王珪說道：“韋兄弟，你不知道其中的凶險啊！這會兒，想皇上已經調動十二軍前去坊州護衛，我們集合手下之兵，再加上楊文乾的那點人馬，人數難有三萬，豈是十二軍的對手？”
幾人商量之後，形成共識，目前之勢，唯有等待李淵的來書，再定下步應對之策。韋挺派出一名與楊文幹相熟的心腹，讓他攜帶太子的手令，利用沿途的驛馬，不停換馬疾馳，找到楊文幹問清舉兵原因後，立刻返回。
李淵的手詔過了午時被送往東宮，上面未提及楊文幹舉兵之事，僅說讓太子趕赴仁智宮有事相商。
四人看罷頓時釋然，王珪道：“魏洗馬，皇上的心思果然被你算準了。太子，皇上既然相召，說明他對你猶豫不定，如何擺脫這場厄難，就看殿下如何向皇上陳說了。”
李建成憂心忡忡，嘆道：“這一行凶吉如何，我實在沒有底兒。韋挺，若去慶州之人帶回訊息，你可速速派人送給我。”
魏徵冷笑道：“只怕太子一入仁智宮，就難與外人見面。太子，這宮外的佈置，比如與裴寂和齊王的聯絡，你還要好好籌劃一番。”
李建成道：“仁智宮現在防衛嚴密，外人休想入內，想與裴監和四郎聯絡，說著容易，做起來就太難了。算了，聽天由命吧。”
魏徵道：“事不宜遲，請太子立刻上路。此去仁智宮，不可帶人太多，免遭猜疑。”
“我知道。”李建成說罷，即出宮離京。身旁共帶三百名隨從，出京城未至六十里，到了一個名叫毛鴻賓堡的地方，他覺得帶的人還是太多，隨身只帶十人，讓其餘人返回京城。他們這樣行到仁智宮，已是四更天了。
正當李建成在東宮惶恐不安的時候，李淵又回到了仁智宮。回到宮內的第一件事兒，先是睡了一覺，現在仁智宮周圍重兵防守，當保無虞。一覺醒來，他默默盤算，目前自身安全已保，又詔太子來見，該騰出手兒去收拾楊文幹了。想到這裡，他令太監去喚來李世民。
李世民也是一夜未眠，兩眼熬得通紅，他入宮見了李淵，“撲通”一聲跪地泣聲道：“父皇，到底出了什麼急事兒？累父皇奔波驚懼，兒子這一夜擔足了心事。”
李淵揮手讓他起來，說道：“起來吧，當時事起倉促，又是晚間，難辨真偽，我就出外暫避一陣。二郎，那日東宮裡的爾朱煥、橋公山來告，言說大郎給慶州的楊文幹運送兵戈，讓他起兵來襲仁智宮，逼我退位。”
“這怎麼可能？大哥日常端莊淳樸，以仁孝事父皇，不可能會有反叛之心。是不是有小人來誣告大哥呢？”
“起初我也不信，緊接著寧州刺史杜鳳舉又來，說楊文乾果然起兵，不由得我不信。”
李世民怒道：“文幹豎子，敢為狂逆。父皇，楊文幹不足為患，派一將討之足矣。”
李淵道：“不錯，楊文幹不足為患。然楊文幹為東宮所薦，又曾宿衛東宮，其事連大郎。若處理不好，別人以為我要廢太子，大郎這些年培植勢力不小，我恐怕尾大不掉，應之者眾啊。”
李世民揣摩李淵的心意，覺得他想讓自己帶兵去剿滅楊文幹，而且要不事張揚，影響越小越好。遂問道：“父皇，您的意思是讓兒臣速去剿滅此賊嗎？”
“對，你行軍打仗，快刀斬亂麻，所戰皆捷，甚合吾意。你今日不事張揚，帶領天策府屬悄悄到了寧州，我讓折威軍歸屬你指揮，前去捉拿楊文幹。”說到這裡，李淵語調一轉，變得柔情起來，“二郎，當初我許你為太子，非是我對你偏愛，只是想我大唐天下，要有一個能幹的兒子來傳續。奈你推託不就，此事就作罷。如今大郎如此作為，太傷我心，我們不說別的，楊文幹一個小小的都督，大郎如此關心，累送兵戈與他，他們到底想幹什麼？大郎已居儲位，天下早晚是他的，犯得上如此著急，恨不得立刻就把我打入冷宮去嗎？其心可誅啊！”
李世民又復頓首，涕泣曰：“父皇，兒臣想大哥不是這樣的人，請父皇息怒，給大哥辯白的機會。”
“冤屈？他慫恿楊文幹起兵，這是他的冤嗎？二郎，我心已定，勿復多言。等你這次平定楊文幹回來，我當立你為太子。”
李世民又伏地懇求：“父皇萬萬不可，自古以來皆立嫡長為儲君，世民斷斷不敢窺視儲位。”
李淵走過來扶起李世民，嘆道：“唉，我們李家豈能步前朝楊家的後塵？你放心，我不會效法隋文帝自誅其子。我想好了，今後立你為太子，不殺大郎，就封他為蜀王。蜀地兵勢脆弱，大郎在那裡難成氣候。他日大郎若能誠心事你為君，你可敬其為兄全其一生；若他不能事你，則自取其咎，由你處之。”
李世民見李淵說到這個份兒上，不敢再多為李建成求情，遂抹了一下眼淚，說道：“父皇既這樣說，兒子定當忠君體國，以身報之。兒臣今日就出發前往寧州，一定斬殺楊文幹此賊。”
“楊文幹嘛，還是活捉最好。我要親口問他，為何大逆不道，敢來叛朕？”
李世民拿著李淵的手詔出了殿門，見馬三寶正在殿前張羅，就對他使了一下眼色。馬三寶很識趣，很自然地走過來招呼道：“秦王好走啊。”
李世民握著馬三寶之手大聲道：“馬將軍，父皇身旁護衛之事，還要累你多操心了。”看到左近無人，侍衛不在身側，他快速沉聲說道：“三寶，我現在奉父皇旨意前去剿滅楊文幹，我將房玄齡、杜如晦留下，你有事可和他們商議。近兩天，這邊的事兒肯定不會少了，你要多加小心。”
馬三寶手緊了緊，大聲道：“秦王放心，望你凱旋。”
李世民很快結束停當，打馬出了西門，來到天策府屬的駐地，要帶眾將前往慶州捉拿楊文幹。
房玄齡和杜如晦見眾將出門，就將李世民邀到一旁，悄悄說了自己的憂慮。
房玄齡和杜如晦那日得到長孫無忌的通知，已經明白了楊文幹舉兵，定然有李世民的功勞。兩人私下議論，覺得拿楊文幹謀反之事來扳倒李建成，分量顯得太輕。不過事情既然做出來了，肯定會對李建成不利。兩人議到最後，對李世民做此事繞開他們，單獨運作，大為不解。杜如晦微笑道：“玄齡兄，看樣子秦王對我們兩人並未全託心事呀，這件事兒的提議者是我們，自始至終，秦王卻未與我們商量一句。”房玄齡的心情也很複雜，嘆道：“我們畢竟是秦王的屬下，不是至親，所以這件事兒就分出遠近來。如晦，我們既為秦王屬下，此事全當不知，關鍵時候，還是要向秦王提出建議的。”杜如晦點頭稱是。
李世民這會兒正好有話給他們說，低聲道：“我去慶州，這裡的大局由你們兩位主持，數日之間，宮中也許有大變。我已囑咐馬三寶，宮中若有事兒，他會來找你們兩人商量。”房、杜兩人點頭答應，房玄齡說道：“秦王，楊文乾的事兒不鬧明白，恐怕皇上一時不好下定論，這裡面有許多變數。”杜如晦也道：“屬下和房兄這幾日私下議論，覺得楊文幹謀反事連太子，似過牽強，唯望秦王明察。秦王此次典兵去剿楊文幹，應將楊賊造反的證據都拿到了，方能取信皇上。”
李世民明白他們兩人言語中的深意，點頭道：“我知道你們的意思。”
為了趕時間，李世民令眾將不從官道上行走，而是翻山越嶺直插寧州，這樣天亮之前即能趕到。
楊文乾果然不堪一擊，其時他正率人準備進擊寧州，半路上遇到了李世民的大軍。可憐楊文幹費盡心力訓練的鄉勇不堪一擊，稍稍與折威軍一接觸，即作鳥獸散。楊文幹見勢頭不好，急忙收攏少數敗軍退回慶州，龜縮防守。
李世民並不忙著攻打，他令人從軍中選出一些大嗓門的兵士，讓他們對著慶州城喊話。先宣李淵聖旨，再說只擒元凶不問脅從之意。這一招兒果然管用，城中之人見大軍壓境，早已惶恐不安，這會兒聽到不再追究眾人的責任，只辦楊文幹一人，心裡頓時活泛。原來楊文幹剛一到職，即將他的驕橫勁兒都拿了出來，對慶州一應官吏呼來喝去，對普通百姓就更不用說了，弄得大家敢怒不敢言。現在李世民在城外一呼喊，他們稍稍一商量，就一擁而上把楊文幹綁了起來，然後大開城門，將楊文幹送到李世民的面前。
李世民看到楊文幹被捆成一團，臉上、身上沾滿了泥土，痛得齜牙咧嘴，模樣很是狼狽。他早聞楊文幹之名，今日第一次見面，心中好奇，就走近多看了幾眼。
楊文幹卻認得李世民，嚷道：“李世民，你別在這裡得意。你以為打著皇上的旗號來捉我，這事兒就完了嗎？告訴你，太子已經洞察了你的陰謀，他會替我報仇的。”
李世民一皺眉頭，對尉遲敬德道：“敬德，去把他的狗嘴堵上，我不耐煩聽這隻瘋狗亂咬。”
“殿下，瞧我先把這狗賊的舌頭割下來。”
“敬德不可，父皇還要聽他的口供呢。”
楊文乾的嘴巴被一團破布堵上，仍舊在那裡嗚嗚亂叫。
李世民一揮手道：“敬德，先把這廝關押起來。諸位，天色已晚，我們且入慶州城內歇息一晚，明日返回坊州。”
眾人簇擁著李世民向城內走去，李世民將長孫無忌喚到近前，悄聲道：“入城後，你設法把那封信找到。”長孫無忌點點頭，明白這封信的緊要。
楊文幹舉兵反叛是李世民一手導演而成的。
李世民暗暗打聽楊文乾的性格，知道他為人浮動佻脫，好為虛言，到任後又染上了驕橫的毛病，且性如烈火動輒激動，不顧其餘。他針對楊文乾的性格，與高士廉、長孫無忌一起商談了數日，決定先挑起楊文幹起兵。這次李淵到仁智宮避暑，所帶兵馬甚少，李世民以為是最好的時機，因而走了三步棋。
第一步棋，是針對楊文幹唯聽李建成號令的特點，偽造一封李建成的親筆書信送至慶州。這件事兒不難，李世民與李建成的字跡非常相像，可以模仿得惟妙惟肖。長孫無忌又拿來李建成的圖章圖樣，找高手刻了一枚，這章蓋在書信上，絕無破綻。這封書信這樣寫道：
吾居太子之位，為秦王所覬覦。吾雖蒙皇上信任，然秦王勢大，宮中宮外，為秦王說項者眾，長此以往，恐父皇反覆。今父皇至坊州仁智宮避暑，所帶人少，秦王隨行，此天賜良機也，卿練兵不懈，頗有成效，為一奇兵。唯六月初一，卿可領兵奔赴仁智宮，吾自長安出兵響應，則大事可成。事成之日，吾當授汝為兵部尚書。