致許崇智電，請令本軍先破沈逆，以防引北敵入粵。
亦是以“請令本軍”之語氣，直接提出作戰主張，一改過去閃爍其辭的做法。
附蔣介石致許崇智電曰
三十電諒達。觀察粵局，林部雖退尋鄔，而潮惠洪楊終難就範，兄部在梅以勢論，仍在其包圍中也。如臧能於半月內出兵共定潮汕，固為上策，否則延宕日久，倘贛敵合林部進佔北江，沈逆在省響應，惠楊阻我進路，潮洪搗我後方，似非必無之事。此時當注重省城根本，而潮汕次之。如臧不能以最速期內出兵，則本軍當乘此林部退贛，敵線不能聯絡時機，從速透過梅屬，直抵省城。或以一部集中北江，先平沈逆，鞏固省城之根本，則潮惠各部不解自決，即用武力亦較易為功。總之本軍一日不抵省城，則根本一日不安。以後粵局，潮惠之陳部為患尚小，而省中沈部通同北軍實為腹心之患。北廷之所藉以亂粵者，亦重在沈部而不在陳部，沈部和平，則粵局自可奠定。以弟觀察，臧部出兵恐不能如此之速，本軍不如暫棄潮惠，以最速時期集中北江或省城為妥。一月內，如本軍不能抵省平沈，則二月後贛敵攻粵，省城必危。若欲先平潮惠，最短時期亦須二月，竊恐潮惠水平之前，而沈逆引贛敵與林部攻粵，以時間而論粵患之緩急，則本軍非先破沈不可。蓋陳逆雖凶，至迎北軍入粵則非其本願，胡其為患較淺也。我軍以主力分駐北江，或較全部集中省城為佳，以後平沈、平陳，皆賴本軍自身，不能全恃客軍，主客之嫌，尤宜豫〔預〕防以消內患。兄意如何。弟待奉復電後，當以個人名義赴粵一行。
附來電
介石兄鑑：介密。(一)兄目疾已愈否，甚念。(二)智於本日抵永定。(三)前方情報“梅屬**約二十餘營，已陸續退江西尋鄔，會昌王獻臣部亦有退瑞金之計。(四)我軍令第八旅駐梅縣，已飭相機進佔興寧；許、邱兩部駐蕉嶺，已飭進駐梅縣；陸旅駐平遠，五旅及十三旅駐大埔、三河。第三軍全軍二十集中平和，第二旅二十到龍巖，即向上杭挺進，沈永福部日內可到龍巖。”雲。前奉總統電，智以為兄必已奉命赴粵，頃得總統支電，囑“催兄赴粵”等語，茲悉兄尚在滬。總統左右現無軍事人才，且粵未定，潮汕糾紛，一切處置關係甚大，請兄接電立即赴粵，並復。弟崇智手啟。3月19日。
與楊庶堪書，主張廖長廣東財廳，許軍速回省。
蔣介石給大元帥府祕書處長楊庶堪寫信，提出在他回廣州之前，需發表任命廖仲愷主管財政、許崇智部調回省城兩道命令，否則他回廣州後無法開展工作。蔣介石直接並狂妄地向孫中山提主張、講條件，並干預人事安排，自認為自己在孫中山的心目中，地位提高了。
附蔣介石致楊庶堪書
弟定元日起程，敬將以後進行意見略述之。軍事當促許軍剋期抵省，會合在省各友軍先謀集中，然後再定一共同作戰方案，以為攻守剿撫進行之程式，使其任務分明，精神團結，不致有參差不一、主客異形之嫌。政治當以整理財政為先，廳長不速易人，延誤大局必非淺鮮。弟對此點自信見解或較在粵諸公正確，故欲行之前，不得不將此等成敗關鍵竭忠盡言，決非有何作用參於其間也。財政如無把握，軍事難定計劃，廖任廳長，許速回省，二令可否在弟起程前發表，俾弟到省後即可著手進行，而鼓來者之氣也。彷徨日夕，佇盼復言。
隨大元帥勞軍江村，自辦公大本營後，陳猷決策，草檄批牘，籌戰守，饋餉糈，出隨車駕，入掌樞機，日不暇給，責任叢集於一身矣。
4月20日蔣介石到達廣州，以大元帥參謀長的名義入大帥府辦公。剛剛五六天，便把他忙得焦頭爛額，報起辛苦來了。豈不知由於他蔣介石遲遲不來廣州，致使4月16日沈鴻英部在廣州叛變，孫中山身邊既無嫡系部隊，又無蔣介石的參謀，只好親自出馬督戰，率領楊希閔的滇軍和劉震寰的桂軍，於4月19日將沈鴻英部趕出廣州。那時節，孫中山是何等的辛苦?!蔣實在應捫心自問自己所為是否有愧?
上午隨大元帥巡視至連江口，深夜假寐車中，至翌晨，始回抵大本營。
自聞陳逆乘機蠢動，即擬定東江作戰計劃。
此時，蔣介石以大元帥參謀長的名義，經常陪同孫中山視察、制定軍事計劃、慰勞各部隊，著實盡職盡責。
偵知逆屬陳修爵率部進佔龍門，圖襲增城，楊坤如又叛攻石龍，徹夜苦籌抵禦之策。
5月9日，陳炯明從東江再次叛亂，大規模向廣州反撲。被趕出廣州的沈鴻英部，又勾結北洋軍閥吳佩孚，從廣州北部猖狂反攻，孫中山兩面受敵，處境十分險惡。蔣介石身為孫中山的參謀長理應責無旁貸，積極籌劃禦敵之策。
抵博羅城，會劉震寰總司令等，議決作戰計劃。晚後，往平湖，與範石生師長長談竟夕，昧爽回石龍。
總理令許崇智固守潮汕。
5月20日，討賊軍對陳炯明的根據地惠州發動總攻擊，但陳部叛軍出奇迂迴作戰，攻陷討賊軍背後之博羅，討賊軍形勢為之不穩。
蔣介石乃請孫中山親赴前線督戰，並隨同出發。在即將到達石龍時，碰到一群潰兵張惶失措地謠傳石龍已經失陷，可是，蔣介石則判斷情況不至於壞到如此程度，一定是軍心浮動，散播著以訛傳訛的謠言。
為此，蔣介石想出了一個計策：親自率領衛隊200人揚言叛軍業已潰退，孫中山也率先領導前進，因之立見功效，士兵們氣勢大增，轉退為進。
經過兩晝夜激戰，收復博羅城，距博羅50公里的石龍江明並未被敵攻陷，蔣介石的奇計得到孫中山的讚賞。隨即，孫中山與蔣介石議決作戰計劃，令許崇智固守潮汕，以擴大戰果。
聞潮汕失守，頓足嘆回：“汝為(許崇智)不聽吾言，致有此敗，可痛可恨。”
蔣介石此刻雖然名義上是大元帥的參謀長，但手中仍然沒有一兵一卒。要貫徹他制定的軍事計劃，都要就商於各軍的司令部，仰人鼻息，困難重重。不但滇桂這些客軍不聽從指揮，就連許崇智也不接受他的作戰計劃，以致潮汕失守。
晨，陟葫蘆山，了覽博羅形勝，謂一天然防地。午正，隨大元帥赴惠州，至白沙對岸，舍船步行。道紅泥坑，視察北門陣地，至深坑附近，始易輿。次花圍水(在飛鵝嶺下)慰問劉總司令創痍，即登虎頭嶺，俯矚惠城形勢。回至白沙已深宵二時矣。
經過近一個月的作戰，敵我雙方各有勝負，形成拉鋸戰。孫中山所依靠的滇桂聯軍也都是些打著革命旗幟，為自己爭權奪利的野心軍閥，根本不熱心為孫中山的廣東革命政權作戰。廣州政府仍處在四面受敵的危險之中。蔣介石這時期一直跟隨孫中山親赴前線督師，為捍衛廣州革命政府竭盡全力。
扈駕巡視北江戰線，至英德之巫村，楊總司令等皆來謁見，即與商議戰事。夜半，回至省垣。謂：“自?江至英繼，嶺?徑窄，地形便於防守，乃知敵軍之不易越進，蓋亦有故也。”
這一天，孫中山重新任命蔣介石為大元帥行營參謀長，故而蔣為之一振，巡視戰線、商議戰事頗為經心。
侍從帥駕往博羅，為調滇軍增援北江，恐東江軍心動搖，且阻許崇智假回省城也。
蔣介石跟隨孫中山督師調兵、視察謀劃。同時以大本營的名義命令許崇智率軍反攻，收復失地，勸阻其勿要返回省城。
隨往白沙堆，與劉震寰及東江各將領議決以許部三旅專任攻御惠州，悉調滇軍赴援北江。
是日，許崇智以潮汕之敗遷怒於我，答雲：“可仍回總部贊助。”許始釋然。
許崇智一直反對蔣介石的攻打陳炯明老巢惠州的計劃，他在潮汕打了敗仗，也遷怒蔣介石。
晨，早醒，默唸苦持軍事，怨忌交集，引退為安。然以總理知遇之深，則又不忍遽去，心殊愴恍。上午，扈駕至韶關，自英德以上，山形地勢彷彿桂林，英石煤礦所在皆是。以第一次至此，顧而樂之。晚，與滇軍各將領會議進擊南雄之敵，及統一財政辦法。夜十二時回。
此刻，蔣介石腦中又釀出“引退為安”的想頭。
在攻克惠州之前的6月16日，孫中山重新任命蔣介石為大元帥行營參謀長。但在參佐軍務方面卻又受到一些人的忌刻。於是蔣介石就想：如果不是同一地區出身，沒有掌握可以自成派系的私兵，就算是躋身於業已陣容一新的討賊軍中，也是屬於劣勢。面對現實，為期軍中人事關係圓融，實以個人引退為宜，但為了要報答孫中山的知遇，卻又不忍離去，頗為苦惱。
為許崇智所?，憤而辭職，避駐香港。
滇桂客軍將領不聽指揮也罷，就連一向友好的許崇智亦不容，因此，使蔣介石感到“參佐軍務，不為人諒，反遭齧?”。結果，蔣介石到任還不到三個月，便“憤然辭職”，離開苦戰中的孫中山，迴避到香港。
後來，在覆上孫中山的函呈中，向孫中山說明理由為：“……傾軋之禍，甚於壅蔽，娼嫉之患，烈於黨爭，此豈愚如中正者所能忍受哉……”
稟承總理意旨，約會蘇俄代表馬林及張繼、汪兆銘、林業明等，籌組孫逸仙博士代表團，赴俄報聘，並考察政治及黨務。
蔣介石在7月12日離開廣州避往香港時，就已經知道孫中山接受了蘇聯的邀請，決定派出代表團到蘇聯考察，他便在7月13日從香港寫信給大元帥府祕書長楊庶堪，表達他對孫中山的要求：“為今之計，舍允我赴歐外，則弟以為無一事是我中正所能辦者”，“如不允我赴俄，則弟只有消極獨善，以求自全。”
8月5日孫中山寫信叫蔣介石到上海，與共產國際的代表馬林商談赴俄考察事宜。在上海與馬林商談的除蔣介石外，還有汪精衛、張繼、林業明等人，最後決定由國民黨人蔣介石、王登雲、沈定一(後參加中國**)和**人張太雷組成“孫逸仙博士代表團”。
由蔣介石擔任相當於團長職務而組成的“孫逸仙博士代表團”，代替孫中山前往蘇聯，目的是考察其政治、軍事和黨務，而特別關心的是蘇聯紅軍的長處與短處。
孫中山在廣州雖然位居大元帥之尊，但是苦於陳炯明以及各軍閥叛亂的困擾，深深地感到要想達成革命目的，則軍閥擁兵不僅不能為助，反而是一種障礙，因此有必要編練一支在革命精神統率之下的強勁直轄部隊――黨軍。
為培育這樣的軍隊，孫中山便考慮到設立軍事學校。認為蘇聯的軍事制度不無可供參考之處。蔣介石以前學過一點俄文，加上計劃在將來設立的軍事學校預備由他來負責，故而被選中擔任這個考察任務。當然，也是以此對鬧個人情緒的蔣介石的一種安撫。
率沈定一、張太雷、王登雲等，由上海趁神(?)丸啟程赴俄。
8月16日，由蔣介石率領沈定一、王登雲、張太雷等，乘“神田丸”輪船，由上海啟程。