蔣介石分析道，紅一、四方面軍會合後，兵力最多不會超過五六萬人，而分據千餘里地區，處處佈防，處處薄弱。目下四川各路修碉圍困封鎖，赤區日漸縮小。區內氣候奇寒，糧荒嚴重，紅軍在此地區生根不易，固守殊難，最有可能向西北轉移。因此，薛部的任務一是堵截紅軍向西北轉移，二是及時在甘南阻擊紅二十五軍。
蔣介石還特別強調，中央軍官兵與川軍比肩作戰時應友好相處，毋存歧視態度，各部隊長要以身作則，指導部署。同時，將第三路軍第二縱隊（胡宗南部）改歸薛嶽的二路軍指揮。
胡宗南部原是十九路軍改編而成，有三個師，官兵多是廣東人，機動能力強，薛嶽指揮起來比較順手。此時，薛嶽在川甘邊的堵截兵力相當於13個師，有10餘萬人。
這是蔣介石入川以來的最重要的一次部署，一方面集中入川的中央軍全力在川甘邊堵截，企圖和紅軍決一雌雄；另一方面派李韞珩進入西康接受劉文輝防地，企圖將來與藏軍對峙，顯示中央軍力已至邊陲；同時將川康軍改編為國軍，逐步結束川軍的割據局面。
為了掌握甘肅地勢，薛嶽率部頂著酷暑烈日，8月13日自江油北行，於24日到達甘肅文昌、武都地區，與胡宗南部取得聯絡。
這一路走來，盡是崇山峻嶺，深谷湍流，羊腸小道，蜿蜒其間，尤為贛湘滇黔諸省未見。官兵們徒步行軍，已感困難，軍資運輸，更成問題。薛嶽不得不命令士兵，甚至僱用民夫，用肩扛背馱，確保糧食運往前方。一旦碰上下大雨，河水暴漲，運輸跟不上，前方的隊伍就得捱餓，有些士兵發牢騷說：“寧願戰死沙場，也不願餓死山谷。”
薛嶽到達貧困的甘肅文縣，由於糧食缺乏，也只好以包粟烤餅和稀飯充飢。在此情況下，薛嶽、周渾元、吳奇偉、胡宗南等分別向蔣介石訴苦，請組織鐵肩隊運糧上前方。
鐵肩隊有兩個支隊共兩萬餘人，是蔣介石為追堵與包圍紅軍專門組織的一支戰略輔助隊伍，也是他支援中央軍的特殊組織。蔣介石接到薛嶽等的請求後，命令鐵肩隊迅速行動，做好中央軍的後勤保障，但因山高路險，氣候異常，仍接濟不上。
反觀紅軍沒任何後勤保障，其長征是如何的艱難。
為了對付紅四方面軍，薛嶽把吳奇偉部和胡宗南部進行聯防，構成川西北的“平松防線”，東起古江油關、西經平武八河場（屬吳縱隊），八河場以西經松藩、包座（屬胡縱隊）。
胡宗南見紅軍主力動向不明，非常著急，便派出一個營向毛兒蓋進行搜尋式偵察。該營遭紅軍痛擊而敗撤後，胡宗南不僅不惱，反而高興。他向薛嶽報告說，已大致瞭解紅軍的準確地點，他們不可能走草地，一定走松藩，否則自取滅亡。
薛嶽因而建立層層封鎖線，並做好藏族上層人士的工作，想把紅軍困死在松藩一帶。
9月中旬，由於川軍第三路在疊溪封鎖紅區取得“成效”，紅軍糧荒嚴重，蔣介石在疊溪召開有各部隊參謀長或高階幕僚參加的所謂“封鎖會議”，相互交流作戰經驗。
蔣介石除規定藏民區堅壁清野外，還惡狠狠地規定兩條禁令：一是前線軍民有偷運糧食到紅區者處死；二是藏民有參加紅軍者以“通敵罪”論處。
會議期間，薛嶽接到蔣介石的祕書長楊永泰的來電說，紅軍日食野菜，久缺食鹽，飢寒交迫，行將瓦解，希轉告前線將領最後堅持，“完成八年茹苦含辛，安邦定國之豐功”。誰知沒過幾天，他又突接到胡宗南來電，該縱隊騎兵團在草地邊緣搜尋，進抵巴西附近發現紅軍一部已過草地。
薛嶽慌了，一面電告胡宗南，速令伍誠仁的四十九師由包座向巴西方面出擊，乘紅軍後續未到前進行猛襲，一面電告大昌加緊佈防，別讓紅軍跑了。
蔣介石根本沒想到紅軍會通過幾百里無人煙的草地，進行大迂迴運動。當得知紅軍如天兵般出現在班佑河邊的巴西地區、大敗胡宗南的四十九師後，他怒電薛嶽、胡宗南將四十九師伍誠仁撤職，由副師長李及蘭升代。