一登陸倭國本州，便意味著倭國已經完全喪失任何抵擋明軍主力推進向江戶的可能性。
接下來，大明軍隊在山口暫做休整後，便迅速拿下廣島、兵庫、舞鶴等城。
當大明佔下大阪後，便意味著離京都已不遠。
不過，此時天皇也已經逃離了京都，暫駐於名古屋。
整個倭國國內大亂，各地大名皆開始擴充兵馬，固城自守。
而幕府將軍德川家綱此時也開始惴惴不安，不知所措。
“大老，現在該如何是好，明軍實力太強，我們打不過呀！”
德川家綱著急地問著酒井忠清。
“先把天皇請回來，以天皇的名義，徵集大名們的軍隊，組織起來，在富士山與明軍進行一場決戰，利用山川地勢或許能打敗明軍，若不能只能讓天皇代表我們向大明投降！”
於是，這德川家綱便果真派人將天皇從名古屋接到了江戶，同時又號召各地大名集結武士於富士山，準備於此與大明決戰。
而天皇與幕府將軍德川家綱也躲入了富士山中。
等著大明陸續佔領倭國京都、奈良等城後，於崇禎四十年六月正式抵達東京附近，來到富士山山下，受到三十萬倭國日軍阻擊。
倭國這次還出動了騎兵，但在步炮協同的大明軍隊面前依舊如土雞瓦狗般被擊潰。
最終倭國日軍依舊只得盤在富士山中與大明軍隊進行周旋。
“這裡是倭國最高的地方，而現在倭國的幕府將軍與天皇皆在裡面，我們得先將藏在這富士山裡的倭寇全部殲滅才能有效佔據倭國。”
李定國看茫茫大山說了一句。
“可這山勢蔓延，林深路險，我軍對此地又很陌生，要想全殲倭寇只怕甚為艱難，儘管我軍武器優良，但若是分散開，散於群山之中又難免被偷襲伏擊，只怕還會增加傷亡，甚至是徒勞無功。”
鄭成功不得不補充了一句，一時看著遠處白雪皚皚的富士山也不禁喟嘆起來。
李定國也同樣保持了沉默，諾大個倭國，卻因為山地多而給了這些倭寇以暫時的棲身之地，使得明軍為避免不必要的傷亡而不得不對其暫時停止進攻。
李定國思索了許久，最終決定採取關門打狗之策，集中二十萬明軍將整個富士山圍住，並不讓主力分散進山搜剿，而是在山下紮成一個籠子，兩萬鐵騎分成十班晝夜不斷地圍繞著整個富士山巡邏。
同時，李定國又選出僅有五千之數的特戰士兵手持衝鋒槍與腰掛震天雷，分散進山中，襲擊躲于山裡的倭寇，但並不將其剿滅，只是驅趕出來，由山下的主力負責剿滅這些倭寇。
總而言之，便是讓主力部隊在外面扎籠子，而讓最精幹的明軍充當獵犬，進入獵場將所有被視為獵物的倭國驅趕出來，也可以說成是摟草打兔子。
現在的倭寇皆密佈於富士山山中，且藉著自己對於這一帶的地勢的熟悉，很是安然地在山中負隅頑抗。
“將軍，我們會擊敗明軍嗎，明軍會闖進山裡來殺掉我們嗎？”
倭寇天皇問著幕府將軍德川家綱，德川家綱冷冷一笑：“天皇放心，大老酒井精忠說了，我們現在在富士山裡，就像是魚游回大海一樣，他們很難找到我們的，而要想找到我們只能分兵各處尋找，到時候我們就有機會放冷箭冷槍襲擊他們，讓他們有來無回。”
“將軍睿智！”倭國天皇點了點頭，也就稍微安心了不少。
而這時候，噠噠的槍聲響起，明軍特戰官兵持著衝鋒槍突然出現在了附近，對著這些倭寇就是一頓猛烈地掃射，然後大喊著殺，生怕這些倭寇不知道自己的出現。
倭寇因此大為慌張，德川家綱和倭國天皇皆忙在自己的部下護衛下往外跑。
這樣的場景在接下來的一段時間裡不斷地發生著，這些藏在富士山山裡的倭寇們就像是兔子一樣被明軍追的到處跑。
而此時的大明軍隊主力則以逸待勞地等在山下，一旦有一股倭寇跑到了山下，就毫不客氣地聚殲，或者將其打回去，使得這些倭寇現在是想下山也不行，而在山中也不安寧，整個富士山裡的倭寇就一直處於奔波的狀態，沒有精力閒下來種田積蓄力量。
但偏偏山下的明軍主力則在山下把根基扎得越發的穩固，搜剿倭寇大名的財富，建立統治秩序，積蓄後勤資源。
使得一年之內，還留在山中的倖存之倭寇越來越少，即便還有也是飢寒交迫，因為生產資料的短缺而不得不忍飢挨餓。
“將軍，我好餓，我真的好餓”，倭國天皇已經變得沒有牛氣。
而之前還能大魚大肉但現在也只能喝粥度日的德川家綱也很是無奈地道：“我也吃不飽飯了。”
而此時，大明已經開始採用了政治攻勢，派遣已經訓練的普通倭人平民跟隨明軍特戰士兵進入山中敲鑼高喊道：“爾等倭人聽好了，擒獲倭國幕府將軍德川家綱或倭寇天皇者，賞黃金千兩，並饒其一命！”
這個價格不可謂不誘人，但在臨近死亡與飢餓的邊緣，儘管有武士還忠於這些倭國貴族，但更多的是開始想以此為拯救自己。
連帶德川家綱都想把倭國天皇給賣出去，但他又擔心倭國天皇轉眼又把自己給賣了，因而一直把倭國天皇帶在身邊。
“他們就是天皇和將軍，他們就是！”
這時候，最先出賣德川家綱和倭國天皇則是大老酒井精忠，一見明軍出現，就忙站起來指著德川家綱與倭寇天皇喊了起來。
而德川家綱現在恨死了這酒井精忠，不由得大怒：“你為何出賣我？”
“沒有辦法，我還想活命！”
酒井精忠剛說完，此時一武士就把一倭刀捅進了酒井精忠的肚子：“不忠不義的傢伙，我將軍殺了你！”
但是現在明軍已經走了過來，問著德川家綱和倭國天皇以及他們身邊的那名武士。
“你們誰是天皇和將軍？”
“他是！”
德川家綱與倭國天皇都指向了那名剛剛殺掉酒進精忠的武士。
那名武士有些愕然，有些後悔，也有些失望。
“奇怪，聽聞倭國天皇和將軍不是同一個人，為何今日卻變成了同一個人，這人看上去一臉老實樣，明顯不是什麼天皇和將軍，爾等在騙我們！”