擬定清除計劃，表決透過，桑齊核准執行清除行動。監控影像多畫面環繞會議廳，全息顯示試驗場各處的執行情況，安德森等人專注觀看每一個實驗室的行動，警衛監查，研究組有步驟地進行清除各物種的活體樣本。
物種數龐大的基因庫開啟。實驗人員分門別類逐一清查，查無遺漏，取出各種生物活體進行處理。
古生物培育區首先執行清除。
這些人工繁殖培育出來的古生物近兩萬種：有多種核酸和蛋白質分子，原核生物，單細胞和多細胞微生物，古細菌、病毒、真菌、浮游生物……乳酸菌、光合細菌、藍藻、萊尼蕨、線蟲、眼蟲、草履蟲、三葉蟲、南極蟲……緩步動物、海綿動物、腔腸動物、舌形動物、扁形動物、線形動物、鰓曳動物……實驗室設定一個清理區。實驗人員把這些上萬種古生物運送到這個隔離的清理區，投入一個大熔池。
顧天雲茫然看著全息影像畫面，見一批批的生物活體傳送到清理區，一批批地被傾瀉進熔池。
不到一秒鐘，這些被投進熔池的生物融化，各種肉眼看不見的微生物、可見的原始古生物、低等生物瞬間溶解消失。水熊蟲、水螅、水母、吸血蟲、蚯蚓、螞蟥、沙蠶、蠕蟲、螞蟻……它們無聲無息地融化湮滅，沒產生氣泡和煙霧，十分平靜。肉眼可辨的一點動靜僅是熔液在微微上漲，隨著大量的生物投入熔池，**逐漸增多，水平線沿著熔池壁上的容量刻度尺上升。
這些古生物在一瞬間失去了生命。
大約36億年前，地球上第一個有生命的細胞產生，而更早的源頭，可以追溯到140億年前宇宙的誕生。奇點爆炸暴漲之時產生了碳、氫、氧、氮、磷、硫等構成生命的主要元素。然後，約在時間軸的66億年前，銀河系內發生一次大爆炸，無數碎片和散漫物質經過長時間的凝集，大約在46億年前形成了太陽系，地球就在這一時期形成。
接著，冰冷的星雲物質釋放出大量的引力勢能，再轉化為動能、熱能，致使溫度升高，加上地球內部元素的放射性熱能也發生增溫作用，初期的地球呈熔融狀態。高溫地球在旋轉過程中其中的物質發生分異，重的元素下沉到中心凝聚為地核，較輕的物質構成地幔和地殼，逐漸出現圈層結構。再經過漫長的時間，大約在38億年前，地球最終生成原始地殼。
往後2億年，大陸板塊穩定，地球原始海洋中孕育的生命隨之誕生。從一個個厭氧的原核生物，經過漫長的演變，至今進化為一個個的人。生命從起源，最終發展到人類，成為地球上智慧頂端的自然進化生物。
“它們在生物系統進化樹的根源，它們是我們的祖先。”伯恩教授盯著熔池吞下一口酒，咀嚼說：“酒裡有無數的發酵菌，我在品嚐我們的祖先。”
實驗人員徹底清理熔池，操控各區域自動裝置對培養皿、培育罐、培育區等進行消毒殺菌處理，使用探測儀反覆掃描核查，細緻入微不遺漏任何一個微生物，全部清除乾淨纖毫不剩。
挑選一些切片樣本，核對生物序號後進行封存，固化處理儲藏。
清除基因倉庫的上層，處理培育區內的各種魚類、鳥類，爬行、兩棲和哺乳動物。實驗人員啟動儀器對大型水族培育區、淡水和海洋生物館的水中注入毒液。絢麗的橘黃色毒液迅速瀰漫，擴散到水世界每一處地方。一群群各種魚類，色彩繽紛千姿百態的珍稀水生物，遇到這種橘黃色毒液很快死亡。遊弋的大小魚群沉落或漂浮，生命逝去。
一條條漂亮如水中精靈的小丑魚驀然僵硬，在水中如雨點墜落。
顧天雲看到小丑魚的眼珠凸出，身上的白色條紋微微發藍，落在已死亡的海葵觸手上。
大型動物飼養培育區使用全自動化維生裝置線進行清理，注入強力麻醉氣體，一格格大小籠子、玻璃隔間的動物被麻醉紛紛倒地。
自動機械臂抓住昏迷的猩猩、金絲猴、長臂猿、狒狒，運送到一條傳送帶上，集中在一堆，再轉送至清理區。清理區待處理的動物越積越多，橫七豎八堆在一起，高高堆成一座小山。
清理區啟用一座焚化爐，在系統除錯設定好後開始執行。
焚化爐的門滑開，傳送帶運轉將待處理的動物送進焚化爐。
爐容量六百立方米，產生約五千攝氏度的高溫度，接近太陽表面的灼熱溫度，每次焚化用時極短，動物一瞬間氣化不剩半點骨渣。水生物的屍體和大型動物被自動回收機器收集放置在傳送帶上，一批批運送到清理區，依次送進焚化爐。傳送帶迴圈運送，一批動物處理結束，隨即處理下一批動物。
焚化爐一次次啟動，清除迅速，原本堆積如山的動物漸漸低矮下來，數量急劇減少。
安德森問：“那些被麻醉的猴子進爐子時還活著，怎麼不直接注射毒劑？”一名研究員答道：“它們感知敏銳、異常警覺，能嗅到死亡的降臨，只有先麻醉，否則它們會產生強烈的抗拒行為。”
謝爾蓋說：“就像殺豬宰羊，亮出讓它們恐懼的屠刀會影響肉質的鮮美，正確的步驟應該是電擊致暈，再開膛破肚，掛上傳動帶放血、剝皮、去內臟、冷藏、銷售、食用，大致就這樣。”
儘管這樣處理，但在注入麻醉氣體之前的一刻，一群狐猴突然狂躁起來，在籠子裡瘋躥，發出淒厲的嘶叫聲。
它們驚恐瞪大眼睛，似乎看到迫近的死亡陰影。
狐猴拼命撞擊籠子發出可怕的聲響“嘭、嘭、嘭……”猴頭血淋淋，下頜碎裂。它們瘋狂揮動雙臂拍打抓撓籠子，不一會，它們的手指折斷，皮肉脫落，手掌殘缺露出一截森森腕骨……維生系統噴出麻醉氣體，一隻只狐猴倒下，靈動的大眼睛漸漸呆滯，躁動的身軀沉寂下來。
這群來自馬達加斯加島森林中的孩子安靜了，失去超凡的感知力，它們再也不能在黑夜裡快速抓住飛蛾，也不能再辨識父親啼叫的聲音，它們戳向半空中的斷臂垂落……
一隻狐猴幼崽倒在母親僵硬的懷裡，閉上眼睛，嘴脣微動呼喚：媽媽！
安德森拿過伯恩教授的酒杯，喝下整杯麥芽酒。
顧天雲看著全息影像顯示的清除過程，神經麻木，一時間思維冰寒凝結。
十萬生物全部處理，清除焚化殆盡。
猩猩生態圈開啟防禦網。智慧機器將麻醉的十三隻猩猩鎖進固化艙，運送到密封的腦神經解析實驗室。研究員解剖猩猩的軀體、開顱、提取大腦活體組織、收集智慧基因簇、切片、分功能結構進行固化儲存。
普羅米修斯單獨鎖進一具解析固化艙，鎖定腦神經、深度掃描意識層，解析探尋它的高階智慧基因。固化艙具有超堅固合金外殼和多重防禦網，致使普羅米修斯絲毫不能動彈，就像被一層層亞麻布包裹封存法老的木乃伊，只差銘刻“保持死者的心，使它不產生危害主人的東西”之類的禱告符咒。
研究員取走猩猩的生活物品，手風琴，一些雕刻和繪畫作品，猩猩寫的日記……作為研究資料儲存。
智腦中心的生態圈停止維生運作，除了空氣迴圈，致命毒氣隨著空氣系統傳入生態圈，豔如桃李，瀰漫在這個白堊紀原生態空間內，所有動物紛紛死亡。爬行動物倒斃在草叢、灌木和林間，各種鳥類和飛蟲墜落一地。鱷魚垂死掙扎幾下，很快死在沼澤地邊緣，一群虎紋蛙跳躍上水岸蹬腿死亡。
翼龍從半空中栽到一叢劍麻上，腹部起伏几下後僵直不動，嘴緣流涎，眼睛潰爛。
茉伊拉聽從控制檯系統的指令，遊往檢測區接受處理。
她和往常一樣穿梭在狂亂扭曲的水晶管道中前行，重複上萬次的迷宮之行。她安靜的遊過這座繁雜玄奧而對它卻是無比簡單的智腦迷宮，沿著正確的路線，不疾不徐遊向檢測區。那是死亡的終點站。
她透過水晶幕牆看到外面的生態圈，看到一個個動物的死亡。
生態圈靜寂無聲，人工太陽依然揮灑著光芒，植物沐浴陽光茂盛生長，生機盎然，唯獨沒有了任何動物的生命氣息。
一隻死去的蝴蝶被機器吸起來，飛向清理口，身姿翩翩彷彿還活著。
一剎那，茉伊拉感知那是一隻藍色多瑙河蝶，又名光明女神閃蝶。
女神體態輕盈婀娜，蝶翅閃亮著金屬般的藍色光澤，陽光照在翅膀上折射、反射、繞射，在光學作用下呈現純粹的湛藍色彩。美麗而夢幻的藍色，好似天幕之藍，又彷彿湧起朵朵浪花的大海之藍，層次豐富細膩，在不同的瞬間顯出不一樣的紫藍、藏藍、深藍、水藍、淺藍……百般藍色流轉變幻，閃光璀璨。這一抹藍色流光消失在機械清理裝置中不見。
茉伊拉漸漸遊弋至檢測區。
前方的自動機械臂探出注射劑，針尖在水中清晰銳利。她停下，接受注射，靜靜等待著流進她身體內的化學制劑發揮作用。麻痺感迅速蔓延全身，茉伊拉微微一動，最後的時刻她似乎看了一眼什麼。
全息影像顯示，她那蘊含智慧光澤的眼眸纖毫畢現。
顧天雲看見她的眼瞳朦朦波動，隱隱若有若無，似明鏡之湖泛起微瀾。