儀從庫，秩從七品，掌收儀衛器仗。大使一員，從七品；副使一員，從八品。
儀鳳司，秩正四品，掌樂工、供奉、祭饗之事。至元八年，立玉宸院，置樂長一員，樂副一員，樂判一員。二十年，改置儀鳳司，隸宣徽院，置大使、副使各一員，判官三員。二十五年，歸隸禮部，省判官三員。三十一年，置達魯花赤一員，副使一員。大德十一年，改升玉宸樂院，秩從二品，置院使、副使、僉事、同僉、院判。至大四年，復為儀鳳司，秩正三品。延祐七年，降從三品。定置大使五員，從三品；副使四員，從四品。首領官：經歷一員，從七品；知事一員，從八品。吏屬：令史二人，譯史、通事、知印各一人。其屬五：
雲和署，秩正七品，掌樂工調音律及部籍更番之事。至元十二年始置。至大二年，撥隸玉宸樂院。皇慶元年，升正六品。二年，升從五品。署令二員，署丞二員，管勾二員，協音一員，協律一員，書史二人，書吏四人，教師二人，提控四人。
安和署，秩正七品，職掌與雲和同。至元十三年始置。皇慶二年，升從五品。署令二員，署丞二員，管勾二員，協音一員，協律一員，書史二人，書吏四人，教師二人，提控四人。
常和署，初名管勾司，秩正九品，管領回回樂人。皇慶元年初置。延祐三年，升從六品。署令一員，署丞二員，管勾二員，教師二人，提控二人。
天樂署，初名昭和署，秩從六品，管領河西樂人。至元十七年始置。大德十一年，升正六品。至大四年，改為天樂署。皇慶元年，升從五品。署令二員，署丞二員，管勾二員，協音一員，協律一員，書史二人，書吏四人，教師二人，提控四人。
廣樂庫，秩從九品，掌樂器等物。大使一員，副使一員。皇慶元年始置。
教坊司，秩從五品，掌承應樂人及管領興和等署五百戶。中統二年始置。至元十二年，升正五品。十七年，改提點教坊司，隸宣徽院，秩正四品。二十五年，隸禮部。大德八年，升正三品。延祐七年，復正四品。達魯花赤一員，正四品；大使三員，正四品；副使四員，正五品；知事一員，從八品。令史四人，譯史、知印、奏差各二人，通事一人。其屬三：
興和署，秩從六品。署令二員，署丞二員，管勾二員。
祥和署，秩從六品。署令二員，署丞二員，管勾二員。
廣樂庫，秩從九品。大使一員，副使一員。
會同館，秩從四品，掌接伴引見諸番蠻夷峒官之來朝貢者。至元十三年始置。二十五年罷之。二十九年復置。元貞元年，以禮部尚書領館事，遂為定製。禮部尚書領會同館事一員，正三品；大使二員，正四品；副使二員，從六品。提控案牘一員，掌書四人，蒙古必闍赤一人，典給官八人。其屬有收支諸物庫，秩從九品，大使一員，副使一員。至元二十九年，以四賓庫改置。
鑄印局，秩正八品，掌凡刻印銷印之事。大使一員，副使一員，直長一員。至元五年始置。
白紙坊，秩從八品，掌造詔旨宣敕紙劄。大使一員，副使一員。至元九年始置。
掌薪司，秩正七品。司令一員，正七品；司丞二員，正八品；典吏一人。
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兵部，尚書三員，正三品；侍郎二員，正四品；郎中二員，從五品；員外郎二員，從六品，掌天下郡邑郵驛屯牧之政令。凡城池廢置之故，山川險易之圖，兵站屯田之籍，遠方歸化之人，官私芻牧之地，駝馬、牛羊、鷹隼、羽毛、皮革之徵，驛乘、郵運、祗應、公廨、皁隸之制，悉以任之。世祖中統元年，以兵、刑、工為右三部，置尚書二員，侍郎二員，郎中五員，員外郎五員，總領三部之事。至元元年，別置工部，以兵刑自為一部，尚書四員，侍郎三員，郎中如舊，員外郎五員。三年，併為右三部。五年，復為兵刑部，尚書二員，省侍郎二員，郎中如故，員外郎一員。七年，始列六部，尚書一員，侍郎仍舊，郎中一員，員外郎仍一員。明年，又合為兵刑部。十三年，復析兵部。二十三年，定尚書、侍郎、郎中、員外郎以二員為額。至治三年，增尚書一員。主事二員，蒙古必闍赤二人，令史十四人，回回令史一人，怯裡馬赤一人，知印二人，奏差八人，典吏三人。其屬附見：
大都陸運提舉司，秩從五品，掌兩都陸運糧斛之事。至元十六年，始置運糧提舉司。延祐四年，改今名。提舉二員，從五品；副提舉一員，從七品。吏目一員，司吏六人，委差一十人。海王莊、七里莊、魏家莊、臘八莊四所，各設提領一人，用從九品印。
管領隨路打捕鷹房民匠總管府，秩從三品。達魯花赤一員，總管一員，副總管二員，經歷、知事各一員，提控案牘一員，吏屬令史六人。初，太祖以隨路打捕鷹房民戶七千餘戶撥隸旭烈大王位下。中統二年始置。至元十二年，阿八合大王遣使奏歸朝廷，隸兵部。
管領本投下大都等路打捕鷹房諸色人匠都總管府，秩正三品，掌哈贊大王位下事。大德八年始置，官吏皆王選用。至大四年，省並衙門，以哈兒班答大王遠鎮一隅，別無官屬，存設不廢。定置府官，達魯花赤二員，總管一員，同知一員，副總管一員，知事一員，提控案牘一員，令史四人，譯史二人，奏差二人，典吏一人。其屬東局織染提舉司，秩從五品。達魯花赤一員，提舉一員，副達魯花赤一員，副提舉一員，提控案牘一員，司吏二人。
隨路諸色民匠打捕鷹房等戶都總管府，秩從三品。達魯花赤一員，總管一員，同知一員，經歷一員，知事一員，提控案牘兼照磨一員，令史六人，譯史一人，知印通事一人，奏差二人，掌別吉大營盤事及管領大都路打捕鷹房等戶。至元三十年置。延祐四年，升正三品。
管領本位下打捕鷹房民匠等戶都總管府，秩正三品。達魯花赤一員，總管一員，副達魯花赤一員，同知一員，副總管一員，判官一員，經歷一員，知事一員，提控案牘兼照磨一員，令史六人，譯史、通事、知印各一人，掌別吉大營盤城池阿哈探馬兒一應差發、薛徹幹定王位下事。泰定元年始置。
刑部，尚書三員，正三品；侍郎二員，正四品；郎中二員，從五品；員外郎二員，從六品，掌天下刑名法律之政令。凡大辟之按覆，繫囚之詳讞，孥收產沒之籍，捕獲功賞之式，冤訟疑罪之辨，獄具之制度，律令之擬議，悉以任之。世祖中統元年，以兵、刑、工為右三部，置尚書二員，侍郎二員，郎中五員，員外郎五員。以郎中、員外郎各一員，專署刑部。至元元年，析置工部，而兵刑仍為一部。尚書四員，侍郎仍二員，郎中四員，員外郎置五員。三年，復為右三部。七年，始別置刑部。尚書一員，侍郎一員，郎中一員，員外郎二員。八年，改為兵刑部。十三年，又為刑部。二十三年，六部尚書、侍郎、郎中、員外郎定以二員為額。大德四年，尚書增置一員。其首領官則主事三員。吏屬則蒙古必闍赤四人，令史三十人，回回令史二人，怯裡馬赤一人，知印二人，奏差十人，書寫三人，典吏七人。其屬附見：
司獄司，司獄一員，正八品；獄丞一員，正九品；獄典一人。初以右三部照磨兼刑部繫獄之任，大德七年始置專官。部醫一人，掌調視病囚。
司籍所，提領一員，同提領一員。至元二十年，改大都等路斷沒提領所為司籍所，隸刑部。
工部，尚書三員，正三品；侍郎二員，正四品；郎中二員，從五品；員外郎二員，從六品，掌天下營造百工之政令。凡城池之修浚，土木之繕葺，材物之給受，工匠之程式，銓注局院司匠之官，悉以任之。世祖中統元年，右三部置尚書二員，侍郎二員，郎中五員，員外郎五員，內二員專署工部事。至元元年，始分立工部。尚書四員，侍郎三員，郎中四員，員外郎五員。三年，複合為右三部。七年，仍自為工部。尚書二員，侍郎仍二員，郎中三員，員外郎如舊。二十三年，定尚書、侍郎、郎中、員外郎各以二員為額。明年，以曹務繁冗，增尚書二員。二十八年，省尚書一員。首領官：主事五員。蒙古必闍赤六人，令史四十二人，回回令史四人，怯裡馬赤一人，知印一人，奏差三十人，蒙古書寫一人，典吏七人。又司程官四員，右三部照磨一員，典吏七人。其屬附見：
左右部架閣庫，秩正八品。管勾二員，典吏十二人，掌六部文卷簿籍架閣之事。中統元年，左右部各置。二十三年，併為左右部架閣庫。