官文也給曾國藩、彭玉麟來了信，說我大清王朝早就應該建海軍了，長江水師已是海軍雛形，理應改為經制之師，永遠存在下去。又說自己於水師不懂，假若今後真的兼了海軍統領，那是無比榮幸的事，還請曾、彭多多輔佐，共創偉業。曾國藩、彭玉麟閱後，會心一笑。
楊嶽斌接到軍機處的諮文後十分激動，連夜命幕僚起草，以最堅定的態度支援此事。並說它將是我中國千古未有之大事，必會使宣宗爺、先帝含笑於九泉。又說自己寧可不當陝甘總督，願去改制後的水師充當一個偏裨將校。
劉長佑、駱秉章、毛鴻賓都明確表示贊成此事。只有年邁的勞崇光態度比較含糊，既表示同意，又說要慎重，讀完全篇，也不知他究竟是贊成還是不贊成。不過，勞崇光在七位總督中的地位，只與毛鴻賓相上下，都是屬於沒有戰功一類的，遠不如左、楊、官、劉、駱，何況他也沒有明白反對。長江水師改為經制之師，就這樣順順當當地通過了。皇太后接受了左宗棠的建議，籌建海軍一事暫緩，先把水師整頓好，以巡守長江為主要職務。更令他們興奮的是，朝廷任命彭玉麟為統領，並沒有官文的名字，那個好名的大學士空喜了一場。
彭玉麟日夜與黃翼升、李朝斌等人計議，擬出了一個章程：統領之下設提督兩員，由黃、李分任；建嶽州、漢陽、湖口、瓜洲、狼山五鎮，設總兵五人；立營二十四個，戰船七百七十四號，營官二十四員，哨官七百七十四員，兵士一萬兩千人。鑑於水師中受賞大銜的很多，而實際營哨官只有八百來名，僧多粥少，不夠分配，彭玉麟又想出一個點子：以大銜借補小缺。按銜高低排，同銜的按資歷排。這樣排下去，許多銜位高達參將、遊擊的，也只能當千總、把總。雖略覺委屈，他們也樂意。銜是空的，職務才是實的，千總、把總雖低，總比那些有銜無職的要強多了。長江水師原有兩萬人，彭玉麟對這支人馬作了整頓。沒有戰功的，疲沓的，走私的，吸食鴉片的，有結黨嫌疑的，統統予以裁撤。長江水師開始有了新氣象。曾國藩對彭玉麟的整頓完全放心，他自己則把主要精力放在吏治上。
他素來服膺王陽明的“破山中賊易，破心中賊難”的觀點，認為正人心、厚風俗、扭轉世風要比破長毛下金陵更難，而世風的好壞主要繫於當政者。最高當政者以自己的人格和才能為表率，默運於淵深微漠之中，慢慢地引起身邊人效法，再向全國各級官吏推廣，這樣就可以形成一種強大的勢力。憑著這股勢力，人心可正派，風俗可淳厚。因而，他自己儘量做到以身作則，試圖以此來感染身邊的幕僚們，把他們培養成好的種子，撒到兩江三省去，影響各府州縣的官吏，從而逐漸把兩江的風氣扭轉過來。為達此目的，他自己辦事比先前更加勤勉。州縣凡命案都要由他最後裁決，又經常派幕僚們下去查訪吏治民情。繼裕祺之後，又革掉了幾個民憤很大的貪官，代之以幕僚中德才兼備者。
這時容閎從海外回來，大批從英美購來的機器母機也運到吳淞口。曾國藩大力表彰了容閎的忠心和才幹，並安排他和楊國棟、徐壽、華蘅芳、李善蘭等人，在上海籌辦機器製造總局，把安慶內軍械所的大部分機器遷過去，小部分留下，作為上海總局的分局。
皇上念及功臣，特為降旨，為曾國藩的一等侯之上褒加“毅勇”二字，曾國荃的一等伯之上褒加“威毅”二字，李鴻章的一等伯之上褒加“肅毅”二字。曾國藩心中歡喜。
正當曾國藩為兩江的振興而努力的時候，清軍與捻軍交戰的前線傳來令人震驚的訊息。這個訊息打亂了他的全盤計劃，逼迫他不得不重上戰場，最終使他由一個勝利者變為失敗者。