1860年9月21日，清軍在八里橋之戰中遭到失敗，英法聯軍進逼北京，咸豐決定逃往熱河避暑山莊。
當咸豐即將出發的時候，懿貴妃極力諫阻，請求咸豐留在北京，繼續抵抗。
為此，她觸怒了咸豐，差一點引來殺身之禍。
奕?與英法聯軍簽訂《北京條約》，懿貴妃深以為恥，勸咸豐廢約再戰。
因為咸豐病危，只好作罷。
中法戰爭爆發後，主戰派和主和派的鬥爭非常激烈。
慈禧將清軍的接連失利歸罪於奕?的“因循委靡”，免去他的一切職務，其他4位軍機大臣也全部罷免。
但是，清政府內部的和戰之爭並未停止。
1884年8月23日，法國軍艦向福建水師發動突然襲擊，福建水師全軍覆沒。
慈禧諭令對法宣戰，並將繼續堅持和議的張蔭桓等6位總理衙門大臣革職。
1885年2月，法軍攻佔諒山，慈禧轉向主和。
鎮南關的失守，慈禧更喪失了對戰爭勝利的信心。
授權中國海關駐倫敦辦事處的英國人金登幹到巴黎與法國外交部祕密議和。
1885年4月4日，授權金登干與法國政府簽訂《巴黎停戰協定》。
6月9日，又授權李鴻章，在天津與法國駐華公使巴德諾簽訂《中法新約》。
光緒二十年（1894年）十月初十，是慈禧的60歲生日，準備在頤和園大規模的進行慶祝。
除了在頤和園大興土木之外，還在從紫禁城西華門至頤和園東宮門蹕路所經分設60段景點，建造各種形式的龍棚、經壇、戲臺、牌樓和亭座。
此時中日戰爭爆發了。
中外輿論認為，中國必勝。
光緒主戰，慈禧亦主戰，“不準有示弱語”。
但是，當有人提出停止頤和園工程，停辦景點，移作軍費的時候，慈禧卻非常生氣，說，“今天誰讓我不高興，我就要他一輩子不高興。”
後來，清軍在朝鮮戰場上接連失利，北洋水師在黃海之戰中又遭受嚴重挫折。
為了不影響自己的六旬慶典，慈禧希望外國出面干涉，儘快結束戰爭。
她支援李鴻章避戰求和的方針，以各種藉口，打擊以光緒為首的主戰派。
由於形勢日益緊張，她不得不改變原來的計劃，所有慶辰典禮，著仍在宮中舉行，其頤和園受賀事宜，即行停辦。
在金州、大連相繼陷落，旅順萬分危急的情況下，慈禧在紫禁城內的寧壽宮度過了她的60歲生日。
1895年2月7日，威海衛日艦及炮臺夾攻劉公島，北洋水師全軍覆沒。
1895年4月17日，李鴻章與日本代表伊藤博文簽訂了喪權辱國的《馬關條約》。
義和團運動剛剛在山東興起，開展“滅洋仇教”的反帝鬥爭的時候，慈禧是主剿的。
她多次諭令地方督扶“實力剿捕，毋得養癰貽患。”
由於義和團的迅猛發展並進入北京，各國駐華公使在照會清政府強烈要求鎮壓義和團之後，又不顧清政府的反對，堅持調兵進京，在使館官員的指揮下，肆意抓捕、驅趕、槍殺甚至炮擊義和團及中國居民。
統治集團內部，以載漪、剛毅、徐桐為代表的頑固派，主張招撫義和團，抗擊列強。
而奕?、王文韶、劉坤一、張之洞、袁世凱等中央和地方官員，則主張痛剿義和團，避免列強的武裝侵略。
因為“外國人欺我太甚”，慈禧早已耿耿於心，對頑固派的意見非常欣賞。
同時，她看到一份所謂的“洋人照會”，要勒令她歸政，更是忍無可忍，決意宣戰。
就在這一天，八國聯軍已經攻佔大沽口炮臺了。
6月21日，慈禧以光緒名義釋出對各國宣戰的詔書。
但是，慈禧的決定，遭到了劉坤一、張之洞等地方督撫的反對。
他們聯名電奏清廷，力主剿團乞和。
並積極活動，與列強訂立條約，實行“東南互保”。
慈禧的決心開始動搖。
她一方面要求各省將軍督撫認真佈置戰守事宜，並繼續利用義和團圍攻使館、抗擊八國聯軍。
另一方面，她令榮祿前往使館慰問各國使臣，並於北玉河橋樹立木牌，牌上大書“欽奉懿旨，保護使館”。
又分別致國書於俄、英、日、德、美、法等國國家元首，請他們出面“排難解紛”、“挽回時局”。
將兩廣總督李鴻章調任直隸總督兼北洋大臣，準備與列強談判。
但是，八國聯軍並沒有停止進攻。
8月14日，進入北京。
次日凌晨，慈禧帶著光緒，在2000餘名兵勇的護衛下倉皇出逃。
令奕䜣、李鴻章為全權大臣，與列強進行談判。
把戰爭的責任推到義和團身上，對義和團“痛加剿除”。
經過幾個月的反覆交涉，除了參加侵略的俄、英、美、日、德、法、意、澳八國之外，又加上比利時、西班牙和荷蘭共同擬定了議和大綱12條。
12月22日，李鴻章從美國使館抄得一份材料，立即電告軍機處，轉呈慈禧。
慈禧看到沒有將她列為禍首，也沒有要她歸政光緒，如獲大赦。
當天就電覆奕?、李鴻章，大綱12條，原則上照允。
併發布上諭，要“量中華之物力，結與國之歡心。”
為了儘快地達成和議，全部接受列強提出的條件。
1901年9月7日，奕䜣、李鴻章代表清政府與11個帝國主義國家簽訂了空前屈辱的《辛丑條約》。
慈禧完全屈服了，清政府成了洋人的朝廷。