看似穩定的江山，內亂再次發生。平平靜靜地過了二十年，孫恩之亂爆發。
孫恩是孫秀家族後裔，其家世代信奉五斗米道，孫恩叔父孫泰因拜杜子恭為師學習祕術而吸引平民乃至士族人士相信。王恭叛亂，孫泰以為東晉快要覆亡，故此煽動百姓，招集信眾，並獲很多三吳地區人民響應。事件遭到會稽刺史王凝之揭發，孫泰因而遭處死。
孫恩及後逃到海上，召集到百多人，於是等待機會復仇。會稽王世子司馬元顯下令三吳各郡，公卿以下被轉為蔭客的官奴都移置建康，稱作“樂屬”以補充朝廷兵員。然而此舉卻令各郡士庶都十分不滿。孫恩看準當時人心不穩，於是起兵叛晉。
孫恩先與部眾登陸進攻上虞，殺上虞縣令，接著就進攻會稽郡城山陰，在他任會稽太守時，已經和謝道韞生育一兒一女。孫恩賊亂，王凝之居然死活都不相信跟他一樣信仰五斗米教的孫恩會謀反！等叛軍逼近時，他才不得不相信，卻不組織軍隊抵禦，而是踏星步鬥，拜神起乩，說是請下鬼兵守住各路要津，賊兵不能犯。結果當然是城被攻破，王凝之卻仍然不相信同一教派的孫恩會殺他，並不逃走。結果那也是顯然的，被一刀梟首。死得糊里糊塗，讓人哭笑不得。
而此時的謝道韞，面對虎狼叛軍，竟然鎮定自若，手持利刃而前，凜然面對殺人魔王孫恩。孫恩也不由得為之心折，竟不敢傷她。孫恩要殺她的外孫劉濤，謝道韞亢聲而辯：“事在王門，何關他族？，如必欲加誅，寧先殺我！”擲地
有聲，孫恩為其所懾，放走兩人。由於三吳地區少有戰亂，人們都沒備戰，故此各郡縣的駐軍都望風潰散。吳國內史桓謙、臨海太守及義興太守都棄郡城出逃。而當時會稽、吳郡、吳興、永嘉、義熙、臨海、東陽及新安共八郡都同時有人舉兵響應孫恩，很快孫恩的部眾就暴增至數十萬人。孫恩在會稽自稱徵東將軍，強逼人們為自己官屬，將他的團體叫做“長生人”，又大行殺戮及四處放火、搶掠。
由於當時三吳地區已成東晉朝廷的命脈，東晉朝廷即命徐州刺史謝玄率軍討伐孫恩，兗州刺史王操之亦率軍進攻三吳。謝玄先下義興郡，迎太守還郡，後又擊敗吳興郡的孫恩部眾，與王操之兩軍共進之下，很快就兵臨錢塘江。孫恩初時自以為能乘八郡響應的聲勢拿下建康，但至王操之率軍渡過錢塘江時，孫恩就帶著二十萬部眾東走，並乘王操之軍隊搶奪部眾留下的人口和貨物時爭取時間逃走，終逃到海島之上。接著孫恩於各郡的餘部都被消滅，朝廷因為擔心孫恩會再來襲，於是留謝玄駐防會稽。
孫恩過了兩年再次進攻，並進軍至離山陰三十五里的邢浦。謝玄雖然一度派劉宣之擊退孫恩，但不久孫恩又再來攻，並擊敗晉軍，終於五月己卯日攻至會稽，謝玄出戰但戰敗，朝廷對謝玄戰敗大為震動，又派了冠軍將軍王獻之、輔國將軍孫無終及寧朔將軍高雅之抵抗孫恩，戰事一直持續到十一月，王操之率軍進攻孫恩，逼其再次撤回海島。
二月，孫恩再度登陸，進攻句章，為王操之所敗，又再撤回海上。孫恩於是轉攻北面的海鹽。晉
將劉裕於是到海鹽築城抵抗，並屢次擊敗孫恩。孫恩知道無法取勝，於是改攻滬瀆。吳國內史於上一年就已修築滬瀆壘以抵禦孫恩進攻，但孫恩還是攻下了滬瀆壘，四千人戰死，吳國內史亦遇害。
六月，孫恩循海道到達丹徒縣，時已有十多萬兵，千多艘樓船。孫恩臨近的行動震動了建康，朝廷次日就下令建康內外戒嚴，百官入居臺省，城內各軍亦駐守要地，豫州刺史也率軍入衛建康。孫恩在丹徒登陸，卻遭自海鹽追來的劉裕率軍擊敗，更有很多人墮崖遇溺，孫恩亦只得逃返船上。孫恩仍自恃部眾人數多，於是不久就決定重整旗鼓進攻建康。建康民眾知孫恩逼近都十分恐懼，而孫恩原想攻其不備，但樓船因為遇風而要慢行，令到臨近建康時司馬尚之已經入駐建康，王操之亦自會稽趕來。孫恩於是不敢繼續前進，反北走鬱洲，解除了建康的危機。
及後劉裕率兵討伐，多次戰鬥後大破孫恩軍，孫恩實力於是由盛轉衰，被逼沿海退走，劉裕亦率軍追擊，於十一月在滬瀆、海鹽再敗孫恩，孫恩人員的損失數以萬計，被逼再次退守海島。孫恩再攻臨海郡，臨海太守擊敗孫恩，孫恩眼見他的部眾已經所餘無幾，為免被晉軍生擒，於是投海自殺，時有數百人隨他一同自殺，孫恩之亂至此結束。
此時，實力恐怖的北府軍已解散，司馬臺因為整日忙於政事，身體吃不消，駕崩了，他的兒子司馬宋登基為新皇。
謝安、王凝之一代名士也葬於黃土。有後起之秀劉裕、王獻之、謝玄和王操之輔政，大晉國的版圖一日一日擴大……
（本章完）