最令阿古柏頭痛的是俄國人。不論為公為私，他都不喜歡俄國人。他從1853年起就反對俄國人，那時他在阿克麥吉特抵禦佩羅夫斯基將軍的進攻，被俄軍擊敗。在與俄軍的各次交戰中，阿古柏都是失敗者。現在他自己當上了統治者，他仍然跟俄國作對。從他在喀什噶爾開始冒險的時候起，他就劃出了一條反俄的陣線，若非左宗棠在俄國人出手之前就已經出場，並結束了他的僭越，那麼俄國人一定也會消滅他在喀什噶爾的政權。
俄國人絕對沒有忽略新疆中部與南部在他們中亞計劃中所佔的優先地位，但他們對天山以北地區特別是伊犁河谷興趣更大。曾於1873年訪問過伊犁河谷的舒伊勒說過，它是俄國人近來在中亞佔領的最富裕的地區，他的看法是，惟有這個地區總是能夠回報對它的投入。［2］
俄國人於1853年從塞米巴拉金斯克進軍，首先佔領了直達維爾尼的外伊犁地區。由於18世紀中葉乾隆的征戰，中國人對下伊犁河谷和巴爾喀什湖有不甚明晰的主權主張。根據1860年簽署的條約，中國政府出於指望俄國人協助中國促使英法聯軍撤出北京的考慮，同意改訂中俄邊界。在遠東，這次改訂使黑龍江和烏蘇里江成為疆界，這樣就把沿海地區和直到黑龍江口中國主張的領土劃給了俄國。在中亞，這次改訂把後來成為塞米列奇省的大部分領土劃給了俄國，科依賓（Koibyn）以西的伊犁河谷也變成了俄國領土。儘管俄國人沒有參加第二次鴉片戰爭（1856－1860），但是作為這次戰爭的結果，他們卻在領土上大為獲益。
如前所述，由於乾隆的征戰，中國人對準格爾和伊犁河谷的主權訴求增強了。據說在這次戰爭中，大約60萬名土著居民被消滅，或者逃出了這個地區。這個地區進行了重新安置，從帝國其他地區遷來了各民族的成員。他們當中有大約6000戶回民來自新疆中部與南部。在回民運動以前的那個世紀裡，伊犁河谷的人口在增長，到1862年有了35萬人。
在新疆的參贊大臣駐節地新固爾扎城，有一支5000人的滿人駐軍，另有1000人的滿人部隊和3000人的漢人部隊駐屯在河谷的其他地點。在這樣一個邊境地區，9000人的兵力似乎少了一點，但要記住，這裡的大部分人口都號稱是軍事移民，所以形成了某種民團性質的組織，隨時可以應召作戰。
北路回民的真正暴動發生在1864年夏季，他們佔領了烏魯木齊，屠殺了那個地區的13萬名滿人和漢人。清廷的軍隊在伊犁集結，派去鎮壓造反者，但在瑪納斯境內遭到重創。接著伊犁河谷就發生了暴動。即便在那時候，官員們只要積極行動起來，似乎也不難把造反者鎮壓下去。回民內部爭吵，其中一些人沒有參加動亂的跡象。但是漢人和滿人官員的作為如同喀什噶爾的官員一樣。他們待在軍營裡，等待造反軍來攻擊。新固爾扎集結了大約8000兵力，就跟在喀什一樣，他們靜觀其變。
回民軍對新固爾扎發起了攻擊。他們的攻擊被輕易擊退了。此後不久，參贊大臣被解職了，他從前的屬下，塔爾巴哈臺的朱古察克參贊大臣被任命為他的繼任者。新任參贊大臣對省會附近壕溝裡的回民軍發起倉促的攻擊，結果遭到慘敗。回民軍在新固爾扎附近集結，對該城進行無組織的攻擊，同時包圍了該地區所有的小軍營。外圍軍營一個接一個失陷，到1865年底，只有省會新固爾扎挺下來了。
這一年中，回民在朱古察克起事，殺光了駐軍和該城的所有滿人與漢人。伊犁河谷與中國內地的所有交流就這樣被切斷了，只有透過俄國投遞的信件除外。參贊大臣陷入極度的困境，多次向俄國人求援，正如中國人在太平天國時期請外國人援助長江下游。但是俄國人嚴守中立。
該城的主城區遭到破壞，只有城牆堅厚的駐軍區保留下來，居民們在這裡尋求保護。糧食很快就吃完了，斑疹傷寒在擁擠的人群中爆發，人們在經歷可怕的痛苦。大約在1866年1月中旬，正值左宗棠在廣東嘉應準備對太平軍給予最後的殘酷打擊，回民軍攻破了新固爾扎軍堡的城牆，清政府在西部的最後一個前哨退出了舞臺。
時過不久，回民中的兩派公開為敵。1867年4月，雙方在老固爾扎附近展開決戰，最後阿比爾·歐格拉獲得了最高權力，此人又稱阿拉罕。他自稱為蘇丹。但是伊犁河谷絕沒有恢復和平。吉爾吉斯的強盜幫穿過邊境，衝入俄國，騷擾俄國人。
考夫曼將軍，老派的帝國建立者，於1867年當上了俄國土耳其斯坦的總督。他在撒馬爾罕安頓下來以後，把注意力轉向浩罕及東部地區。阿拉罕向俄國人提過幾次建議，但他們沒有理睬。
阿古柏開始對天山以北的土地打主意。當他於1871年把軍隊調到吐魯番時，人們都認為他企圖吞併烏魯木齊和瑪納斯的回民區域，並奪取固爾扎新蘇丹的領地。不管怎樣，俄國人認為這是他的企圖，而他們不想讓他進入伊犁河谷。他們佔領了穆扎特關北面的通道，以阻撓阿古柏從那條路線派兵進入河谷的企圖。
固爾扎周邊的動亂還在繼續。老固爾扎已經成為塔蘭奇蘇丹國的首府，而邊境仍然遭到盜幫的襲擊。考夫曼將軍決定終止這種事態，於1871年夏季在科依賓以東召集兵力，打算平定固爾扎。科爾帕可夫斯基將軍出任司令，領兵出征，塔蘭奇方面只進行了輕度抵抗，阿比爾·歐格拉便投降了，固爾扎於1871年7月4日被俄國人佔領。據說佔領伊犁河谷的行動是由考夫曼將軍發起的，聖彼得堡的當局對此行動甚為不滿。俄國外交部趕緊通知中國政府：這次佔領是暫時的，只要中國派出足夠的兵力接收並維持秩序，就能收回領土。［3］
可以肯定地說，俄國人佔領伊犁的理由，是對阿古柏的野心及其反俄的態度略為擔憂。他拒絕俄國人到他的領地從事貿易，當某些有強大官方背景的商人進入喀什噶爾時，他直接買下他們的全部貨物，然後將他們送回俄國。看來阿古柏採取反俄態度完全是因為他急於得到俄國的承認，他企圖用高壓手段來令俄國人對他的權力刮目相看。但是他對考夫曼將軍的判斷犯了可悲的錯誤。
俄國人於1868年建立了納倫要塞，鞏固了他們在伊塞克與喀什噶爾之間山區中的地位。這令阿古柏十分不快，他針鋒相對，大大加強了阿克蘇的防衛。考夫曼將軍試圖與阿古柏直接接觸，就跟他跟浩罕交往一樣，可是阿古柏似乎不想直接跟聖彼得堡打交道。
考夫曼將軍隨後試圖引導浩罕的統治者胡達牙爾汗向喀什噶爾行使他的宗主國權力，讓他進軍喀什噶爾，把阿古柏趕走。胡達牙爾汗雖然不喜歡阿古柏，他卻拒絕了這個提議。於是考夫曼將軍給阿古柏送去一封信，告訴他：除非他像浩罕與博卡拉一樣跟俄國建立友好關係，他對俄國與俄國人的態度會受到嚴厲的懲罰。阿古柏對他的答覆是：
把你的信函送到我手中的最後一個信使不是俄國人，不是因為你沒有俄國人可派，而是因為你認為只有浩罕與博卡拉才值得你派俄國人。如果俄國人相信我的好意，他就會派自己當中的一員前來，這才能向我顯示他們的誠心，才會被我當作他們對我的善意的證據。如果你說的話果然是表達對我的好意，那就派一個比商人更有資格的人過來。派個俄國人過來，哪怕是塔什干人也行，雖然他只是一個牧羊人，我還是把我自己的使者派到你那裡去。［4］
在許多年後將指揮一支軍隊參加日俄戰爭的考爾巴斯男爵，被任命為使節，派往喀什，與阿古柏簽訂通商條約。與此同時，俄國人開始向納倫要塞大規模調動軍隊和給養。通商條約於1872年6月10日簽署，阿古柏非常高興，因為這樣一來，他就被俄國人承認為主權國家了。他請求派一名使者前往聖彼得堡，得到了允許。1873年夏季，沙皇接見了這名使者，給予他相當規格的接待。［5］
那個條約對貿易關係並無顯著的效果，因為俄國商人仍然沒有行動的自由。軍事準備仍在繼續，要是1873年沒有佛西斯使節團在喀什，俄國人很可能就入侵喀什噶爾了。阿古柏從這個使節團得到了不小的安慰，這使他對俄國人說話調子空前強硬。但是考爾巴斯使節團已經打探到了阿古柏的底細，掌握了他所能調動的兵力數量。他們集結了2萬人的軍隊，由了不起的斯科別列夫將軍指揮，準備在1875年初消滅阿古柏。就在這個關鍵時刻，浩罕爆發了叛亂，有可能影響到俄國土耳其斯坦的更多區域。準備進攻喀什噶爾的軍隊必須撤回，用到其他戰場上。阿古柏撿了一條命。
儘管阿古柏自命為中亞穆斯林的領袖，儘管1875年的暴動給了他一個機會來證明他在反對俄國人的大斗爭中所處的領導地位，但他還是沒能在同教中人抗擊俄國人的戰爭中伸出援手。他應該知道，只要他打算跟俄國人鬥爭，他就會有機會。有一個假設或許能夠解釋他在這場危機中的表現：他已經風聞他的王國以東正在發生什麼事情。在甘肅的肅州，左宗棠將軍正在按部就班地準備重新徵服新疆。俄國人還沒有完全恢復俄國土耳其斯坦的局勢，來不及把喀什噶爾抓在手裡，左宗棠的部隊就已經開到了喀什噶爾，於是阿古柏的統治完蛋了。
註釋：
［1］注意：下面對阿古柏的敘述主要根據波爾格《中亞問題》中的《喀什的已故阿古柏》。
［2］舒伊勒：《土耳其斯坦》，第2卷，第198頁。
［3］舒伊勒：《土耳其斯坦》，第185～188頁。
［4］舒伊勒：《土耳其斯坦》，第321頁。
［5］舒伊勒：《土耳其斯坦》，第322頁。