去滬，信宿遽歸。邇以心緒惡，斯地不可一日居，人詬北京為鑄造惡人之烘爐，則上海更是一大烘爐，其鑄造惡人也，範圍愈為廣泛矣。至甬埠，即往遊天童、玉佛閣納涼，羅漢堂樓挹爽，出寺門步幽，作解脫坐緣之想。登小盤山，謁摩訶祖師墓塔，此第三次也。
上海對於蔣介石，應該說是他的“發祥地”，因為蔣是在上海由於陳其美的栽培，參加了革命活動，從此登上了政治舞臺。為何今天竟有“斯地不可一日居”的惡感？原因是他所經營的交易所投機生意徹底失敗了。交易所裡的人，本來就是爾虞我詐，蔣介石在日記裡所咒罵的，就是交易所裡的這些惡人。蔣介石在上海一天都不願意待的另一個原因，是9月9日他來到上海時，孫中山正召開有共產國際和中國**人参加的研究改組國民黨計劃的首次會議。如此重要的會議，孫中山卻沒讓蔣介石參加。再說此前他還給孫中山寫過信，對改組國民黨發表過見解。
總理頒手諭，趣返滬詳籌種種。
9月12日，孫中山完全以知心朋友的心情，給蔣介石寫了一封信，邀請他到上海來。
附孫中山手諭
介石兄鑑：日來事冗客多，欠睡頭痛，至今早始完全清快，方約兄來細商今後各方進行辦法。而聞悉兄已回鄉，不勝悵悵。日內仲愷、漢民、精衛將分途出發，往日本、奉天、天津等處活動，寓內閒靜，請兄來居旬日，得以詳籌種種為荷。
附廖仲愷書
介石兄鑑：兄到滬之翌日，弟偕許志澄至大東訪之，而兄與啟民皆不在(後晤見靜江，始知兄在彼處，而弟則並靜江來滬亦不知也)。又翌日，偕展堂再訪，啟民在而兄已忽然歸，使弟茫然若有所失。昨奉惠緘，言居滬心緒不佳，亦無所事，故決計還鄉。弟則以為兄在此間，待商待決之事正多，若避去鄉居，則事無從謀，人人如此，則先生左右可無一人矣。其說通乎，愷日間當赴日本，精衛、展堂、溥泉三人亦另有使命他往，則在先生左右為料理筆墨者，僅滄白一人，故函招季陶來。未審其果能否，即能來，亦不過服書牘之勞，各方面軍事，固不在行，且不接頭者多。而關於汝為方面之事，尤為重要，日夕思維，非兄常在此間不可，故懇兄無論如何，仍再命駕來滬。家事愷當囑啟民為兄料理妥當，毋須兄焦慮，兄固當留此精神，為中國為先生為吾黨出力，不可消耗於不必消耗之事，以傷身體。弟知兄必不我棄，故敢強以相勸，望兄垂聽。勿勿。此請大安。弟愷手啟。9月14日。
著《孫大總統廣州蒙難記》蕆稿。
附《孫大總統廣州蒙難記?跋》
此記為餘極沉痛之作，付印尤為餘所不獲已也。廣州變亂，餘唯自悲吾黨之不幸，豈復忍以內容真相暴於世，以自貽其羞乎。粵變以來，餘所以不願以一言一字露布其叛亂事實者，猶守交絕不出惡聲之訓耳。九月杪，餘養痾天童，見報紙有發表孫總統聯德密函者，不禁髮指眥裂，益覺陳氏謀害總統之心，毒於蛇蠍。餘雖欲為緘默，而亦不可得矣。嗚呼，陳逆!汝不能在廣州嫁總統以拳匪之禍，汝今猶欲誣指總統為過激黨乎。世界大戰告終，對俄對德之外交，如英、如美、如法、意、日本各國，無不急望其恢復邦交，以謀提攜之道。吾與俄、德，豈能不再締約，以修兩國之好，其可永久絕交，終陷於孤立地位乎。況外交祕密，為各國所公認，而總統此函，又僅為同志間磋商之詞，豈足為謀害總統之信券乎。自此函發表以後，中外人士凡有知識者，莫不認為應有之政策，外人且以為總統之外交，目光高人一等，又以為中國之有人，不唯不忌，而且表示其敬仰之意。故發表此函，徒足以彰陳氏謀害總統之罪惡，而又加其一重媚外賣國之鐵證耳。廣州叛亂，謀害總統之事實，其歷歷可數者，不下六七次，至餘所聞而尚未發現者，又不知凡幾。叛逆之智，不為不足。今既事過境遷，如其苟為天地父母之所生者，應有天良，於此當悔昔日之非，翻然自新，以恢復其墮落人格之不暇，奈何必欲置其十餘年父事、師事之長上於死地而後甘心乎。嗚呼，陳逆，即使汝能謀害總統一人，其能謀害三百萬之黨友乎?即使能掩盡中華民國四萬萬國民之耳目，其能抹殺汝遺臭萬年之歷史乎?自發表密函以後，雖傾西江之水，亦不能滌汝賣國叛黨之劣跡矣。嗚呼，陳逆，汝即不為國家計，其不為個人計乎?嗚呼，陳逆，曾不一念自身與本黨之關係，以及前後之事實乎。數年以來，曾與汝同生死、共患難、轉敗為勝、扶危為安者，果何人乎?汝今日之所挾以謀害總統之奇貨，非粵軍乎。汝之粵軍，果何自來乎，其間如何成立、如何援閩、如何回粵、又如何援桂乎?汝所素稱為益友之汪精衛、胡漢民，與汝所自認為良將之鄧鏗、許崇智，今皆安在乎?其不為汝所謀害者，亦皆為汝所排擠殆盡矣。汝素所敬畏崇拜之黨魁，雖幸而脫汝之刃，然已退避三舍矣，汝固可以據粵自豪，獨居安樂矣。汝之叛逆事業與卑劣人格，應可以從此知足自止矣，奈何必欲更進一步，而為此禽獸所不為之事。汝不知冒人之功以害人，藉人之力以殺人者，其必有人冒汝功、藉其力以殺害汝身者。汝仍不悔過自新，長惡不悛，則多行不義必有自斃之一日，餘尚不欲盡暴汝之罪惡。然汝果能自安於心乎，人即不欲殺汝而恕汝，汝果不急求其倖免自殺之道乎。世有知者，其或曲諒餘不獲己之苦痛，而於此記加之意焉。蔣介石識於太湖之萬頃堂。
至滬，即趁車往無錫遊太湖。坐萬頃堂，見波嶼蒼茫，順道訪梅園，結構天成，涉遊泉山，攬起雲樓之風景，輒為曠怡。歸途轉蘇州，訪立妙觀、留園、西園，仍由滬返甬。總理又電召即日之滬。
蔣介石收到孫中山9月12日無比親切的信，也沒有去上海見孫中山。10月4日他從寧波到上海，沒有去見孫中山，而是當即換乘火車到無錫去遊太湖了。此前，蔣介石撰寫的《孫大總統廣州蒙難記》已脫稿，他這次到無錫住在太湖的“萬頃堂”，一來是遊覽太湖，二來是為此書寫“跋”，然後好付即出版。蔣介石要以這本書傳播自己這段最光榮的歷史，抬高聲譽。
謁見總理，與談時局，並陳處置廣西各軍辦法。
10月7日，蔣介石到上海見孫中山，請孫中山為他所寫的《孫大總統廣州蒙難記》作序。孫中山於10月10日為該書作了序。序文對蔣介石上永豐艦的行為予以稱讚，並批評自己“乏知人之鑑”，沒能預先制止叛亂。
與許崇智書，規籌定閩、粵策劃。
附蔣介石致許崇智
閩局不定，則本軍回粵為難，李在閩境，閩必不定，如李攻漳、廈，則贛敵必前進攻延，海軍諒必在省響應。如是王不能支，臧亦難成，而本軍處境更難。弟意如克泉州，則以興、永、泉為根據，對贛主和，使其退兵，對海軍仍主聯絡，王、臧二方，以其何人能與我誠意聯合為斷。如臧果能與我聯合以逐李攻粵，則以重臧為是。因其地在漳、廈，為本軍攻粵要道，如泉州果為我克，將來或可以泉換漳，唯乃須其擔任一路，以為牽制。至其願入粵與否，則另一問題。如臧無誠意，則不如聯王，要求其分兵若干，助我回粵。蓋臧、王二人中，如無一人出兵牽制一路，則本軍兵力不足，且多顧慮。弟之所以重臧者，以臧兵多地要，若臧為我障礙，則本軍回粵，其事更難，若彼無誠意，則我與王聯。以臧視李，先除其障礙，以開回粵之路，事亦易易，唯總須王出兵，必使其知能捨乃能有全之理方可耳。我與陳逆兩軍比較，其兵力過我，後方接濟與前方軍實，皆優於我，唯其軍心不固，紙幣低折，內部離散，是其精神則不如我軍之優。至於西江牽制，不能在計劃之內，以軍事全靠本身為主也。餉項須催子超速發公債票，而加之永興特別收入，或不過難也。弟即日回閩，在滬觀察情勢，或較到閩後為正確，故特預告，以資參考。
諭長子經國談書法。
附蔣介石諭蔣經國書
經兒知之：我明日由甬上起程，要到福建去了，你在上海須要勤奮讀書。你的字還沒有什麼進步，每日早起，須要學草字一百個，楷書五十個，既要學像，又要學快。聞你所讀過的《孟子》，多已忘記了，為什麼這樣子不當心呢?《孟子》須熟理重讀，《論語》亦要請王先生講解一過，你再自習，總要以徹底明白書中的意義為止。你於中文如能懂得一部四書的意義，又能讀熟一冊左、孟、莊、騷菁華，則以後作文就能自在了。每篇總要讀三百遍，那就不會忘記了。餘如英文最為重要，必須將每日教過的生字，在自習時，默得爛熟，一星期之後，再將上星期所學的生字熟理一遍，總要使其一字不忘為止。算學亦要留心，切不可厭倦懶學，遇有疑難問題，務求徹底瞭解。須知目今學問，以中文、英文、算學三者為最要，你只要能夠精通這三者，亦自易漸漸長進了。你上半年沒有脫課，是最好的好處，我很喜歡，以後還要這樣才好。如果從現在到畢業，不脫一課，則你的學問品行，自然而然會好了。學生最要緊的就是上課時候，不顧閒野，教員所說的話，句句聽得明明白白，則功課自然容易精專，學業亦自然容易進步了。寄我獎狀附還，望你檢收。父示。
總理電令入閩各軍改編為“東路討賊軍”，任命許崇智為討賊軍總司令兼第三軍軍長，蔣中正為參謀長，黃大偉為第一軍軍長，李福林為第二軍軍長。
洪兆麟率李雲復、尹驥等入漳，旋退潮汕。
這時由於被陳炯明打敗而一時退往江西的許崇智等部隊，於9月底和駐在延平的北洋軍王永泉取得聯絡，進軍福建。10月12日，攻克福州。孫中山乃將之改編為“東路討賊軍”，任命許崇智為總司令，蔣介石再度任為參謀長，準備討伐陳炯明。