患傷寒症，進筱崎醫院診治，總理臨問，深為戚然。
4月22日，蔣介石離開鼓浪嶼回上海，不久，便患了傷寒，於4月26日住進了醫院。孫中山親自到醫院探望蔣介石，勸慰他病癒後能早日回到福建粵軍中去就職。因為這時西南軍閥內訌迭起。孫中山敦促陳炯明抓住時機回師廣東，討伐桂系軍閥，粵軍正在用人之際。6月15日蔣病癒出院，但他並未遵照孫中山的囑託，回粵軍供職，而是登輪船南下，遊山玩水去了。先是遊普陀山，接訪紫竹林，而後是法華洞、觀音洞、蓬花臺……一路玩去。
抵鼓浪嶼，聞知陳、許發生齟齬，諸事停頓，旋仲愷以總理來電見示，觀其著急情形，心殊不安，乃因事無可為，竟作嶼上寓公，滯居於雞姆嘴e字二五四號，室面東南，植立山巔，海波盪胸，森林彌望，清畫鳥語花香，農耕漁唱，入夜，天寥霧淨，月朗潮鳴。此境殆非人寰，餘嘗謂留此讀書，善養浩然，豈不自全其天。又嘗謂其日如漳，在船逆風逆水，五更驟雨，為篷滴聲破夢，與仲愷、執信笑語自如也。某晚往遊日光巖，上有古避暑洞一座，過洞豁見嶼南之大海，風景歎為觀止。在嶼僅上陳總座論作戰計畫，赴漳一次，信宿即回。
7月2日，蔣介石乘輪船抵寧波。在寧波又玩了兩天，才啟程回上海。回到上海接到朱執信、廖仲愷的電報，胡漢民和他的把兄弟戴季陶又來面勸，蔣介石才於7月8日離滬赴閩。
這時在福建的粵軍奉孫中山之命令，正向廣東省邊境集結，準備和盤踞廣東的桂系軍閥作戰，軍務很繁忙。7月12日蔣介石到福建後，並不去軍中就職，卻在鼓浪嶼的雞姆嘴租了一所寓館住了下來。寓館位於山巔，面臨東海，海波盪漾，林木鬱蔥，蔣介石說這裡有如仙境，他要以此讀書療養。陳炯明找他談粵軍作戰計劃，他只是白天去漳州，然後還是回鼓浪嶼的“仙境”居住。每日登山尋古洞，觀奇景，不理軍務。
到家。往雪竇寺，緯國母子隨行，周覽山景，留戀浹旬，入飛翠亭，倚崖際側出松，鳥瞰千丈巖瀑布，會大雨，樹杪重泉，濺珠噴霧，光色甚奇。妙高臺南向突出，三面凌空，澗蜿峰環，升眺之，亭下(村名)屋舍儼然。又探隱潭，第一潭黝暗在峽谷，圓徑不過丈餘，而深度莫測。潭前涓流一脈，經巖骨下，經第二、第三潭而匯於大溪。由庵嶺頭巖下，尋第三潭，徑仄蛇行，為導者所誤，迷路，乃披蒙葺亂踐，不啻鄧艾之陰平也。將至，則天造石磴，跬步防跌。潭為一大巖穴，寬約二丈，上有蓋，峭壁回合，前面?開，高可百米突，右畔微湍沖瀉，第一潭無比幽邃也。
8月12日粵軍哲師回粵，分兵三路出發，進攻桂系軍閥。蔣介石卻在8月11日從鼓浪嶼回浙江溪口老家去了。他回到溪口依然是遊山玩水，遊雪竇寺、千丈巖瀑布，還鑽到山裡去探尋隱潭。
約同蕭萱、周駿彥、俞飛鵬遊天童山。新河頭買棹，至小白舍舟上陸，行近山麓，萬松夾道，步步引人入勝，寄棲玉佛洞。入大操池潔體，僧院有此裝置，向所未見也。觀其正殿規制巨集壯，嘆為浙東諸剎第一，後殿兩廡，八十八間，?羅漢像甚偉。出山門，探玲瓏巖，果然玲瓏，名不虛傳矣。古天童僅隔一山，山口關照二寺，尤奇特也。
8月31日孫中山電召蔣介石到上海。孫中山告訴蔣介石他準備離開上海赴粵軍剛剛收復的粵東臨近督師。蔣介石力勸孫中山不要到戰區去，但他自己也不去。9月8日他又回到寧波、奉化去遊天童山，住在玉佛閣廟裡，由和尚導遊各處。還在奉化城裡租了一所房子當住宅。
蔣介石在粵軍中忽來忽去，遊山玩水，實際上是以退為進。因為他看到，粵軍擴充為兩個軍之後，陳炯明不斷地培植起私人勢力。在蔣介石看來，一些資歷不如他的“仰承其鼻息”的“小人”，多被提升為旅、司令。他不甘心再屈就支隊司令，“為他人做嫁衣裳”。所以，他採取這種若即若離的態度，是叫孫中山提高他在粵軍中的地位。
奔赴前敵，加入右翼作戰，運籌發令，日夜焦勞，心力交瘁。
9月30日，盤踞廣州的桂系軍閥已呈現土崩瓦解之勢，粵軍勝利在望了，孫中山又任命蔣介石為粵軍第二軍總參謀長，進一步提高了蔣介石的地位，他才從上海啟程赴粵東前線。
向潮安進發，當致炯明、崇智、鏗一電。
這時粵軍已攻克海陸豐各縣，逼近廣州的門戶惠州市。蔣介石的積極性也來了，在赴粵軍途中，就打電報給陳炯明和鄧仲元，提出自己對戰局的全盤戰略計劃。
附8日電文
新凱密。途中思索戰局，目下只要固守河源紫金，右翼軍即可如計進行，龍門為增江上游，尤不可不爭。此後戰局，左翼當獨立作戰，如能固守潮屬，則海陸豐雖暫放棄亦可，鄙意須誘敵向左深入，乃可馳其惠城之防，以便利我軍右翼作戰。然河源紫金果能固守，料敵必不敢有窺取海陸豐之謀，此後右翼作戰，可否分為二部，以一部向龍門、增城前進，使其獨立作戰，以一部固守河源紫金，監視惠城，或可相機規取。左翼軍如抽兵向平湖前進，是側面行進，甚為危險，倘能抽出三千以上勁旅，左翼戰線仍能固守無恙，則此著未始不可行也。否則不如暫緩為是，右翼如直取博羅，恐逼近惠成，反起敵死守死戰之心，不如西向龍門，略取遠勢。然河源不可不留強將勁旅固守，否則不如直取博羅，以其距離較近，聯絡較易，可以減少前進部隊之危險，但亦須視博羅敵兵強弱如何，能否一舉克之耳。不然，我軍距離固較近，而敵方距離亦近，使其首尾相應，仍不能斷其博羅接濟，則戰期延長，又成不了之局矣。究竟如何進行，務請臨機立斷為盼。中正約11日可到老隆，以雨大水急，進行甚緩，焦灼之餘，唯有貢此一二，當否乞酌奪。
晚，回奉城。總理及胡漢民等，隨後函電迭催赴粵，張人傑、戴傳賢電，言公不去，汝為亦不行。傳賢又至甬面諍，吾俱峻謝。
收復廣州後，蔣介石仍任前敵總指揮，率粵軍第二軍追剿粵西北一帶的殘敵。但許崇智因病不在軍中，第二軍的高階將領中多不以蔣介石為重，不聽命調遣。蔣介石曾氣憤地兩次給許崇智寫信，也給陳炯明上書，對這些軍官表示不滿。但由於派系作祟，人事關係錯綜複雜，蔣介石的要求根本無望解決。同時也使他深感到以一個外省人去指揮地方派系的軍隊，決不可有所作為，必須有“自練可靠者”的基本部隊。因此，蔣介石一生中都專心致力於培植自己的嫡系部隊。11月6日蔣介石憤然離開正在前線作戰的粵軍第二軍回奉化去了。
這又是“以退為守”之計謀。
致黃業興密函，乃知其部隊竄集清遠城，確有六七千人，而七星岡、洲心兩處，亦皆有敵人蹤跡也。餘顧部下笑曰：自河源以西，日行溪澗山谷中，至此始遇敵，若能痛殺一場，豈非生平快事哉。已而圍城，敵穩玉廷、鄧文輝來會降，唯不肯繳械，餘不許，主剿辦，而副司令張國楨，竟與私自媾和，乃報告許軍長，揭其狀。
附4日報告
清遠城今日已完全降服，至其收降情形，張副司令未有報告，而弟不知其詳，亦無從報告。該副司令前在總部時，怕弟而又恨弟，惡感已深，此次由河源出發至今，對弟又是怕恨，悖謬招搖之舉動，不勝僂指。關司令不遵命令，亦受其鼓動之毒也。他不具述，茲將此次清遠戰事始末略陳之如左：(一)鼓動其部下聯名阻弟赴前線視察戰況。(二)與敵人私開談判，並不報告軍部，與鬩稱敵人投誠繳械並無其他條件。(三)入城已一日，並無一報告，及至軍部派員往視，方知詳情。(四)阻止陸部入城，一手包辦清遠。(五)擅委增城、清遠知事。(六)在中途利弟他行，常探詢是否同往清遠城。(七)以上數條，不過舉其大概，其餘?張為幻，使人難堪之事，不一而足，弟實不願再駐軍部，茲將各部隊派遣停當，軍部安排妥貼，即行告罪引退。張副司令之限險叵測，荒謬絕倫，至於此極，弟不得不退避三舍，以免後患，見知見罪，唯所命之，即信與不信，亦唯兄審察，弟唯本諸良心，從實報告而已。至於各部隊所駐地點，及軍部的辦之事，並報告之如左：(一)第五支隊駐於新街、銀盞坳沿鐵路一帶，其部隊至今未到，此事未知能實行否。(二)第十一支隊及第十八統領，派其向韶關、南雄一帶前進，驅逐敵人，此為一時權宜之計，弟頗不放心。但其前日尚能從命前來龍塘告罪，可知此人對兄尚無他意，故弟擅自派去。(三)衛隊全部駐清遠城廂附近。(四)各部子彈，除在河源出發前分配外，以後在響水發給衛隊產八彈五各五百顆，第五支隊五百顆，在增城發衛隊六千顆，第十一支隊五千顆，謝、關兩部各二千五百顆。後由石龍解來六千五百顆，當時因令謝部挺進花縣、清遠，彼要求發足子彈，故將此六千五百顆之數，皆給謝部，以其挺進他方，不得補充若干，想無偏助之嫌可言。今日所到一萬三千顆，則八千五百顆給衛隊，以五千顆給陸部，而謝部則一顆不發也。(五)餉銀概有賬目可查，想無不公，唯謝部向花縣出發時，途中多領二千五百元，弟本只允其二千五百元，而其後領去五千元，是咎在謝部，而非弟分配不均也。此外照營發給，大致不誤。(六)謝部向花縣挺進時，要求空白命令紙三張，弟照準發給，今已用去一張，即其委花縣知事者也。此花縣知事，即前謝宣威所保之謝由已，因當時兄已允其記名，而弟為一時權宜之計，亦不得不準其所請。此外則對於各部及軍部，無甚他事，弟以為可告無罪，如兄偏信人言，則弟亦唯有聽之而已。言盡於此，伏唯鑑察。次日，復留書告歸，由龍塘起程。〔5日書曰：刻接張副民事令報告，知改編營號均已定妥，軍部在咫尺間，事前未有一報告，如此擅專，一切事皆無頒佈命令之必要。上午6時入城，至下午10時始發報告，迨接閱時，已在本日上午3時，如此目無軍紀，尚在何言。又據報與敵方談判及敵人提出改編條件，乃在3日下午6時，同日下午8時致弟報告及函，皆言敵軍投誠繳械，並無其他條件。則其欺矇軍部，私自與敵人交涉，可以知矣。總之改編敵軍人數及槍數，與我衛隊所有之槍數，相差無幾，如此大部降敵歸編，難保其不生他變。衛隊之軍紀，亦已廢弛，將來必敗於張國楨一人之手無疑，請兄牢記我今日之言也。最好兄弟往主持，否則速派妥員前往辦理，不然，時機一失，恐難再得矣。弟今晨已由龍塘起程，決計逕回上海，不在省城停留，以免應酬麻煩。臨行無所記掛，唯韶關部隊尚未指令派遣為念，請速應機立斷為禱。
晚，回奉城。總理及胡漢民等，隨後函電迭催赴粵，張人傑、戴傳賢電，言“公不去，汝為亦正行。”傳賢又至甬西諍，餘俱峻謝。僅於十二月中兩至滬，隨往隨返。在城寓撰《解釋粵軍之苦衷》文一篇，發表滬報上。
附節諸同志書
胡漢民：……先生於日間啟行，請兄速即來滬，共商一切，急盼。(11月16日)
頃得十七日來電，並誦兄致靜江兄電，知令壽堂大人染恙，未能遂出，殊以為念。弟前兩日曾上數行，想先達到，對粵方針，大約暫以原有組織對抗內外，一面整理地方，同時籌備實力，用兵則先剿平山寇，不稍偷安。先生決於敬日回粵，汝為亦與同行，競兄等已有電來，請先生挽兄同行，故弟急盼兄出滬。敬祝壽堂大人早占勿藥，俾兄得以速來。(11月18日)
手書誦悉。汝為已於今早乘法國郵船先行，大約比弟等之船先到一日，中山先生囑函請兄隨後即速往粵。靜、季二兄出示兄致伊等書，粵事及軍隊內容，弟雖不如兄知之深切，然唯其有種種複雜，吾人尤不得不向前奮鬥。吾人作事，第一以為社會人類，其次則為朋友知己，天下本無快心之事，目前更少合意之人，唯比較可以有為，則按著頭皮去做。人之於我，具誠意或有未逮者，而我以主義目的為重，則當然不讓，無可躊躇，磊磊落落，仍率我之真面目以行，即彼作偽客氣者，亦無所施其技矣。競兄已數次電來歡迎，其中有握〔扼〕要語，則謂以後大局，悉聽先生主持。精衛兄來詳述粵中各方面情狀尚好，競亦自始無不願意軍府回粵之言。黃強對各界說話，為江孔殷所送稿，登報本非願意，而黃強次日亦即更正矣。蓋目前以理以勢而論，俱不容他人對於先生主張有異議。凡人之畏勢者，多由此深思，則同志中人不取積極態度而不可得，非只為先生之感情也，亦實信此時大局，以理勢相輔而行。吾黨欲稍達原來之主義目的，不可無勢，與世之爭權利者，相差天壤，而勢之集積，則不可無人也。列寧之於露西亞，可法者至多，其意志堅定，精神緊張，久而不懈，尤不可及，願兄以為他山之石。倚裝草草，不盡欲言。(11月24日)
張人傑、戴傳賢：示悉。先生、汝為、季陶等，定二十三日由中國郵船中國號去粵，粵事當無問題。務請兄同行，同人切盼。(11月20日)