山的道路，實現其在川康邊建立根據地的計劃，並於10月7日釋出了《綏崇丹懋戰役計劃》。
歷時十餘日的該戰役，紅軍擊潰敵楊森、劉文輝所部共17個團，斃、俘敵約3000人，佔領懋功、丹巴兩城及懋功屬之綏靖、崇化、撫邊三屯和達維、日隆關等要鎮。紅軍暫時的勝利，使張國燾頭腦更加發熱。他隨即於10月20日釋出了《天（全）蘆（山）名（山）雅（安）邛（崍）大（邑）戰役計劃》。由於紅軍的英勇作戰，該戰役最初取得了暫時的勝利。紅軍先後奪取了寶興、天全和蘆山。
對於紅軍在四川的軍事行動，以劉湘為首的川軍軍閥採取的是與自己利益“無直接衝突時就自保實力”的方針。因此，他在軍事部署上從川西北到川西南千餘里戰線上，都重在防堵。紅軍進入川西平原，成都告急，重慶震動。觸動了劉湘的根本利益，引起了他的極大恐慌。為保障成都平原，他急調所有川軍主力部隊，企圖阻止紅軍前進。
紅軍方面集中了17個團的兵力，共約2萬餘人。川軍前線作戰部隊合計16個旅，共39個團及一些獨立營，近10萬人。敵我雙方力量對比發生傾斜。由此，一場規模巨集大的戰役在百丈關一線拉開了序幕。
百丈關位於名山至邛崍間的大路上，是雅安通向成都的必經之地。這一帶基本上是小丘陵，地勢開闊，除了靠近百丈關的挖斷山是橫斷公路的一座小山，其餘無險可守。這樣的地形適合大兵團作戰，而不利於擅長游擊戰和山地攻堅戰的紅軍。
11月16日，川軍以六個旅20個團的兵力，在飛機大炮的掩護下向紅軍陣地猛攻。紅軍指戰員忍耐著連日作戰的疲勞與優勢之敵殊死搏鬥，子彈打光了就用大刀。方圓十餘里內的水田、山丘、溝壑都成了敵我爭奪的戰場，殺聲震天，屍橫遍野……
經過近五天的反覆爭奪，21日夜，紅軍撤離百丈鎮。
百丈決戰是紅軍南下以來打得最激烈、最殘酷的一場惡戰，也是紅軍南下以來從進攻轉入防禦的一個轉折點。在該戰役中，紅軍傷亡近萬人，殲滅國民黨軍15000人。
就在百丈關血戰中，蔣介石在重慶設立重慶行營，進行統一指揮。為保衛成都，他不僅調動20萬的川軍來阻擊，而且還於11月10日，急命薛部折回川西，參加應對紅軍的戰鬥。