蕭瑀被李世民授為御史大夫，職掌御史臺。御史臺主要負責糾察百官之失，巡按州縣之風，為朝廷的監察機構。蕭瑀此前為特進，列文散官正二品，且參預朝政，有宰相職之實。李世民這樣做，是看中了蕭瑀的秉性忠直、端正耿介，讓其在這個崗位上發揮作用。
李靖將磧口的事情安頓好之後，留下蘇定方負責鎮守定襄城，帶領從人回京城覆命。此時李世、李大亮、張公謹、柴紹、薛萬徹已帶領本部兵馬返回原來駐地。當李靖到達渭水南岸的時候，侯君集奉李世民之令在此迎候，樂工們吹吹打打將李靖等人送入京城。
蕭瑀此時求見李世民，奏道：“陛下，李靖平復東突厥，其功大焉。然其御軍無法，亦有大罪。”
“御軍無法？李靖號稱兵法大家，蕭公這樣說，能令人信服嗎？”
“李靖領兵襲破頡利牙帳，卻放縱兵士，任其放手搶掠，將突厥珍物擄掠俱盡。李靖此次回京，聽說僅帶五車珍寶以歸國庫。陛下若不信，待李靖面君之時，自可查問清楚。”
李世民抬頭思索片刻，緩緩說道：“是啊，打從隋煬帝開始，突厥獲得了多少珍寶。五車？五百車也不止呀。”
李世民心裡一動，想起自己以往征戰之時，所獲得的珍寶何止千萬。這些珍寶除了可以賞賜給有功將士之外，自己還可以私下昧下一部分，至於上繳國庫，當然寥寥無幾了。當初攻破洛陽時，自己奉李淵之命將所獲珍寶賞給有功將士，不料還是被李元吉、尹德妃等人到李淵那裡累進讒言。李靖今日這樣做，若他果真是御軍無法也就罷了，可李靖素來治軍甚嚴，他沒有道理任手下將士肆意搶掠呀。想到這裡，李世民的心頭上忽然現出四字——“收買人心”。
李靖若果真起了收買人心的心思，事情就麻煩了。要知道李靖以軍機縱橫天下，他現任兵部尚書，手綰兵權，若任其發展，漸漸成了氣候，的確是一件麻煩事兒。李世民這些年始終對李靖保持警惕之心，其原因有兩個：一是李靖能力太強，二是他在玄武門之變前夕不肯向自己效忠。李靖此次用兵一萬，就將為禍中土多年的東突厥給滅掉了。訊息傳回來，許多人都讚道：“李靖用兵真如神啊。”那份景仰之情，與自己當初為秦王時的風光無二。李世民此時又忽然想起三國時的司馬懿，那司馬懿起初對曹魏沒有異心，立功頗多，然最終還是將曹家的江山給奪了去。
李世民的這番心思波動未在臉面上顯現出來，他靜靜地對蕭瑀說道：“李靖畢竟破了頡利，有此功勞，其他的都是末節。朕知道這件事情了，自會妥善處理。蕭公，御史臺不可因此事彈劾李靖。”
蕭瑀很不服氣，說道：“有功必賞，有罪必罰。李靖破敵有功，然亦有失，應該責之。陛下一向賞罰分明，緣何在這件事情上搖擺不定？”
李世民嘆了一口氣，說道：“治理好一個國家，若一味用剛直的法子，有時候效果並不好。蕭公，你不可再爭，這件事兒就這樣定了。若御史臺再有人彈劾此事，朕唯你是問。”
蕭瑀只好悻悻而退。
第二日，李靖入朝獻捷。當著群臣之面，李世民面露微笑，將李靖大為讚揚了一番。加李靖為左光祿大夫，賜絹千匹，增食邑一百戶。散朝之後，李世民讓李靖入東暖閣，單獨召見他。
李靖滿心想李世民精於戰事，現在單獨見自己定是詢問戰事的細節。孰料他一入閣就感覺氣氛不對，只見李世民臉色嚴肅立在案前。
李靖拜畢，李世民沉聲問道：“藥師兄，你知罪嗎？”
李靖頓時丈二金剛摸不著頭腦，只好躬身答道：“臣不知。”
“你襲破頡利有功，朕剛才已經賞了你。然你御軍無法，將突厥珍寶擄掠俱盡，這是不是罪過？”
李靖自從與李世民接觸以來，李世民每每皆是和顏悅色，從沒有如此疾言厲色的時候。他抬頭觀察李世民的神色，只見他臉色鐵青，十分動怒，遂跪下奏道：“此次會戰皆在夜色中進行，將士們趁亂收起一些珍寶，那也是有的。陛下，臣後來在軍中嚴令，讓將士們主動上繳，並造冊登記，算是彌補了一些過失。”
“中土這些年輸往突厥珍寶無數，緣何僅有區區五車運回？”
“頡利這些年為收買其他部落，已出珍寶無數，所剩亦寥寥無幾了。”
“你還敢強辯？”李世民一拍案子，惱怒更甚，“這件事兒若是長孫順德、尉遲敬德等人為帥放縱而成，尚情有可原，然發生在你李藥師的治下，太不應該。你身為兵部尚書，又是此戰的主帥，天下皆知你治軍最嚴，然偏偏發生了這件事兒。朕少一些珍寶並不可惜，最為痛心的是因此壞了我軍的規矩。朕讀過你那三卷兵書，其中開篇說道‘馭軍之法，以嚴格為要’，你的這番言語，難道僅僅讓別人看的，而自己卻另做一套？”
李靖見李世民動了真怒，叩首道：“臣知錯了，請皇上降罪處罰。”
李世民依然慷慨激昂：“朕不罰你！你今日回府，將你那三卷兵書好好溫讀數遍，靜思其過。”說完，他拂袖而去，將李靖晾在當地。
頡利那晚乘千里馬帶領數人逃出磧口，向西面逃去。他思來想去，感到四面楚歌，無處落腳。北面是薛延陀、回紇等部落，正西面是西突厥，東面、南面已成唐土。他想越過隴西，去投奔與大唐為敵的吐谷渾。行到半路，忽然一拍腦袋，罵自己：簡直弄昏了頭，怎麼把阿史那社爾給忘記了？
阿史那社爾是處羅可汗的次子，是頡利的侄子。當初處羅可汗主政時，將其派往靈州之西北建牙，其部落有五萬餘家。頡利繼承處羅的汗位，阿史那社爾與其來往不多，獨力發展，倒是相對安定。
頡利在此惶惶然之際，決定先到阿史那社爾那裡安身，然後相機說動阿史那社爾去投奔吐谷渾，也算有了一些與吐谷渾結盟的資本，再徐圖發展。
不想阿史那社爾另有打算。他近兩年來日益感到唐朝的強大，駐守在靈州的任城王李道宗和行軍副總管張寶相日益向北擠壓，使他感到處境越來越窘迫。眼下頡利獨身逃此，則昔日強盛的汗國不復存在。阿史那社爾深知自己今後有被滅和投降兩途，比較起來，及早出降還能全其部落。若降於薛延陀、回紇、吐谷渾等部落，只會落下被奴役的命運。而大唐素來心胸寬闊，對待異族並不歧視，使他堅定了降唐的信念。一日深夜，他令人綁起頡利，然後親自押送，前往長安去見李世民。
李世民見阿史那社爾來降，頓時大喜，授其為左驍衛大將軍，讓其部落仍然居住在靈州之西北。對於頡利，李世民卻是另外一番手段。
李世民這日登上順天樓，樓內擺滿了各種珍奇文物，奢華至極，其身邊隨侍有房玄齡、長孫無忌、蕭瑀、陳叔達、王珪、溫彥博、魏徵等人。李世民入樓後坐定，讓唐儉去喚頡利。
頡利無精打采上了樓，只見他神情委頓，失去了以往的跋扈飛揚之色，見了李世民趕忙屈身行禮。
李世民說道：“免禮。頡利，我們自便橋盟約之後，算來近四年時間。遙想當初你號稱百萬精兵，緣何敗亡如此之速也？”
頡利低頭不答。
李世民手指樓內珍寶，說道：“頡利，朕今日見你並非滿心喜歡，心中其實很替你悲哀。這些年，你從中土索走多少珍寶？然珍寶沒有窮盡的時候，你看，這裡還有滿樓的珍寶，可惜你再也拿不走了。你眼中只有珍寶沒有其餘，這正是你將偌大一個汗國折騰得覆亡的原因。”
頡利嘟囔了一句：“你們中土有句話，叫做‘成者為王，敗者為寇’，到了現下這個地步，我無話可說。”
李世民立起身來，義正辭嚴斥責道：“你無話可說？朕卻有話說。你即位時間不長，卻犯下了五項大罪：一者，你藉父兄之業，不思創業，不思守成，反而縱逸**虐，此為你亡國的根本原因；二者，你數與我國相盟，動輒違背；三者，你恃強好戰，暴骨如莽；四者，你縱騎毀我莊稼，掠我子女；五者，前時我寬宥你罪，意圖存你社稷，然你拖延不來。此五罪僅犯其一，即可將你斬殺。”
頡利被解入京城之後，自知罪過太大難逃一死，早已麻木不仁。他聽了李世民的話，心裡並不害怕，淡淡說道：“我有罪當斬，並不乞求活命。唯我那些流離失所的族人，請求陛下妥為安頓。”
李世民心中暗暗讚道：頡利說出這番話，還算有點硬漢本色。他又復坐下，緩緩說道：“你知罪就好，然朕並不斬你。知道為何嗎？你自從渭水便橋盟約之後，並未大舉入侵，使我邊境保持相對安定。僅從這一點，朕就免了你的死罪。”李世民口裡這樣說，心裡卻不這樣想。他所以免了頡利的死罪，有更深的用意。頡利雖暴虐失盡民心，然他為東突厥大汗多年，許多突厥人依舊視其為首領。若將其斬首，勢必引起突厥人的心緒波動，弄不好還要出亂子。
頡利原來抱定了必死之心，聞聽李世民免了自己的死罪，畢竟有求生的願望，禁不住流出了眼淚。
第二日，李世民授頡利為右衛大將軍，並撥給住宅，留住京城。
李世民將李靖晾了數日，方才單獨召見。李世民此時顏色稍和，言辭也很親切，他說道：“上次那件事兒，朕讓你思過，可有什麼結果？”
李靖頓首道：“陛下那日責臣，很是應該。臣御軍無法，使皇上蒙羞，唯望皇上降罪。其實皇上的心意，處罰並非首要，是想讓臣從心底裡覺悟，以從嚴治軍，使大唐之軍成為紀律嚴明之威武雄師。”
李世民微笑道：“藥師兄這樣說，朕心甚慰。你御軍無法，確實有罪。然朕這些日子細細想來，隋朝時史萬歲大破達頭可汗，而隋文帝卻有功不賞，反而因其他小罪將其斬首。朕卻不然，今天要錄你之功，赦你之罪。”
李靖頓首道：“謝陛下寬巨集之恩。”李世民又道：“還有一件事兒。如晦逝去，尚書右僕射的位置就空了下來。朕這些日子思來想去，覺得你是最佳人選。你文武全才，還需到如此重要的崗位上為朕辦事。”
李靖連連推辭：“臣現為兵部尚書，已感覺吃力。尚書右僕射總理軍國大事，職責甚重，臣沒有經驗，恐怕難以負擔，請陛下另擇他人最好。”
“藥師兄，記得你以前說過，人非生來就會打仗。同樣，人非生來就能理政。我心已決，你勿再推辭。至於兵部尚書一職，我想讓侯君集繼任。魏徵曾說過侯君集有相者之才，也該讓他歷練一番了。”
李靖聽到要授侯君集為兵部尚書，他張嘴想說些什麼。然想了想，話終久沒有出口。
李世民察言觀色，問道：“藥師兄莫非有什麼話要說嗎？侯君集能否勝任兵部之事？”
李靖斟章酌句：“侯君集跟隨陛下多年，還是有相當才具的，應該能勝任兵部尚書一職。只是……”
“藥師兄莫非有什麼難言之隱？對了，我讓你經常教授侯君集用兵之法，可侯君集前些時向我埋怨你並不全授。由此來看，你們兩人之間並不是十分和諧，你教授時未盡全力，則責任多在你了。”
李靖聽說侯君集揹著自己告御狀，顏色未改，淡淡說道：“侯君集所言為實，兵法中一些隱微之處，臣確實未加教授。現在中原無事，臣之所教，足以制四夷。他想求盡臣術，是否心中有隱微之處呢？”
李靖的話說得委婉，然李世民能聽出來這樣的含義：侯君集心存異志。
但李世民壓根就不往這方面想，哈哈一笑道：“人若溺於一事，往往求深窮究。侯君集這樣說，也在情理之中，還是藥師兄多心了。若依此推理，藥師兄識軍機之隱微，莫非也心存異志嗎？哈哈，我卻從來沒這樣想過。”
李靖躬身道：“陛下明察秋毫，臣萬萬不能及。”
“嗯，此事就這樣定了。如晦臨終之前，還念著安頓突厥之事。藥師兄，你及早到任，我們還要好好把這件事兒議一議。”
數日後，果然一紙詔書授李靖為尚書右僕射，侯君集為兵部尚書。這日，李世民來到政事堂，與眾宰臣們商量安頓突厥之事。他們剛剛談了幾句，李世民覺得人數太少，不能聽到廣泛的意見，遂讓人去喚身兼學士之人。
人們得知今日的議題，覺得事關重大，先是沉默片刻。
李世民讓溫彥博搬來一沓疏奏，隨手翻檢了一下，說道：“如何安頓突厥，已迫在眉睫，一些臣子已想到此節，紛紛上疏陳述個人意見。這裡面，李大亮、竇靜、李百藥等人說得比較全面。溫卿，你擇要給大家讀上一讀。”
顏師古現以中書侍郎兼職學士，他仔細聽了疏奏中的意見，首先說道：“陛下，臣以為李大亮、竇靜等人說得有理。想那突厥之人豺狼心性，飽則飛去，飢則附人，恍惚來去無常也。臣以為可使他們仍居漠南，但要分散其部落，以弱其勢。對其中族群較大之酋長，可以妻以宗女，以固其心。”
房玄齡當即不贊成：“顏先生此話，又走到老路上了。當初隋文帝就是這樣做的，結果呢？成就了一個強盛的東突厥汗國，為禍中土數十年之久。今天若繼續這樣做，焉知數十年之後會不會又出現一個汗國，這就為後世埋下了隱患。”
群臣連連點頭，覺得顏師古所言不為高招。蕭瑀說道：“戎狄之性，猶如禽獸。其窮困之時，神情哀憐，像隋文帝不能察其本性，撥出富庶之地讓其居住，以致釀成大禍。玄齡說得對，這樣的事兒今後不可再為之了。”
顏師古仍舊不服氣，他起身走到放有奏疏的案前，從其中取出幾本，略略翻了一下，說道：“這些奏疏經過中書省的時候，我逐本翻閱，見其中大部分人的意見，要將這些突厥人盡數遷入中原，分其部落，使他們散居各個州縣，然後教之以耕織，化胡虜為農民，將塞北之地空虛。這樣的做法，實際是採取了強制同化的措施，不顧突厥人的生活習俗，容易釀成大變。且塞北空虛，即使突厥人不在這裡居住，亦擋不住其他部落來此遊牧。依我看，這種做法並不比我的意見高明。”
話說到這裡，已經現出了辯論焦點所在：一是如何妥善安置突厥人；二是塞北歷來為北方遊牧部落襲擾中土的根據地，須防患於未然。
房玄齡嘆了一口氣，說道：“塞北之地不可輕視啊，若處置不好，又成禍亂淵藪，就枉費了這番征戰工夫。想秦始皇一統六國，終對塞北之地無計可施，只好築起了一道長城，試圖將夷狄擋在長城以外，是為無策；至於漢武帝，雖派衛青、霍去病徵討匈奴，且連連取得大捷，然畢竟窮兵黷武，勞民傷財，亦為下策。皇上今日讓我們在這裡議論，就是想找到好法兒，對以往的做法不可簡單仿效。”
李世民坐在一邊，認真傾聽群臣的議論，並不插言。
魏徵立起身來，說道：“突厥世為我國寇盜，為百姓之大仇。若將他們散入中原，極易引起衝突。房僕射，我們固然不可簡單效仿前朝政事，然隋文帝當初安置啟民可汗的法兒，有其合理的地方，只要將其散入漠南，稍加管理，以我國強大的國勢，諒其難成氣候。”看得出來，魏徵極力贊成顏師古的意見，堅決不同意將突厥人散入中原。
王珪這時插話道：“將突厥人散入中原會引起各方衝突，若將他們歸入漠南，畢竟鞭長莫及，極易有變數。唉，這兩種法子各有所長，然也有極大的缺陷。”
溫彥博以前作為唐朝的專使，多次前往東突厥，熟知突厥人的習俗，這幾年又為朝中重臣，視野上相當開闊。他自從入堂一直認真傾聽別人的意見，默默地在那裡思索，未發一言。看到大家在那裡爭執，分成主內遷和主外流兩派，他的思路漸漸明晰起來，於是站起身道：“諸位已經說過了不少，彥博想說說自己的想法。”
李世民這時****話來：“要說眾卿對突厥的熟悉程度，首推溫卿，再一個就是唐儉了。溫卿，你大膽說吧。”