朝廷各部對曾國荃一到武昌，便參劾總督的行為普遍不滿，尤以軍機處為甚，因為奏摺中有“軍機處故意與鄂撫為難，凡有寄諭，從不徑寄，而由督署轉遞”的字樣，觸到了軍機處的痛處。軍機大臣胡家玉面稟太后，說曾國荃將軍事失利的責任推給官文，居心不良，所奏情事多有不合，宜駁回。慈禧太后命兵部派員到武昌密查核實。
濟寧州里，曾國藩接到曾紀澤的稟帖，將奏疏仔仔細細地讀了一遍。老九的使氣任性，辦事孟浪，使他深為痛心。他頓足嘆息，預感此事將招致嚴重的後果。必須給老九明確地指出：不能走得太遠！他提筆作函：
官秀峰一事業已奏出，但望內召不甚著跡，替換者不甚掣肘，即為至幸。弟謂命運作主，餘素所深信；謂自強者每勝一籌，則餘不甚深信。凡國之強，必須多得賢臣工；家之強，必須多出賢子弟；一身之強，當效曾、孟修身之法與孔子告仲由之強，可久可常。此外鬥智鬥力之強，則有強而大興，亦有因強而大敗。吾輩在自修處求強則可，在勝人處求強則不可。
又給紀澤寫了一封信，嚴責兒子不但不去勸止九叔，反而擬此言辭尖刻的奏疏，為之推波助瀾，太不懂事了。
剛好這時李鴻章來徐州視察軍務，曾國藩打發趙烈文到徐州去跟李鴻章商量。李鴻章一聽，也覺得老九莽撞了。他沉思良久，對趙烈文說：“現在只有一個辦法，由恩師出面打圓場，密保官秀峰，並以兄長的身份批評九帥作事草率，儘量把事情化小。不知恩師意下如何。”
趙烈文回濟寧後，向曾國藩轉述了李鴻章的主意，並認為這是個可行的辦法。曾國藩從心裡來說並不願意這樣抑荃揚官，但考慮到老九非官文的對手，倘若官司打敗，調離湖北，新湘軍便不再存在，全盤計劃將會打亂。為了河防之策的順利執行，從剿捻大局出發，只得出此下策。幾天後，一封密保官文的奏摺由濟寧州發出了。
接到大哥的信後，曾國荃的頭腦開始冷靜了點，原擬的第二份參折暫時擱下未發。曾紀澤則遵父命離開武昌南下，跳出這個是非圈子。
不久，來武昌調查督撫糾紛的欽差回到京師，將曾國荃所列官文各條一一駁回。都察院的御史上書，奏官文為肅黨餘孽事既不成立，曾國荃則為誣陷，例應反坐。其他各省督撫中也有人上奏，說曾國荃恃功傲物，打仗失敗，應予懲治。慈禧太后對此事頗感為難。她既需要官文這樣忠實的家奴，也需要曾國荃這樣能斗的鷹犬。眼下捻軍勢力強大，國事未安，曾氏兄弟和湘淮軍是她依賴的柱石。但官文無過受辱，朝野物議甚烈，不壓一壓曾國荃也難平眾怒。她想給曾國荃一個“降二級處分”，猶如當年曾國藩為楊健請入鄉賢祠所得的結果一樣。
這時，接替楊嶽斌任陝甘總督的左宗棠，給朝廷來了一份詞氣亢厲的奏疏，稱讚曾國荃劾官文一疏，是當今天下第一篇好文章，第一等好事，人心大快，正氣大張，並以自己在湖南撫幕多年的身份為證，指責官文貪劣庸碌，不堪封疆重寄，請求太后、皇上撤官文之職，以昭朝廷公正之心。左宗棠正處在平回民之亂的前線，他這封奏摺的分量，遠勝他省督撫和都察院的御史。曾國藩密保官文的奏摺此時也到了慈禧的手中。慈禧是個精明的人，她深知曾國藩不早不遲，恰好這時來封保官的摺子，無疑是在為弟弟彌縫，希望這件事不要水火不容地鬧下去。曾國藩的這個態度很使慈禧欣慰。她想：倘若曾國藩和弟弟站在一邊，堅決與官文為敵，那就更麻煩了；曾國藩的面子還是要給的。慈禧決定按督撫不和的處置成例來個和稀泥。於是將官文內調京師，以大學士掌管刑部，兼正白旗蒙古都統，調李鴻章為湖廣總督。因蘇撫一職暫不能離開，遂調湖南巡撫李瀚章暫署湖督，由劉昆接替李瀚章。對曾國荃則未加任何指責。一場大風波就這樣平息了。
正當曾國藩為九弟平安度過險境，湖督一職落入湘淮軍手中而欣喜的時候，賴文光、張宗禹趁著清廷官場這場內耗的大好時機，在禹州大敗郭松林部，然後揮師北上，率領五萬鐵騎，輕而易舉地突破由豫軍守衛的朱仙鎮至開封府一帶的防線，晝夜急馳，挺進魯西。苦心經營半年之久的河防大計，一夜之間便付之東流。訊息傳來，曾國藩在濟寧州一病不起。