然而，理論上的變革之道口說容易行動難。因為這其中會牽涉到管理需求準確界定、業務的取捨、權力的動盪、利益的重新分配、管理意識和水平的提升以及對於變革阻力的克服。改變一個人的缺點是困難的，同樣，改變一個企業的壞毛病、壞習慣也是最困難、最痛苦的。於是，張近東對幾個高管明確表示：此次組織調整，包括業務的取捨，理解的要執行，不理解的要先執行後理解；對的要執行，錯的先執行再糾正！
在這樣的變革思路下，蘇寧首先重新分離了採購和銷售兩大關鍵職能，並對其進行了清晰的功能和職責界定；對整個公司的業務流程也進行了系統、深入的價值分析，並在此基礎上重新最佳化和提升了關鍵業務流程；在縱向的管理程式和橫向的工作流程兩個維度上，進行了科學合理的分工和授權，並形成了系統規範的崗位管理體系。這樣，蘇寧賴以進一步成長的規範化管理平臺得以建立。
其次，為了配合戰略的需要，蘇寧在行業內最早構建了"總部-大區-子公司"的大區管理體制。與此同時，蘇寧意識到，連鎖經營穩健、快速發展取決於一個完善的後臺管理體系，企業如果只重視門店的開拓，將沒有未來。因此，蘇寧每到一個城市，一般只佈下一個點，然後搭建管理後臺，待到平臺完成到足夠支撐運營之後，蘇寧才會繼續在同區域開店。這樣的拓展方式又導致了蘇寧"四大終端"（店面、客戶服務中心、配送中心、售後服務中心）的組織結構。
再造後的組織體系有效地支撐了蘇寧全國連鎖的戰略推進，並且在組織內部沉澱了一整套標準化的管理制度、流程體系，在這樣一個具備前瞻性、規範性的組織管理平臺上，蘇寧的連鎖步伐得以穩健前進。此次組織再造幫助蘇寧突破了成長的管理瓶頸，同時，也滿足了蘇寧大規模連鎖拓展的要求。
為了適應多元化、大規模、多職能管理，蘇寧在管理結構上大膽創新，形成了具有行業與自身特色的"點、線、面結合的矩陣式"、以蘇寧總部為主體的專業分工、垂直管理體制的三級組織結構，形成了"總部-大區-子公司"的三級管理體制，有效地保持了全國的統一管理。總部統一計劃、目標、規範，統一指揮，統一控制，統一協調，地區管理中心是"旗艦"，各子公司獨立執行既定的發展任務。這樣的聯合作戰能確保在一個區域內的縱深拓展，便於實行個性化的經營管理，同時也有效地提高了終端反應速度及控制能力。
這一組織體系的建立，有效地克服了企業在高速發展中失去控制與陷入混亂的危險，有力地保障和支援了蘇寧在連鎖發展方面的高速度與管理的一致性。
具體而言，"點"就是分佈在每個城市的四大作業終端，這是蘇寧經營體系的基本單元與實體平臺，形象地講就是連鎖大網的"節點"。2002年，蘇寧首次提出"四大終端"的概念，在全國連鎖企業中第一次將物流配送中心、售後服務中心和客戶服務中心三個後臺終端提到了與連鎖店面同等重要的地位，要求蘇寧每進入一個城市，在籌備第一個店面的同時，同步建設物流、售後、客服三個中心，形成支撐連鎖店面銷售與服務的"鐵三角"。
蘇寧的經營體系並不像其他連鎖企業那樣只是前臺連鎖店單兵作戰，而是一個體系聯合作戰，"四大終端"各司其職，緊密配合、缺一不可。有了後臺三個終端的強大服務支援，蘇寧可以輕而易舉地開出更多的店面。
"線"就是按照專業職能劃分的上下一條線的垂直管理。橫向專業化分工，縱向垂直化管理。經過調整和完善，蘇寧確定了從營銷、市場、連鎖店，到人事、財務、行政、資訊等14個專業化管理職能，形成以商品進、銷、存、送、裝一體化職能為主要任務的經營作業體系，以人、財、物、資訊等資源管理為主要任務的管理控制體系。從總部到各地公司形成上下14條線，決策層的決策意圖和工作指令透過這14條線以最快的速度直達終端，所有基層資訊能夠迅速上傳到公司的"大腦"。
"面"就是以地區為單位的統一組織、統一監督的大區管理體制。大區管理的主要作用是以總部制定的目標、計劃與標準為準，在區域內的各項工作統一組織分工，統一排程各種資源，並監管執行過程與結果。最大限度形成一個地區內的規模優勢，人力、物力相互支援，避免各自為戰。
2005年，蘇寧連鎖步伐再次提速，新開167家門店，在全國100多個城市中擁有門店，原來的管理模式已經不適應蘇寧發展的要求了，於是，蘇寧2006年初又開始了一輪大刀闊斧的架構調整。
蘇寧此時面臨的挑戰在於，一方面，蘇寧已建成的物流、服務體系的輻射半徑尚未覆蓋到大部分新城市，因此蘇寧在不斷設點的同時還要籌建新的管理單元；另一方面，蘇寧的全國佈局系統也要求蘇寧的物流體系進行轉型。在過去，蘇寧重視倉庫大小以及囤貨帶來的超額利潤，現在，蘇寧的目標是建立一個高效智慧化的後臺配送體系。蘇寧在每一個獨立的地級市都設立了一個獨立的公司，這些獨立的公司無論在當地開設幾個店，都會針對每一個店建一個配送後臺。但面對全國的連鎖網點，這樣的組織設定太分散了，在店面數量劇增的情況下配送後臺就會造成巨大的管理難度。因此，蘇寧需要對已有的龐大的分散體系進行精簡和整合。