這些檔案可以是投資人委託經辦人的證明檔案，與申請變更登記事項有關的證明檔案等。根據國家工商局2000年1月13日釋出的關於貫徹實施《個人獨資企業登記管理辦法》有關問題的通知第三條的規定，（l）個人獨資申請變更企業住所，應當提交新住所證明。（2）個人獨資企業申請變更投資人姓名，應當提交居民身份證或者戶籍證明。變更投資人姓名是指投資人的姓名發生改變（即投資人未變，只是其姓名發生了變化），或者因轉讓、繼承致使投資人變化（這種情況下投資人已不是原先的投資人，即更換了投資人，這是與前一種情形不同的）。（3）個人獨資企業申請變更的登記事項涉及到營業執照內容的，應當提交營業執照副本。
3.從事法律、行政法規規定須報經有關部門審批的業務的，應當提交有關部門的批准檔案。
4.委託代理人申請變更登記的，應當提交投資人的委託書和代理人的身份證明或者資格證明。
（三）變更登記程式
個人獨資企業申請變更登記事項，應當在作出變更決定（變更企業名稱、企業住所、經營範圍及方式）或者在變更事由發生（變更投資人姓名和居所、出資額和出資方式）之日起15日內，準備好規定的應提交的檔案，向原登記機關申請變更登記。登記機關在收到個人獨資企業按規定應提交的全部檔案後，受理企業的變更登記申請，依法作出受理決定，並從決定之日起15日內，作出核准登記或者不予登記的決定。
登記機關依照國家有關規定對變更登記申請進行稽核。予以核准的，換髮營業執照或者發給變更登記通知書；不予核准的，發給企業登記駁回通知書。即對於登記機關核准企業申請變更的登記事項涉及到營業執照內容的，登記機關予以核准的，應當給個人獨資企業換髮新的營業執照，並應當收繳原營業執照正本及其他副本；登記機關核准企業申請變更的登記事項不涉及到營業執照內容的，登記機關予以核准的，應當發給變更登記通知書。
（四）遷移登記
根據《個人獨資企業登記管理辦法》第16條的規定，個人獨資企業變更住所跨登記機關轄區的，應當向遷入地登記機關申請變更登記。遷入地登記機關受理的，由原登記機關將企業檔案移送遷入地登記機關。這是個人獨資企業的遷移登記，是跨轄區變更住所時引起的一種特殊的變更登記。
（五）個人獨資企業轉讓或繼承的登記問題
《個人獨資企業法》第17條規定，個人獨資企業投資人對本企業的財產依法享有所有權，其有關權利可以依法進行轉讓或繼承。
但對個人獨資企業轉讓後如何登記，是變更登記還是登出登記，法律沒有規定。一般來講，變更登記有利於投資人，登出登記有利於保護債權人的利益。我們認為，為了平衡投資人和債權人的利益，如果適用變更登記程式，就應當在轉讓協議中明確規定由誰對轉讓前企業債務承擔無限責任；如果轉讓協議中沒有規定企業原債務由誰承擔，就不能適用變更登記程式，而應當適用登出登記程式和新設立登記程式。
根據《個人獨資企業登記管理辦法》第17條第一款的規定，個人獨資企業因轉讓或者繼承致使投資人變化的，個人獨資企業可向原登記機關提交轉讓協議書或者法定繼承檔案，申請變更登記。
根據《個人獨資企業登記管理辦法》第17條第二款的規定，個人獨資企業改變出資方式致使個人財產與家庭共有財產變換的，個人獨資企業可向原登記機關提交改變出資方式檔案，申請變更登記。
八、登出登記
登出登記，是指登記機關對終止營業的個人獨資企業撤銷企業註冊號，繳銷營業執照，取消個人獨資企業經營資格的登記行為。
（一）登出登記的原因
根據《個人獨資企業法》第32條的規定，個人獨資企業解散時，應當辦理登出登記。因此，個人獨資企業解散的原因也就是其辦理登出登記的原因。個人獨資企業因下列情形之一而宣告解散：
1.投資人決定解散這是指在個人獨資企業經營過程中，發生某些特殊情況時，由投資人自行決定解散企業。
2.投資人死亡或者被宣告死亡，無繼承人或者繼承人決定放棄繼承個人獨資企業是個人業主制企業，當出現投資人死亡或被宣告死亡，又無繼承人（包括法定繼承人和遺囑繼承人）或繼承人決定放棄繼承時，個人獨資企業將無投資人，在這種情況下，個人獨資企業自無存在的必要，應當解散。
3.被依法吊銷營業執照這是一種強制解散情形。個人獨資企業因為違反國家有關法律、行政法規的規定，而且情節嚴重，企業登記機關應當依法吊銷其營業執照。營業執照被吊銷，意味著合法經營資格被取消，沒有合法經營資格，個人獨資企業只有解散。
4.法律、行政法規規定的其他情形這是指由法律、行政法規規定解散的其他原因。例如，個人獨資企業可能因國家產業政策變化而不能再繼續經營，就應當解散。
（二）登出登記應當提交的檔案
根據《個人獨資企業登記管理辦法》第19條的規定，個人獨資企業申請登出登記，應當向登記機關提交下列檔案：
1.投資人或清算人簽署的登出登記申請書
登出登記申請書的格式和內容與設立登記申請書相似，詳細要求見本書附錄。
如果個人獨資企業解散是由投資人自行清箅，登出登記申請書應由投資人簽署才有效；如果個人獨資企業解散是由債權人申請人民法院指定清算人進行清算，登出登記申請書應由清算人簽署。清算人申請登出登記的，應提交人民法院指定其為清算人的證明。
2.投資人或清算人簽署的清算報告
清算報告，是指個人獨資企業清算結束後，由清算人編制的反映企業具體清算情況的書面檔案。其內容一般包括：（1）個人獨資企業解散的原因和時間；（2）清算人的名單及其職責；（3）清算步驟和具體安排；（4）企業債權債務及其處理；（5）清算方案及其執行情況；（6）清算人履行職責情況；（7）其他需要說明的內容。
清算報告必須由投資人或清算人簽署才有效。
3.國家工商行政管理局規定提交的其他檔案
登記機關可根據國家工商局的規定，要求企業提交其他檔案。
4.營業執照
營業執照包括正本和副本。個人獨資企業登出後，其經營資格已不存在，不能繼續開展經營活動，應當向登記機關繳回營業執照。如果個人獨資企業未提交營業執照，登記機關不能核准其登出登記。
此外，在異地設有分支機構的個人獨資企業，還應當提交分支機構所在地企業登記機關核發的分支機構登出登記通知書。這是由於個人獨資企業分支機構的民事責任由設立該分支機構的個人獨資企業承擔，所以個人獨資企業解散時，其所轄的分支機構也應當解散，否則分支機構的債務將無承擔主體。
（三）登出登記程式
個人獨資企業投資人或清算人應當自清算結束之日起15日內，持規定的檔案、證明，向原登記機關申請登出登記。登記機關收到個人獨資企業按規定應提交的全部檔案後，即予以受理，並審查其提交的檔案是否齊全、有效、合法，尤其是要審查清算報告是否完整、真實、符合法律法規規定。登記機關應於受理之日起15日內，作出核准登記或不予登記的決定。予以核准的，發給核准通知書；不予核准的，發給企業登記駁回通知書。
經登記機關注銷登記，個人獨資企業終止。如果個人獨資企業沒有辦理登出登記，就不能確認為終止。
九、分支機構登記
分支機構登記，是指分支機構所在地的登記機關對個人獨資企業申請設立、變更、登出分支機構的稽核登記行為。
（一）分支機構的概念和法律特徵
個人獨資企業的分支機構，是指個人獨資企業依法設立的從事生產經營活動的機構。它具有如下法律特徵：
1.分支機構是由個人獨資企業依法設立的
設立分支機構是法律賦予個人獨資企業的一項權利。個人獨資企業可以根據其開展經營活動的需要，自主決定是否設立分支機構，以及所設立分支機構的名稱、經營場所、經營範圍及方式和負責人。根據法律規定，個人獨資企業設立分支機構，必須由投資人或其委託的代理人向分支機構所在地的登記機關提出設立申請，經登記機關核准登記，發給營業執照。未經登記機關核准登記，不得設立分支機構。
2.分支機構是從事生產經營活動的機構
個人獨資企業分支機構不同於企業設立的不從事經營活動的辦事機構，它可以根據個人獨資企業的授權，在登記機關核准登記的範圍內開展經營活動。
（二）分支機構的登記管轄
按照《個人獨資企業法》的規定，個人獨資企業分支機構的登記機關是分支機構所在地的登記機關。
（三）分支機構的登記事項
根據《個人獨資企業登記管理辦法》第23條的規定，分支機構的登記事項應當包括：分支機構的名稱、經營場所、負責人姓名和居所、經營範圍及方式。
1.分支機構的名稱
是指經登記機關核准登記的該分支機構區別於其他經濟組織或者社會組織的稱謂。
按照企業名稱登記管理的有關規定，個人獨資企業分支機構的名稱應當冠以其所從屬的個人獨資企業的名稱，綴以“分廠”、“分店”等字詞，並標明該分支機構所在地的行政區劃的名稱或地名，但其行業與其所從屬的企業相同的，可以從略；如果同一個人獨資企業在同一企業登記管轄區域內設立多個分支機構的，還應在“分廠”、“分店”等字詞前標明序號。即個人獨資企業分支機構的名稱應該是：其所從屬的企業的名稱+其行業和所在地的行政區劃的名稱或地名（其行業與其所從屬的企業相同的，可以從略）+序號（同一個人獨資企業在同一企業登記管轄區域內設立多個分支機構時應署明）+“分廠”、“分店”等字詞。分支機構的名稱應當由登記機關依法核准。
2.經營場所
個人獨資企業分支機構的經營場所，是指經登記機關核准登記的分支機構從事生產經營活動的所在地。分支機構經營場所應當是個人獨資企業享有合法所有權或使用權的場所。
3.負責人姓名和居所
分支機構負責人是指由個人獨資企業投資人委派的，負責主持分支機構生產經營活動的人員。分支機構負責人可以是個人獨資企業的投資人，也可以是個人獨資企業投資人委託或聘用的人員。分支機構登記時，應當將分支機構負責人的姓名和居所列為登記事項。
4.經營範圍及方式
個人獨資企業分支機構的經營範圍及方式不得違反有關法律、行政法規規定，並應經登記機關核准登記。登記機關應當按照有關規定，用準確、規範的語言核定個人獨資企業分支機構的經營範圍及方式。分支機構的經營範圍及方式經登記機關核准登記後，即具有法律效力。分支機構必須在核定的經營範圍及方式內依法開展生產經營活動，超越核准的經營範圍及方式的，由登記機關依法查處。
值得注意的是，《個人獨資企業登記管理辦法》並沒有規定分支機構的經營範圍及方式不得超出個人獨資企業的經營範圍及方式。
（四）分支機構設立登記時應提交的檔案
根據《個人獨資企業登記管理辦法》第24條的規定，個人獨資企業申請設立分支機構，應當向登記機關提交下列檔案：
1.分支機構設立登記申請書
個人獨資企業分支機構設立登記申請書應當載明申請設立分支機構的名稱、經營場所、負責人姓名和居所、經營範圍及方式。
2.登記機關加蓋印章的個人獨資企業營業執照影印件
個人獨資企業設立分支機構，應當提交原登記機關加蓋印章的個人獨資企業營業執照影印件，這樣規定是為了方便分支機構所在地登記機關，確認設立分支機構的個人獨資企業的經營資格，瞭解該個人獨資企業的基本情況。
原登記機關在對個人獨資企業營業執照影印件加蓋印章的同時，還應當註明其用途和有效期限。
3.經營場所證明
是指個人獨資企業分支機構經營場所的權屬證明，即能證明分支機構對申請登記註冊的經營場所享有所有權或者使用權的檔案。投資人自有的經營場所，應當提交房管部門出具的產權證明；租用他人場所的，應當提交租賃協議。
4.國家工商行政管理局規定提交的其他檔案。
5.分支機構從事法律、行政法規規定須報經有關部門審批的業務的，還應當提交有關部門的批准檔案。
6.個人獨資企業投資人委派分支機構負責人的，應當提交投資人的委託書和代理人的身份證明或者資格證明。
個人獨資企業投資人委派分支機構負責人的，其委託書應當包含以下內容：（1）明確規定分支機構負責人是經投資人的委派；（2）註明所委派的分支機構負責人的姓名、居所等基本情況；（3）該分支機構負責人被派往的分支機構的名稱、經營場所的詳細地址等。