報告進攻永泰始末情形，並請準陳總司令調回永春、安溪梁、丘兩部隊至長泰，親自督操訓講，以圖日有進步。一面條陳本支隊根本改良辦法，及全軍編配整理方式，陳總司令不盡採用。
1918年9月18日蔣介石第二次來到援閩粵軍軍中，晉升為粵軍第二支隊司令官。陳炯明撥給他一千人，命他駐守距漳州市北30裡的長泰鎮。9月20日，蔣介石在長泰舉行粵軍第二支隊司令部成立典禮。蔣介石按照古代出師行祭旗禮的儀式，親自寫了一篇祭告文，在典禮上宣讀：“伏願而今而後，戰必勝，攻必克，統一中華，平定全亞，威振寰瀛，光耀兩極，完成革命偉大之盛業，皆自神靈所賜也。”從這篇祭文中可以看出，此時當了司令的蔣介石，躊躇滿志，要幹一番事業了。
1918年11月，粵軍兵分兩路，自漳州出發，以鉗形陣勢進取福建省會福州。11月19日，蔣介石率領第二支隊的一千士兵，由長泰出發，向福州進軍。12月2日佔領嵩口。12月7日，蔣介石率隊向福州市的門戶永泰縣城進發時，接到總司令部的停戰命令。
1918年11月11日，德國與協約國簽訂休戰條約，第一次世界大戰結束，美、英騰出手來和日本爭奪在中國的權益。為了打擊親日派軍閥把持北京政府，美、英利用中國人民反對軍閥混戰的呼聲，指責段祺瑞將日本的借款和武器用於內戰，“勸告”北京政府與廣東的軍政府停戰議和。段祺瑞也因日本寺內正毅內閣的倒臺，新上臺的原敬內閣不再支付“西原借款”，從而失去國務總理的職位。根據國際、國內政治形勢的變化，孫中山也命令在福建同北洋軍閥作戰的粵軍停戰。
蔣介石接到停戰命令後，並沒有執行，他認為“半月來挺進七百里之孤軍”，“艱險備嘗”，猝然停戰，“功敗垂成，幾為心碎”。於是蔣介石繼續進攻永泰。8日攻克永泰，10日蔣介石才發表停戰命令。
但是，福州北洋軍閥的督軍李厚基並不遵守停戰協議，於12月15日集中優勢兵力，突然向永泰進攻，蔣介石的守城軍隊爭先逃遁，“敵軍攻入城中，中正(蔣介石)隻身衝圍而出”。蔣介石說：在這次戰役中，他遺失了過去6年間所記的日記，和自日本留學以來最愛讀的軍事書籍。
1919年1月4日，蔣介石由永泰逃回漳州。15日陳炯明寫給蔣介石一封信，向他表示永泰一戰的嚴重失敗“非關吾兄(蔣介石)處置之不當”，懇囑蔣介石仍以第二支隊司令官的身份，繼續留在漳州的粵軍總司令部內。
附節陳炯明書
得手書，具佩關懷大局，留心軍務，其中亟須整頓準備者，當即如議辦理，一時礙難進行者，姑俟大局稍定再舉。此次挺進不能達目的，非關吾兄處置之不當，軍事作戰之不力，蓋有種種主因，非戰之罪也。……現我軍雖撤退，然于軍威無損，局面不搖，增者閱歷，尚可為異日之受用，未見為失也。(1月15日)
撰擬《廢督裁兵議》
正在巴黎會議**之際的1919年2月19日，蔣介石撰擬了一篇為中國建軍目標的《廢督裁兵議》。這是鑑於中國內亂紛爭的癥結在於為軍閥代表的督軍們窮兵黷武，為改變軍閥林立的局面，而提出來的，目的在於廢止督軍、整建兵制。其要點是這樣的：
“裁兵之法，當以徵兵之製為則。使軍隊皆為國家之軍隊，則國家對於軍隊當設‘軍政檢定會’，以監督其軍政。而以每省各選一本籍最高而有聲望之軍官組織之。凡關於增兵、裁兵、調兵、徵兵以及其軍費、軍制與黜陟軍官諸問題，皆須由其檢定會認可以後，陸軍部方可諮請國會表決，而後由陸軍部執行，則陸軍部純為軍事執行機關。今以監督之權，授之軍政檢定會；表決之權，歸之於民意機關；執行之權，付諸陸軍部。庶人民有參與軍政之權，而兵權則不為武人所專擅，則國家有永久和平之望也。
在粵軍方面，其最大的難題也正是軍制沒有近代化。舉例來說，就像因籍貫之不同而形成派系一點，在粵軍中便有以陳炯明為中心的廣東東江、惠州集團，以鄧鏗為中心的粵東集團，以許崇智為中心的福建集團，乃至響應革命的浙軍等區分。由於派系意識作祟，而妨害到部隊的領導統馭。”
蔣介石為期對此等現象能有所改善，乃暫時耐心留在福建。6月間，接眷屬就居廈門附近的鼓浪嶼，精心研擬改革軍隊的具體計劃。
當時正是第一次世界大戰結束，巴黎和會舉行期間，中國國內雖受到國際大氣候的影響，沒有打大仗；但軍閥林立，各自擁兵自重，內戰隨時隨地都可爆發。為此，蔣以軍人的**，撰寫了一篇《廢督裁兵議》的論文，其中一些具體措施大可考究，但基本意思不錯，那就是應“使軍隊皆為國家之軍隊”、“兵權不為武人所專擅，則國家有永久和平之望”。可是說來容易做來難，“軍隊國家化”，蔣自己終其一生，也沒有兌現！
北京學生團三千餘人，要求取消中日各項祕約，為外交示威運動。
1919年的新年在停戰中來臨，雖然是當永泰戰役的嚴重失敗之後，但陳炯明表示“非關吾兄(蔣介石)處置不當”懇囑繼續留任，於是，蔣介石仍以第二支隊司令官的身份留在漳州總司令部。
不過戰爭業已結束，要做的事，只是營房和練兵場的設計工作。為此，蔣介石乃於3月間請假返回上海，晉謁孫中山請訓。
4月間，蔣介石母親王太夫人由故鄉奉化扶病來滬，蔣介石把她迎養於寓中。雖然只有不過兩星期的短暫團聚，但母子朝夕共話家常，回憶不盡。約兩個月的假期屆滿，蔣介石離開上海時，王太夫人流淚諄告：“在我還生存人世的時候，務必每年歸省一次。……”接著又對身為一軍之長應該注意的事作了如下的訓誨：“在軍供職，用人最宜小心。……”這兩句話，蔣介石後來體會是非常有道理的教訓。5月2日，返抵長泰第二支隊司令部任所。
兩天之後，“五四運動”在北京發生。所謂“五四運動”，是國民憤於第一次世界大戰後在“巴黎和會”中的列強各國，尤其是日本的強橫態度，而爆發出來的群眾行動。
巴黎和會在這一年的1月18日開幕，有32個國家的代表參加。
五四運動對孫中山也是一個推動。他這時在上海不再是閉門著書，“對外紛紜，殊不欲過問”了。他接見全國學生聯合會代表，發表贊助學生運動的演講，積極營救被捕學生。
為了適應當前的革命形勢，孫中山決定改組中華革命黨，於1919年10月10日發表公告，把中華革命黨改組為中國國民黨(加上“中國”二字，是表示區別於1912年的國民黨)。廢除了舊黨章，訂立了新規約。以“鞏固共和，實行三民主義”為政綱。孫中山準備用這個改組後的新黨來繼續領導革命。
以陳總司令外寬內忌，難與共事，鄧鏗亦不加諒，志願多違，憤然求去。乃致鄧書以自明心跡，並邀轉達。
蔣介石回到福建，陳炯明仍命蔣介石率第二支隊駐長泰。這時雖然與北洋軍閥停戰了，但地方上的土匪，也就是小軍閥，為了從粵軍手中奪地盤，不斷地發生戰爭。蔣介石的一個營被土匪擊潰，5月16日陳炯明調蔣到漳州粵軍總司令部計劃剿滅地方土匪。除了土匪搗亂以外，粵軍中派系鬥爭日趨嚴重，形成了以陳炯明為首的惠州派，以鄧仲元為首的粵東派和以許崇智為首的福建派。蔣介石不屬任何一派，他深感備受排擠。這時，蔣母王氏命他把家眷接到身邊。蔣介石就以安置眷屬和要精心研究、擬訂粵軍改革計劃為由，離開了漳州總司令部，到廈門鼓浪嶼租賃了一所房子閒居起來。蔣介石在鼓浪嶼並沒有寫什麼軍隊改革計劃，在6月21日，給參謀長鄧仲元寫了信，信中自我表白，對完成任務，自己做到了極限，對軍隊建設，自己注重軍紀，銳意改革，反而招致排擠。用人不能自主，軍費不得支援。在這封信上，蔣介石只抱怨，還沒有提出辭職。
附節致鄧仲元書
……足下處事以謹慎，而轉入固我，其病又坐狹隘偏急，然對於弟則仁已至矣，弟亦謂極足下海闊天空之量矣，然而猶以為未足任其翱翔也。足下對他人未必如弟也，他人亦未必如弟之能願足下也。每聞人言，足下有伯夷之隘，所謂君子之過皆見之者非耶。此其故由於足下嫉惡過嚴，涇渭太分耳，弟亦時有此病，而轉以規足下者，蓋不忍知而不言、言而不盡也。老子以諂諛我者為賊，子路人告之以有過則喜，我思古人，實獲我心，願我輩互相警戒，互相勉勵，則寡過之道，為善之機，胥在乎是。弟雖不勇，然願足下有以教我，則收友直之益多矣。(6月21日)
再致鄧參謀長書。
7月4日，粵軍發生內訌，浙江籍士兵與粵籍士兵發生槍擊事件，互有傷亡。蔣介石於7月9日再次給鄧仲元寫信，信中認為粵軍這樣下去，“久之必有沈篤決裂，不可救藥之一日”，他在粵軍中所做一切工作，“皆不過為他人做嫁衣裳”。信中又列舉了粵軍種種弊端和自己遭受的排擠和誹謗，表示不“樂與小人爭權利”，並說近來“耳鳴、腦暈、胃傷、腹瀉不止”，要及時醫治。請轉告陳總司令，無論為公為私，皆不得不離職遠避了。
附節致鄧仲元書
上次在漳西陳個人去留問題，語悉由衷，想蒙鑑?。弟留連於本軍者，已越一載，始以足下推轂之重，繼以總座愛護之深，故敢竭盡駑鈍效其驅馳，以助總座者助本黨，公義私情所由來也。默察今之局勢以及最近措施，非特無益於黨，無利於國，而且無以孫先生。如是而又欲戀其棧豆，自問初心，能無赧怍。弟自去年怫然而去，赧然而歸，以常情論之，已屬淺率，早為識者所刺譏。然揆之於情，度之於義，無所負疚，則悠悠之口，唯有付之一笑，亦奚足以容懷乎。又自永泰退回，以成敗論事者多，卒致誹謗交作，雌黃沸騰。唯當時弟天君泰然，神明自若，此心此志，鬼神可鑑，故乃忍辱負重，含羞抱恥，示其大度，以冀萬一之補救，尚無辭退之決心也。今則心勞力絀，自愧才不足以御下，德不足以服眾，而又信不足以孚人，內無指揮之具，外乏應付之方，對本軍不能補助毫末，在支隊又難如願設施。而猶依依不捨，則謂之素餐尸位頑鈍無恥者可，即謂之患得患失鄙夫自待者，亦無不可。若長此以往，竊恐同入於爭權奪利、盜名竊位者漩渦之中而不自覺耳。若此，則人將謂我以義始者以利終，其品格不幾一落千丈乎。夫人熟不樂與君子共事業，然亦孰樂與小人爭權利，況君子道消，小人道長，道高一尺，魔高一丈，歷觀往事，每每如此。若不於此時引退，以待將來排擠軋轢而後已，勢不至喪失人格而不止，豈不大可哀乎。若夫本軍之情狀，則每況愈下矣。前之尾大不掉與麻木不仁者，鹹成為痼疾，今之黨派之爭，區域之分者，又成為初症。痼疾以遷延不治，積之時日而更深，新症以諱疾忌醫，自貽將來之伊戚，久之必有沈篤決裂不可救藥之一日。弟據後果以溯前因，凡吾輩所設施者，皆不過為他人作嫁衣裳耳。言念及此，吾為自身惜，又為吾兄悲，竊謂本軍現象，無論對對外，如再不摧陷廓清，則將來更難收拾。弟非不知因循可以漸圖補綴，苟且可以彌縫一時，然而養癰遺患，其潰爛勢所必至也。本軍人數之多，百有餘營，闢地之廣，二十有餘縣，然而土匪作梗，安永失守，延宕二月，竟不能痛剿殄滅者，無他，軍紀不振，軍心不一，兄弟既有鬩牆之爭，外侮故無同心之御耳。今日本軍所受之辱，不可謂不大，即使上下臥薪嚐膽，發憤雪恥，猶虞不及。今乃不以為恥，不以為仇，而反以為友，是而可忍，孰不可忍也。蓋弟因始謀不臧，威聲不著，既不能出一將一卒以捍患，忝竊司令之名，曩以永春、安溪問題尚未解決，告辭恐近於規避，不料延宕至今，茫無頭緒，未知了自何日，再三思維，顧弟一人之去留，毫無關係者也。因而思退之心益切，如一日不退職，精神多受一日苦痛，即職務亦多一日荒廢。回防以來，耳鳴、腦暈、胃傷，腹瀉不止，偶有思慮，則徹夜不寐，若非及時攻治，必在痼病。近日又有浙軍關係，無論弟赴汕駐漳，雙方浙軍皆不安心，此次往廈。未見潘某之前，謠諑紛起，潘亦不明弟赴廈任務，諸多懷貳，及會晤之後，反覆陳疏，其於公務雖能釋然於懷，而對於弟個人之疑懼，終不能渙然冰消。不寧唯是，即弟在長泰，亦深為他啊所疑忌。故弟在粵軍一日，人將以我有粵軍為後援，非特弟個人受其排擠，即本軍亦大受影響，故弟為公為私，皆不得不離職遠避也。且第二支隊司令部，以事實論之，形同贅疣，已無存在之必要。況自弟任事以來，軍事毫無起色，餉需徒增糜費，人孰無良，能無愧。