權力鬥爭剛告一段落，孝莊又陷入家庭矛盾的旋流。
如前所述，滿蒙聯姻，是清太祖努爾哈赤在位時定下的既定國策。
大清帝國的建立，蒙古八旗也立下汗馬之功，蒙古王公在清廷政治生活中，一直是一股倚為股肱的力量。
為了確保這種關係代代相傳，也為了保持自己家族的特殊地位，福臨即位不久，孝莊就冊立自己的侄女、蒙古科爾沁貝勒吳克善的女兒博爾濟吉特氏為皇后，順治皇帝條政當年，就大禮成婚，正中宮之位。
自古帝王婚姻，總是帶有明顯的政治色彩，人的喜好與感情則是次要的。
而福臨恰恰缺乏這種胸懷，他更多以自己的好惡來對待這種關係。
皇后博爾濟吉特氏聰明、漂亮，但喜歡奢侈，而且愛嫉妒。
本來，作為一個貴族出身的女子，這些並不是什麼大毛病，但福臨卻不能容忍，堅決要求廢后另立。
這個未成年的皇帝性格十分執拗，儘管大臣們屢次諫阻，仍然堅持己見，毫不退讓。
順治十年（165）八月，孝莊見兒子實在沒有迴轉餘地，只好同意，皇后降為靜妃，改居側宮。
為了消除這一舉動可能帶來的消極政治影響，孝莊又選擇蒙古科爾沁多羅貝勒之女博爾濟錦氏進宮為妃。
但福臨對這位蒙古包裡出來的漂亮姑娘同樣不感興趣
董鄂氏被接入宮中皇貴妃在後宮的地位僅次於皇后，不過福臨對董鄂氏的感情，已到了無以復加的地步。
他認為董鄂氏有德有才，正是理想的皇后人選，因此準備二次廢后。
假如福臨再度廢后，改立董鄂氏，蒙古女人失去中宮主子之位，勢必影響滿蒙關係，傾動大清帝國的立國之基，孝莊毫不猶豫地對兒子的舉動進行了抑制。
結果，母子間出現隔閡，順治皇帝甚至公然下令摳去太廟匾額上的蒙古文字，而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，對於安排自己命運的同族婆婆並無絲毫感激，相反把不幸和怨恨，統統歸集到太后身上，連太后病倒，也不去問候一聲。
對於這一切，孝莊都忍受了。
寬容理解是她的原則。
這種微妙緊張的母子婆媳關係維持了五六年，幸而她有多年的政治經驗和堅毅的性格，清帝國的基業才不致因後宮的傾動而發生動搖。
孝莊這種苦心，福臨與皇后恐怕都不理解，倒是通達人情的董鄂氏能夠體諒孝莊的苦衷，她主動周旋於皇后與皇帝之間，緩和調節雙方矛盾，有時起到孝莊所難以達到的作用。
唯其如此，孝莊有什麼事總是找董鄂氏商量，有什麼話總是找這個兒媳婦說，以至於到後來，婆婆對兒媳幾乎到了不能離開的地步.
順治十四年（1657）十月，董鄂氏產下一子，四個月後不幸夭折，喪子的悲傷使她鬱郁成疾，宮廷矛盾的精神重負使她原來有病的身體更加虛損贏弱。
順治十七年（1660）八月，董鄂氏病故。
皇帝遭此打擊，精神頹落，懨懨無生趣，未出半年，患痘症而逝。