蒙古準噶爾部首領噶爾丹被康熙擊敗後，他的侄子策布阿拉布坦在西北仍擁有很大的勢力，控制了新疆、西藏、青海等地，煽動這些地區的少數民族與清廷為敵。策布阿拉布坦死後，其子噶爾丹策零繼續統領其眾。乾隆時代，遇上蒙古準噶爾部內亂的大好時機，公元1755年，乾隆親率大軍，前往西北鎮壓一貫時服時叛的準噶爾部叛亂。由於乾隆準確判明形勢，分兵而進，準噶爾軍紛紛投降。清軍兵不血刃進入伊犁，隨後在南疆維吾爾族人民支援下，將逃往南疆叛亂首領達瓦齊抓獲。乾隆將其押往京城，卻在痛斥其叛亂行經後，不但赦免其罪行，還封其為親王，並留他在京城居住。此舉得到西北各少數民族擁戴。
但噶爾丹策領外甥阿睦爾撒納降而復叛，清廷在1757年第二次出兵，終於完全清除了準噶爾部的反叛勢力。這場戰爭，從噶爾丹時代算起，已持續了近70年。
準噶爾部平定之後，維吾爾族的首領大和卓木、小和卓木回到新疆，策動維族各部反清。乾隆被迫第三次對西北用兵，這場戰爭延續了三年，終於迫使大、小和卓木逃亡國外。
隨後，乾隆設定伊犁將軍，並在喀什等地設參贊大臣、領隊大臣等職位，同時大幅減輕了維族地區的賦稅負擔。西北190多萬平方公里的土地，終於鞏固在中央政權之下。
公元1747年和公元1766年，乾隆先後對大小金川用兵（大金川、小金川），都取得勝利；但是也打得十分艱辛，兩次反叛總共持續了近30年，貫穿了乾隆統治期的中段。乾隆兩殺主帥，耗銀七千萬，才壓服了這裡的藏民。
乾隆反對對西藏用兵，堅持以達賴喇嘛管理西藏地區，並派遣軍隊以維持主權。此後清軍曾遠征緬甸和尼泊爾，迫使其承認自己的宗主國地位。
公元1791年，廓爾喀（今尼泊爾）進犯西藏，到處燒殺搶掠，使西藏僧俗人民遭受了極大災難。乾隆立即派福康安和海蘭察率軍迎擊，並很快將廓爾喀逐出西藏。事後，乾隆反思西藏行政體系弊端，逐命福康安與達賴，班禪共同制定西藏善後章程，這就是著名的《欽定西藏章程》。
乾隆帝最受百姓樂道的就是六下江南，這在現在的電視劇裡就可以體現。乾隆下江南是仿其皇祖康熙，康熙下江南目的之一是為了探訪民情，畢竟古代資訊不發達，皇帝要想了解民情，就得多到民間走走；其二是為了將強中央政權與江南地主士紳的聯絡。江南是明朝起家之地，當地居民對明朝最擁護，清軍入關後反抗最激烈，而江南經濟發達，國家財賦又大半來源於此，所以康熙下江南為的是將強與江南地主士紳的聯絡，以鞏固統治；其三是為治理黃河。康熙雖然是下江南，但每次都在黃河地區停留很長時間，為的就是治理黃河。乾隆帝下江南也有康熙前面的兩個原因，只是第三條不一樣，因為乾隆時黃河已沒有大的水患。乾隆下江南的第三條原因就是遊玩。
乾隆除了下江南遊蕩獵奇外，還花費巨資在北京西郊營造繁華蓋世的皇家園林“圓明園”。東造琳宮，西增復殿，南筑崇臺，北構傑閣，說不盡的巍峨華麗。又經文人學士，良工巧匠，費了無數心血這裡鑿池，那裡疊石，此處栽林，彼處蒔花，繁麗之中，點綴景緻，不論春秋冬夏，都覺相宜。又責成各省地方官，蒐羅珍禽異卉，古鼎文彝，把中外九萬里的奇珍，上下五千年的寶物，一齊陳列園中，作為皇帝家常的供玩。