車子開到延安路拐彎，然後一直開到定安路杭州市公安局。他們將毛寧帶到一間很大的值班室，裡面有床。高公安對毛寧說，你先在這裡休息一會兒，說完就出去了。
毛寧是個性格開朗的人，雖然已經坐在公安局的值班室裡，但他根本沒有意識到這就是抓捕，他也沒有想到自己從這一刻起已成為甕中之鱉。
十點多時，進來了好幾個身穿便衣的公安人員，每個人都面無表情。其中一個公安人員向毛寧宣佈：因“總理遺言”案，從現在開始對你進行保護性審查。當時既無書面檔案，也沒有讓毛寧簽字認可。
毛寧一聽這話就炸了，站起來就要往門外衝，嘴裡嚷道：總理遺言案和我有什麼關係？你們抓錯人了吧？不行，我今天一定要回家，我女兒才兩歲多，我爸住在醫院裡，我妹還小，我老婆在鄉下學農勞動，我不回家這一家老小怎麼辦？
公安人員的嗓門也大了起來：坐下！，你要弄清楚你是在什麼地方，這裡是公安局！不是你想來就來想走就走的地方。
毛寧一下子就傻了，他看著面前一個個身穿便服，神情嚴肅的公安人員，心裡意識到事情恐怕不像自己想象的那麼簡單。
當天晚上毛寧的家就被抄了。聽毛寧的敘述，公安局抄他的家還算手下留情，他當時和父親、妹妹都住在一起，但警察只抄了他和他老婆的房間。警察問毛寧有沒有文字記載的東西，毛寧說我從不記日記，但我當班主任，有工作筆記。警察一聽筆記眼睛就發亮，當下就抄走了毛寧當班主任的所有工作筆記，裝了滿滿一網線袋。
這一宿，毛寧徹夜未眠。第二天，審問開始了。審問的所有問題全部圍繞“總理遺言”：你家中的“總理遺言”是從哪裡來的？你最早是在何時何地看到“總理遺言”的？當時有何人在場？你又傳給了什麼人？毛寧說最痛苦的是要他回憶從1月8號周總理逝世以後每一天干的事情。公安人員給了毛寧一本小檯曆，要他看著這個檯曆一天一天地回憶。從1月8號開始，每回憶清楚一天的所作所為，就用大頭針在這一天的號碼上戳一個眼。有時一個眼戳過去，他以為可以過關了，審問者又會突然冒出一個新問題從頭再來，反覆折騰後再戳上一個眼。當檯曆上的阿拉伯數字被一個個針眼戳得百孔千瘡時，毛寧幾乎有一種要崩潰的感覺。其實他根本記不起已經過去的日子裡一天天的細枝末節，他是個大大咧咧的人，聽到那種幾月幾號幾點幾分你在哪裡在幹什麼與誰在一起有誰可以證明等等問題，他腦門上的大頭痱子都要爆出來了。而且你曾經說過什麼，或者在交代材料上寫過什麼，你一定要記清楚，審問的公安人員常常會在事隔三五天後突然挖出已經問過的問題重新問一遍，假如你的回答與以前的回答不相符，那麼他們就會揪住不放，沒完沒了。