李世民三步並作兩步奔向太極殿。他入了殿門，就見李淵正默默坐在那裡看著自己，遂叩首涕泣道：“兒臣叩見父皇。”李淵的心態此時依舊難平，失聲道：“二郎，你殺了大郎和四郎，他們可是你的親兄弟啊！你若覺得殺得還不過癮，不妨連我這把老骨頭也殺了最好。”
李世民搶前幾步，撲入李淵懷中，慟哭道：“父皇這樣說，兒臣真是百死難恕。其實大哥和四弟身死，兒臣並不知道。事先兒臣諄諄告誡手下，只許他們就地擒拿，不許傷及性命，然後再交給父皇發落。誰料想，局勢一亂，兒臣也控制不住，竟然惹出了天大的禍事。說起來，這都是兒臣不好，請父皇重重責罰。”
李淵看了一眼身側的尉遲敬德，他從海池到這裡，一直帶領甲士環衛自己身側，明顯是奉二郎之令來監視自己。李世民現在說不知道大郎和四郎身死，李淵壓根就不相信。他本想推開李世民，將其重重責罵一番，然看到身邊的陣勢，知道自己也是不自由之身。自己雖然名為皇上，真正實權卻掌握在懷中慟哭的二郎之手，他只好將滿腔怒火壓了下去。
此時，尉遲敬德已經將裴寂圈入側房，令人就地看管。殿中僅剩下蕭瑀、陳叔達隨侍李淵身邊。蕭瑀看到他們父子兩人相擁一起垂淚不已，走過來勸慰道：“陛下，太子和齊王在亂軍中身亡，已經無可挽回。老臣剛才聽說，他們兩人慾後日在昆明池擊殺秦王，則禍始者為他們，似不可怪罪秦王。”
李淵老淚縱橫，心傷不已，懷中李世民的眼淚打溼了他胸前的衣襟，已經浸透及肉，可以感到淚水的涼意。他聽了蕭瑀此言，腦子忽然清醒了一些。到了此時，他方才將事情的前後連在一起想了一遍，隱約感到李世民昨天晚上來宮中哭訴，也許是他整個行動的組成部分。此子殺伐決斷可謂凌厲，謀事籌劃可謂周密。想到這裡，李淵的背上不由得冒出了冷汗，心間湧出了許多恐懼：二郎眼前哀哀切切，似對自己萬分恭順，然其內心裡到底如何想呢？有一點可以肯定，他既然已奪自己手中兵權，則早已經想好了處置自己的法兒。李淵臉上忽然浮起了慈和之色，他輕輕地推開李世民，用袖口揩去臉上之淚，說道：“二郎，十指連心，他們也是我的兒郎，我心傷其亡亦為性情之中。蕭郎說得對，他們心懷歹意，完全是自取其咎，我不怪你，起來吧。”
陳叔達拱手奏道：“陛下，如今京師震動，則安定其亂為第一要務。建成已亡，應早立太子，以平復眼前之亂。”
李淵點頭道：“不錯，陳卿所言極是。二郎，這太子之位本來就是你的，此次萬萬不能推辭了。士及，你過來，馬上擬一道冊書，立二郎世民為皇太子。”
次日，這道冊書頒行天下。六月七日，李淵又復下詔，詔曰：“自今後軍機兵仗倉糧，凡厥庶政，事無大小，悉委皇太子斷決，然後聞奏。”如此，李世民徹底掌握了軍國大權，此年，李世民年僅二十九歲。
李世民既然當了太子，自然要入東宮居住。六月四日那天隨著薛萬徹為首的東宮宿衛一鬨而散，東宮就成為一座不設防的宮殿。侯君集帶領一幫如狼似虎的手下，旋風般地殺入東宮，搜檢出李建成之子承道、承德、承訓、承明、承義，將他們拉出宮門斬之。隨後，他們又入了齊王府，找出李元吉之子承業、承鸞、承獎、承裕、承度，也是一刀斬之。侯君集又指揮眾人將兩府中人盡數趕出，將他們圈入大理寺獄中。獨楊琚一人被侯君集帶入天策府，原來李世民有交代，說楊瓊獨憐其妹，可將她交給楊瓊看管。這樣，東宮就為李世民空了出來，待李淵的冊書一下，李世民即刻搬入了東宮。
李世民奏聞李淵，說為保安定，朝中官職一概不動，唯東宮官屬需要重新授任，李淵准奏。當日，李世民任宇文士及為太子詹事，長孫無忌、杜如晦為左庶子，高士廉、房玄齡為右庶子，尉遲敬德為左衛率，程咬金為右衛率，虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為洗馬。
李世民當了皇太子，其首先面臨的就是如何處理東宮及齊王府舊屬。
當時，侯君集正帶領人員滿城搜捕兩府人員，已經逮捕了一百餘人。按侯君集及一些將領的主意，這些人為李建成及李元吉鷹犬多年，作惡甚多，應將他們盡數誅殺，然後籍沒其家。眾將中獨尉遲敬德不以為然，他在顯德殿裡向李世民說道：“如今二凶已伏誅，其子亦絕籍。至於其黨，他們各為其主，也是朝廷任用的官吏。太子，敬德以為應赦其罪，這樣對安定天下有好處。”
尉遲敬德在此次事件中功勞最大，李世民已將齊王府內的金帛器什盡數賞給他。李世民聽了此話連連點頭，讚道：“敬德有智有勇也就罷了，難得還有這般寬闊的胸襟。玄齡，你以為呢？”
房玄齡說道：“敬德所言其實為太子初政的第一要事。如今京城之內，因大肆搜捕建成和元吉餘黨，人心惶惶，亟須安定。玄齡以為，凶逆之罪，止於建成、元吉，對其餘黨，可以一概不問。可請皇上下詔大赦天下，以安人心。”
杜如晦道：“還有，天下因傅奕滅佛、道，至今民眾言論洶洶。可請皇上一併下詔，罷傅奕原意，使天下僧、尼、道士、女冠各復依舊，則天下即安。”
李世民點頭道：“對，此二事當請父皇下詔。然李藝據涇州，李瑗、王君廓據幽州，他們手握重兵，且與大郎生前最為親善。我可以不問他們，然他們萬一起兵反叛，能同時赦免他們嗎？”
房玄齡說道：“李藝和李瑗又與東宮舊屬不同，他們居兵在外，心思難測，應該早做防備。”
第二日，李淵果然下詔，主要內容是赦免東宮與齊王府之罪，另罷傅奕之議。後二日，屈突通領命出鎮洛陽，長孫無忌為行軍總管出鎮京城之西。
馮立、馮翊、謝叔方等人見了朝廷的詔令，走出終南山向李世民投降，李世民好言撫慰，另為他們授任官職。其中只有一個薛萬徹自以為得罪李世民太過，加之其性格倔強，仍舊藏身於終南山中。李世民聞訊，喚來薛萬均道：“乃弟也是忠於所事，真義士也。你可前去詔諭他，申言我意赦免其罪，讓他速速返京為朝廷出力。”薛萬均那日未及逃亡，後被赦免，親眼目睹了李世民確實不再為難原太子之人。他欣然領命，入終南山找到薛萬徹，如此往返三次，終於把薛萬徹勸說回來。
李世民卻對魏徵耿耿於懷，他派人將魏徵帶到顯德殿，劈面問道：“魏徵，你為原東宮洗馬，好好掌握文章圖籍也就罷了，緣何不務正業，專事挑撥離間我們兄弟之情？”
座下的房玄齡、杜如晦等人甚惜魏徵其才，不忍見魏徵因此有罪。現在見李世民雷霆動怒，有心想替魏徵說話，終於礙於李世民的威嚴不敢吭聲，內心裡暗暗替魏徵擔心。
孰料魏徵神色自若，臉上沒有一點害怕的樣子，坦言對曰：“若先太子早從魏徵之言，必無今日之禍。”他又微笑著對房玄齡等人道，“若是這樣，則魏徵今日之位就是你們站的地方。”
李世民看著魏徵此時的表情，忽然想起了李靖當初被縛來見李淵時的情景，遂改容悠悠問道：“魏徵，我知道你有才能。可是你畢竟投錯了門庭，心中難道沒有遺憾嗎？”魏徵眉目間晃過一絲無奈之色，然後昂然道：“不然，先太子雖沒有殿下如此決斷凌厲，然他寬仁為懷，屬下歸心。魏徵僅衝著這一點，就是死了也終究不後悔。”
李世民冷笑道：“好一個魏徵，你竟然先用話兒扣著我。你定是想說我不如先太子，對你有些斤斤計較了嗎？你既有如此機心，我問你，若復你官職，當前能為朝廷辦些什麼事情？”
“魏徵心想，殿下如今以安定天下為第一要務，這就有用得上魏徵的地方。殿下勢力向東僅止洛陽，而山東、河北之地，先太子在那裡樹恩不少，若殿下放魏徵去宣慰，則魏徵就成了一個活靶子，那裡的人定會體會到殿下的寬仁之意。”房玄齡、杜如晦聽魏徵說出這樣一個主意，甚是欽佩他的心智敏銳，想李世民定然不會再為難他，剛才吊起的心又落了下來。
果然，李世民改容待之，哈哈一笑說道：“魏徵，我果然沒有看錯你。大郎若對你言聽計從，我焉有翻身的餘地？你今日若對我搖尾乞憐，那就不是你了。玄齡、如晦，我意委魏徵東宮詹事主簿之職，你們以為如何？”
房玄齡道：“魏徵今入東宮，我和如晦最為高興，想他定能助殿下一臂之力。”
李世民正色道：“魏徵，你從今日成為我的幕僚，唯勤謹辦事方為正道，此點你要切記，以前的鬼蜮伎倆不可再使，且想也不要想！”頓了頓，他又說道，“至於我是否寬仁，你可留待時日觀察，到時候再作結論。”
魏徵到了此時，方拜道：“魏徵其實早知殿下之英名，惜緣分不好未早追隨。今後我定當恪盡職守，忠心辦事。只是我性格正直，言語之間不顧忌許多，若因此觸怒殿下，唯望殿下能體會大節，不追究屬下的一言之失。”
這次輪到高士廉笑了，說道：“魏徵，你怎麼會是這樣的脾氣，什麼事情都要辯個清清楚楚嗎？”
殿內頓時爆發出一陣鬨笑。
後數日，朝中下詔授魏徵為諫議大夫，並遣其前去宣慰山東、河北之地。與魏徵同時被授為諫議大夫的還有三人，即是結束流放生活的王珪、韋挺、杜淹。
當朝廷的詔令輾轉送到巂州的時候，韋挺他們剛剛聽到玄武門之變的訊息。此時，韋挺的火暴脾氣已經收斂許多，他聽從王珪的意見，與杜淹釋去前嫌，慢慢地相處融洽起來。聽到李建成、李元吉被誅的訊息，王珪和韋挺不免傷心垂淚，其中又以韋挺最為悲痛，他呼天搶地，幾至涕泣絕聲。
杜淹勸慰二人道：“太子和秦王相爭，必有一失。這是很明白的事兒，你們不可太傷心了。我們被流放於此，對各自的主人盡了自己的力量，再無什麼牽掛。秦王現在主政朝中，我知他胸襟甚寬，定然不會為難你們。”
韋挺和李建成的感情以友情為主，王珪則是一名愛講正義的主兒，聽了杜淹此言，不禁惱怒道：“我們擁太子，也是朝廷賦予的職責和義務，更是做人之本分。若依你所說，凡人但奉有奶便是孃的信條，豈不是與禽獸無異嗎？”
王珪的這番義正詞嚴之語，令杜淹為之氣奪。
慢慢地，王珪和韋挺的情緒平復了下來。這日他們接到朝廷的詔令，就開始打點行裝，然後三人結伴起身上路，迤邐向京師趕去。
李藝聽到李世民做了太子的訊息，就在涇州城裡如坐鍼氈。他思來想去，現在自己舉兵在外，李世民一時沒有辦法來收拾自己，待他的位子逐步穩固，則是自己的凶險之始。恰巧此時，曹州巫師李五戒專程來探，李藝就向他問自己的前程。李五戒煞有其事地為他卜了一卦，驚呼道：“燕公貴色已發，當據天下。”李藝以前也很迷信卜筮之事，每遇到大事皆卜之，遇吉則行，遇凶則避。現在聽了李五戒之語，覺得與其坐以待斃，不如拼殺一回。趁著李世民立足未穩，自己率先起兵，也許能得到天下的響應。若大事能成，可繼續擁李淵為帝，自己就成了第一功臣。
李藝說幹就幹，對手下詐稱奉李淵密旨，要領兵入京勤王。他整頓手下兵馬出了涇州城，一路向東行進。李藝知道高墌刺史張萬歲是李世民的死黨，先下令全力擊破高墌城擒拿張萬歲。張萬歲已經得知了李藝舉兵的訊息，自忖勢單力薄難以相抗，就身帶十餘騎，飛快向東奔跑，向長孫無忌報訊。這樣，李藝不費吹灰之力就得了高墌，他意氣風發，下令加快行軍速度，直奔豳州。
豳州治中趙慈皓聞聽李藝統兵到了城下，他不明底細，急忙出城來迎。李藝裝模作樣，說明自己奉密旨興勤王之師，趙慈皓自然相信，連忙將他迎入城內。
這時，長孫無忌已經見到了張萬歲，遂提調大軍向西開拔。為了防止李藝裹挾不明真相之人，長孫無忌派出密使送信給沿途州縣的官吏，說明李藝反叛的真相，讓他們認清大勢，不可助逆為虐。
趙慈皓聞聽長孫無忌統領大軍來迎戰李藝，又得到了長孫無忌的書信，決心與他聯手，設法擒拿李藝。趙慈皓將豳州統軍楊岌找來，向他說明了事情真相，然後兩人細細商量了行動步驟，此時的李藝尚矇在鼓裡。這日，長孫無忌統領大軍到了豳州城下，令人高聲宣讀了李藝反叛的罪狀。李藝正在城牆之上與長孫無忌來回辯駁的時候，趙慈皓、楊岌領人大開城門，引長孫無忌大軍入城。
看到趙慈皓裡應外合叛了自己，又聞城裡城外鼓聲連天，喊殺陣陣，李藝明白大勢已去。他倉皇溜下城牆，顧不上去喚家人，就匹馬落荒而逃。李藝出城後一路向北，想跑到頡利可汗那裡苟延殘喘，以圖東山再起。然他還沒有到達目的地，半路經過烏代國時被人認出。烏代王此時奉行親唐的國策，遂將李藝就地斬首，將其首級貯在一匣子內送往長安，作為向李世民的進見之禮。如此，李藝反叛之事徹底平復。
李瑗被授為幽州都督，因其性格懦弱無主見，大事皆聽幽州副都督王君廓來決斷。李世民兵變成功後，派通事舍人崔敦禮持詔令前往幽州召李瑗回京。李瑗因自己往日與李建成交好，見了詔令心中忐忑不安，就找王君廓商量。王君廓斷然道：“大王若就此入京，必無全身之道。大王現在擁兵數萬，奈何受崔敦禮之召，而自投網罟呢？”其實此時的李世民為減少事變的影響，不願意再追究李建成餘黨的責任，多寬大待之，像魏徵、韋挺就是例子。李瑗若能及時回京，至多會丟掉手中實權，並無性命之憂。
李瑗聽了王君廓的判斷，不禁垂下淚來，心中驚惶不安。王君廓假惺惺陪著掉了幾滴眼淚，並催促李瑗先發制人。
李瑗終於在王君廓的鼓動下決心反叛，決然道：“好吧，與其入京一死，不如放手一搏。王公，我今天將身家性命都託付給你，望你能全力助我。”李瑗遂將崔敦禮囚下，令人日夜拷打，詢問京師兵變的真相。崔敦禮堅強不屈，閉口不言。
李瑗一面開始徵兵，準備入京勤王；一面招燕州刺史王詵來幽州，與之商量一同進兵的事情。這時，都督府兵曹參軍王利涉覺得李瑗行事有些草率，委婉勸說李瑗道：“大王，王君廓性好反覆，不能將重任委之。大王若舉大事，宜早去王君廓，以王詵代之。”此時的李瑗，早已將王君廓奉為主心骨，認為王利涉挑撥離間，將他斥責一頓然後逐出門外。
王利涉的這番話被王君廓輾轉得知，遂加快了行動的步伐。他先帶領數十人來到王詵的寓所，此時王詵剛剛沐浴之後，聽說王君廓來訪，急忙披著溼漉漉的頭髮出來相見。王君廓見面後拔出佩劍，一劍將他的頭顱砍了下來，然後持其首級召見眾下屬，說道：“李瑗與王詵囚執敕使，擅自徵兵，圖謀叛逆。我現在已將王詵斬首，剩下一個李瑗也難以翻起大浪。我問你們，是願意隨同李瑗反叛而致使滅族呢？還是願從我去擒拿李瑗以圖富貴呢？”李瑗平時不問軍事，軍中大權集於王君廓一手，王君廓現在這樣說，下面的人鬨然叫響：“願意隨王都督平定叛逆。”
王君廓帶領一千餘人去捉拿李瑗，李瑗驚恐萬狀，束手無策，只會瞪大著雙眼聽王君廓宣讀自己的罪狀。當二人前去綁縛李瑗的時候，只見他跳起身來，大聲罵道：“王君廓，你這個卑鄙的小人！你以為出賣了我，就能長保富貴嗎？李世民不是一名糊塗之人，他豈能容你來矇蔽他？你等著吧，我現在若死，在地府裡很快就能見到你。”王君廓陰沉著臉，令人當即縊死李瑗。