受軍事委員會命，任東征總指揮。
派俞正鵬組織運輸總站部，即任為總站長。
下準備出發令。
中央執行委員會任命周恩來為第一軍第一師黨代表，賀衷寒為第一團黨代表，金佛莊為第二團黨代表，包惠僧為第三團黨代表，徐堅為第三師第四團黨代表，嚴鳳儀為第五團黨代表，蔣先云為第三師第七團黨代表，張際春為第八團黨代表，王逸常為第九團黨代表。
由於東征軍主力回師廣州討伐楊、劉叛亂，國民黨左右兩派又鬥爭尖銳之時，陳炯明趁機糾集起東江、粵南、北江各路反革命軍隊約四萬多人，重新佔領了東江一帶，並企圖進攻廣州。
1925年9月28日，軍事委員會任命蔣介石為東征軍總指揮，以國民革命軍第一軍和第四軍為主力，編成三個縱隊再次東征，由何應欽、李濟深、程潛分別擔任第一、二、三縱隊長。由於國民革命軍已有六個軍的兵力，所以這次東征黃埔學生未編入，仍留校學習。但抽出兩個大隊的學生做廣州市和虎門要塞的防守部隊。汪精衛繼廖仲愷任黃埔軍校黨代表，因周恩來任第一軍政治部主任隨軍東征，軍事委員會復任命邵力子為黃埔軍校政治部主任，留校負責工作。
附蔣介石下準備出發令
(一)此次出征東江，分三期出發，第一期為十月一日，第三師全部及第二師第四團出發。第二期為十月五日，第一師全部及軍部出發，第二師第五團第一、二營開駐省城警戒。第三期為十月九日，其他各部隊出發。(二)各師團營出征官佐、士兵花名冊，限出發三日以前呈報軍部。(三)各師團營伕役，每名支工銀十二元，另津貼伙食六元，共支十八元。(四)各師團營官佐士兵，每人每月津貼米銀二元四毫，另加菜銀六毫，自出發之日起算。(五)行軍費，團部每月四百元，營部每月八十元，各連每月三十元，概自出發之日起算。又行軍時茶水、諜報、帶路、稻草及零星雜支，均歸行軍費內開支，歸入臨時計算報銷。(六)各師團營火把筒，由各該師團營自備，每班一個，但第四團歸軍部備。(七)出征時各師團營，得設定差遣員，師部三員，每團二員，每營一員，均月支准尉薪三十元。(八)現在已經準備出征，各師團營各級軍官佐，不準稽留省城，投考航空學校。(九)對於挑夫，不準任意責打，並不準拉夫，如敢故違，撤職嚴懲；士兵違者，該管長官亦受處分。(十)出征部隊各級官佐，如有家眷住省，應將住址彙報軍部經理處，準按月提前代理支薪水三分之二，由經理處於發薪時扣除。(十一)出征部隊，由經理處提前發給伙食軍費等半個月。(十二)各師團營，無論部隊大小，凡出發到達時刻，均應切實報告，如違議處。(十三)定三十日午前八時，召集各師團經理、衛生、輜重、交通各主管人員，及軍部參謀、經理、軍醫、交通、管理各處處長，輸送總站長，在部會議，由參謀長主席，討論聯絡方法及其他一切手續事宜。(十四)凡各部隊公物，不準擅自取回家內應用，違者議處。如敢擅取人民物品，作搶劫論，繳獲敵軍槍械，匿不報告者，按照革命軍刑事條例懲辦。(十五)各師營傷病官佐士兵薪餉，發至九月底止，以後由後方病院造冊發給。官長請事假，亦須由後方軍部造冊發薪，但原屬部隊應彙報軍部存查。(十六)各團營保案，須在出發前一律發表。(十七)各部隊戰鬥，須將帽帶掛下，並注意領釦臂章。(十八)出征時，每連帶斧頭三把，每兵帶麻繩一丈。此令。總司令蔣中正。
上午，檢閱第八團。
頒行軍令。
調任嚴爾艾為教導第二團第二營營長，錢如一為第六團第三營營長。
晚七時，軍校特別黨部開黨員大會，選舉各組組長(預備第二次全國代表大會出席選舉)。
附頒行軍令
(一)潮梅逆殘，近得各方接濟，謀燃死灰，確有分途進犯之企圖，其詳情經飭第一軍部另紙通報。(二)我軍為鞏固革命策源地起見，擬於最短時間，肅清潮梅之敵。(三)各部隊分期出發，集中地點照左式之規定(式略)。(四)各縱隊所屬各部隊之後方聯絡線，由各縱隊長籌設之。(五)各部隊出發及到達時日，均應報告。(六)戰鬥序列暨此次作戰總計劃，候另文頒發。(七)餘現在廣州，各部隊集中後在石龍。1?地圖用十萬分之一；2?本部派遣諜查人員，均攜有象棋子枚為識別；3?特別口號等，均規定於副通訊法內，另紙分發。給養品補充之規定：一、運輸站應時儲三日分之糧食，備各部隊之現金購買。二、米價規定每百斤毫洋八元。三、前方各部隊之食鹽，由運輸站準備，每日預算六百五十斤，每連每日準備鹽二斤，不另收價。四、如奉令特發給養品時，照左列之數量領發：1?葷菜罐頭，官長二員一罐；2?餅乾，官長四員一盒。信件傳遞手續之規定：一、各師旅團營連，及各部官兵之來往信件，概交運輸總站轉遞。二、凡一切之信件，運輸站應儘先遞送，但由後方送前方者，交總指揮部副官處接收，轉交運輸站遞送；由前方遞送後方者，亦交總指揮部副官處，轉交運輸站遞送。三、凡信件應各自行分別包裹，以便轉送。四、前方送後方之信，未貼郵票者，由運輸站代貼，但發信人應將隊別姓名書明，以便查考。五、信件每日收送兩次，其時間由運輸站規定通知。前方傷病兵轉運交接方法：一、運輸站應預先派定專員，接待前方送來之傷病官兵。二、前方發生戰爭時，在最前之運輸站，應預備稀粥開水，以待負傷官兵之用，或給與牛乳。三、凡負傷官兵到站，應隨到隨送，中間經過之站，不得停留，但須招待茶水飲食或牛乳。四、凡運送負傷官兵，以直達省城為宜。五、前方運輸站之負傷官兵及病兵送省時，須將人數電告軍醫處，以便準備接待。六、軍醫處應於前方戰爭開始後，派定官長一員，擔架四個，常駐車站備用，通訊聯絡之規定：一、軍師旅團營連之通訊，如左辦法：1?軍部通訊隊，任軍部與師部間電線之架設。2?師隊〔部〕通訊隊，任師部與團部間電線之架設。3?團部通訊隊，任團部與營連間電線之架設。二、為圖迅速通訊起見，各通訊隊應互相聯絡，不得觀望。三、軍部交通處，應時時準備各種通訊材料之補充。戰利品臨時經管之規定：一、戰利品之呈繳，分直接呈繳與按次呈繳兩種。1?直接呈繳，就當時利便起見，由各連直送總指揮部副官處接收，一面將情況報告直屬長官。2?按次呈送，各連按照向例，由直屬機關轉呈。二、總指揮部副官處接收各種戰利品，應分別良品與不良品，以定解送後方之先後緩急。三、運輸站須將戰利品迅速運赴後方之處置，交經理處接收。四、如遇情況變化時，一切物品，運輸站得便宜處置之。關於輸送之規定：一、各師旅團營連以及各部處人員、馬匹、物品之運送人員馬匹，應遵照規定時間，交到車站，乘載物品，應於開車二小時前，交到運輸站轉遞。二、給養品每三日運送一次。三、凡人員輸送，無論個人或部隊，運輸站有妥為照料之責。關於單人之給養，亦須供給，但受給養人，須簽字存查。四、專車非有總指揮之許可證或命令，不得開駛。此令。
上午，研究作戰計劃。
下午四時，蒞第一師部誓師。以是時大雨淋漓，各官兵鵠立靜聽，精神充滿，預祝軍行勝利。
東征軍出發前，蔣介石在蘇聯顧問和**的幫助下，制定了周密的作戰計劃和嚴明的軍紀條文，軍餉、出發津貼、菜金等，都有明確的規定，並向廣大官兵公佈，10月1日開始，東征軍陸續出發。
下午，與汪、譚、朱三委員密議。
晚，軍校高等軍官宴賞中秋，席間演說。校黨代表汪兆銘宣言就職。十時散。回要塞部，月色朦朧，就睡。已又起，乘屋頂，仰觀蟾光圓溢，更深人寂，但聞唧唧蟲聲，喟然曰：“如此良夜，而佳興索然，黨國危難，唯居一身當之，小子可不自勉。”(“小子”句系蔣所加，原為“何日得息肩耶?”)
軍校高等軍官宴賞中秋，席間蔣介石演說。略曰：去年今日廖同志在此宴會，現已為黨犧牲，明年大家能否見我和汪先生，正不可知。（並說許總司令此次離粵，因其部下有反革命行動。）云云。
下午，在寓商議處置軍事。(原為“處置川事”)
派張治中代理入伍生第一團團長。
呈請任命李皋為軍校教導第一團團長。
痛揭軍官弊端文。
夜分歸黃埔，宵深人靜，明月中天，悄立要塞部外，悠然如入夢境。
為了使東征軍軍紀嚴明，出師告捷，蔣介石於4日又特別對東征軍痛搗第一次東征時的種種弊端，以告誡廣大東征官兵。主要弊端為：拉夫、貪汙伕役工錢；打罵老役夫；擅入民房隨意吃喝；下級軍官有的怠惰，有的嫖賭成性；官長虐待士兵；吃空額等等。
附蔣介石所作痛揭軍官弊端文
一、我黨革命之目的，在救國救民，其成敗亦在於得民心與否為斷。前次東征，雖似得一班人民之響助，以殲滅陳逆殘孽，然其中仍不免種種弊端，人民亦多有不滿意之處，特舉其尤甚者於下，俾我全軍將士之警戒，如仍蹈舊習，必予嚴懲焉。甲、對於伕役之弊端：(1)甲地僱夫，挑至乙地，應放其返家，乃有之乙地。一班人不問其該地僱夫難易，該夫是否情願明日再挑，即不分男女老少，竟全數扣押關閉，硬使挑三五日不等。我軍雖滿口說不拉夫，此種行動較拉夫有過焉。實行拉夫者，尚未拉及老婦少女，而此竟將老婦少女驅役至數百里外，甚至途遠忘歸，此最為傷心痛恨者也。(2)特務長及軍需、軍士，每多短給夫錢，間有不肖連長，亦故意瞞吞夫錢，伕役知其舞弊，或向上級官稟告，乃舞弊人竟辯已完全足給，又加辱罵其告發之人，而上級官毫不明察，敷衍了事。於是公家雖備有充裕之夫錢，而此錢多入少數人之私囊，以致伕役怨恨也。(3)老病伕役，至途中實在不能行走，或遲行不及大隊，竟以拳足痛打，慘不忍睹，而我革命軍中尚有此種現象，良堪浩嘆，尤可痛者。有由梅回師至淡水，僱有女夫，約五六百名，挑至鐵場圍，竟全數關閉，該女夫皆放聲痛哭，聞者酸心，草木落淚。該地偏小，僱夫甚難，此種辦法，情出不得已。予敢相信爾時果有一二人向其委婉言辭，透切勸慰，或每人我加一兩毫錢，該夫雖不說我軍是極好，亦必謂我軍比別軍多給工資，而竟無一人出一言以安慰，不知負有宣傳工作，監督不良行為之責者，自問能無愧否?乙、在宿營地之騷擾：(1)每到宿營地，一班士兵多任意擁入民家，烹煮食物，而官長亦有不禁止其士兵，人民頗覺騷擾不堪。(2)設營人員不問其該地是否有廟宇、祠堂及空屋等，多宿人民住家，人民不堪其擾，以致其敢怒而不敢言。以上諸端，雖系少數，但凡事成之則難，敗之甚易，如我軍千萬人守軍紀，護人民，其中一二人破壞之，全軍名譽亦因之掃地無餘。以後行軍，倘不從嚴懲誡，設法改良，任一班不良分子任意亂為，徒託空言愛民救民，恐民不相信，不特無益，且害莫大焉。況我黨正在生死存亡關頭之中，非切實愛護人民，使人民擁護，豈能存在乎?二、本軍部隊驕惰，已成習慣，凡我同志如不竭力矯正，其敗亡可立而待。茲將既往之弊急應痛改者，述之如左，如不切改，一經查明，定予軍法從事，勿謂眾人耳目可掩而冥頑如故也。