小杰成功解放了火焰鳥，並且在無形的力量下火焰鳥決定追隨小杰。而此時小杰又萌生了一個新的主意……
小靈讓皇子蛇把樹藤恢復了原來的樣子，將被懸在高處膽戰心驚的貓老大、大食花、雙彈瓦斯、阿柏怪全部放生，並且在卡比獸的幫助下，幾個佈雷團團員被輕鬆的送到下一個城市——米特市的警察局，此時卡比獸已經再次繫上了腰帶。
神奇寶貝中心的一個休息室，小靈追問：“你到底有什麼主意啊？”小杰手指放嘴脣前“噓”了一聲，把門反鎖上，開啟電腦，接入wifi，撥通了柳木博士的電話。沒過多久柳木博士就接通了電話，打招呼說：“嘿，小杰，又見面啦！有沒有繼續努力啊？無事不登三寶殿，找我是不是有什麼事啊？”小杰撓頭說：“真是什麼都瞞不過博士，那個，我抓到了一隻火焰鳥……”
博士不屑地說：“耍誰啊？有的人找了一輩子都找不到它的蹤跡，你才旅行三個月左右，不過是一個新人訓練家而已，怎麼可能這麼輕易地就抓到了？你可能連火焰鳥是什麼系的都不知道吧？它是……”博士還在喋喋不休地挖苦小杰，突然她就閉上嘴巴——在笑容滿面的小杰背後的確站了一隻火焰鳥。
博士驚訝地說：“這這這不會是真的吧……不會是你隨便一隻神奇寶貝套上外套偽裝的吧？”小杰笑著說：“博士啊，你就這麼不相信我嗎？難得我還想把它給你研究呢，如果發表一篇關於火焰鳥的論，應該無論是利益還是名氣都會更上一層樓吧？所以你要不要研究一下它呢？”
柳木博士激動地拼命點頭說：“你說的沒錯，現在網上還沒有任何一篇關於火焰鳥的論，如果我寫了就是填補了這個領域的空白，成為研究火焰鳥第一人啊！我發一篇肯定是聲名大振了。不過我可不相信你會這麼好心，肯定不會是沒條件的吧？”小杰點頭說：“博士果然聰明，和您說話就是省力！我有兩個條件，第一，不能在論中提到我。”博士回答：“不用你說我也知道啊，如果提到你的話肯定會給你惹一堆麻煩，甚至會惹禍上身呢。好了，第二個條件呢？”小杰笑嘻嘻地說：“我希望，我以後抓神獸不要算一個位置，也就是說除了我身上攜帶九隻神奇寶貝以外我可以無限攜帶神獸。”
博士聽了以後生氣地說：“你怎麼這麼貪得無厭啊，我不是才給你多攜帶三隻神奇寶貝的特權嗎？還想得寸進尺？”小杰嘀咕說：“那就算了，我乾脆把它放生好了，反正我也不準備在洛奇聯盟使用它。”博士連忙說：“別，別！雖然我不相信你好不容易抓到一隻神獸捨得放生，但是沒辦法，我就是吃這一套，給你抓到軟肋了呢。不過什麼神獸不神獸的也太複雜了，神奇寶貝系統又識別不出來，這樣吧，我特別批准你攜帶十二隻神奇寶貝，這樣夠意思了吧？不過十二隻已經是最大上限了，以後別再為難我了。”小杰嬉皮笑臉地說：“我怎麼感為難我們敬愛的博士呢？”博士氣得說不出話來，憋了半天說：“快點把火焰鳥給我傳送過來！”
小杰搖搖頭嘆息了一聲，研究人員從某種角度來說還真是悲哀啊，老是給人牽著鼻子走。他對火焰鳥說：“你先給博士研究一段時間吧，放心，她也是我們的朋友，不會傷害你的。過段時間我就把你取回來。”火焰鳥乖巧地點了點頭，一點也沒有神獸的架子，看來它已經被那股力量折服了。小杰收回了火焰鳥把它傳送到博士那裡了。
博士高興地拿著火焰球說：“太好了，火焰鳥啊！”小杰說：“博士，火焰鳥我已經傳送了，現在請麻煩你把耿鬼和飯匙蛇還有達摩狒狒傳給我。”博士把這三隻傳給小杰，小杰現在身上的神奇寶貝是混混鱷、河馬王、達摩狒狒、暴鯉龍、快龍、卡比獸、魯力歐、耿鬼、哥達鴨、飯匙蛇和阿勃梭魯11只。
小杰開啟房間門，電腦放在神奇寶貝中心充電，之前那場戰鬥受傷的卡比獸、阿勃梭魯、快龍、怒目鱷全部都讓喬伊小姐治好了，這一切都結束以後就走出中心和小靈一起逛這個城市，小杰正咬著牙拎小靈買的那大包小包的東西，忽然一個人影竄動把小杰一下子撞倒了，小杰手中的包一下子被甩飛，摔到地上，裡面買的一些東西全部都摔壞了。
小杰被撞倒都沒有那麼生氣，反倒是小靈因為東西被摔壞罵道：“誰這麼沒眼力，撞了人就算了居然還害我的東西被摔碎了！”原來小杰是順帶被打抱不平的嗎……然後就聽到一個熟悉的聲音說：“對不起啊……”小杰一看說話的人居然是……小智！“咦，小智，是你啊。”小智此時也發現了自己撞到的是小杰。小杰問：“怎麼只有你一個人？小剛、小霞、小建、小遙、小光、愛麗絲、丹特他們呢？”小杰一口氣說出了小智的夥伴們的名字，小智疑惑地說：“什麼啊，小鋼？小蝦？小鋼蝦？是吃的還是新品種的神奇寶貝？怎麼我都沒聽說過啊。還有什麼小賤小妖小光就更不知道了。”小杰扶額說：“難道你一直是一個人旅行的嗎？”小智說：“不是啊，我是有夥伴的，就是你剛才最後說的愛麗絲和丹特，上次在佛萊市你們見過的啊。不過愛麗絲現在去雙龍道館做道館館主了，丹特也回三洋市做道館館主了，所以現在只有我一個人繼續旅行了。”丹特本來就是三洋市的道館館主自不必說，不過愛麗絲……在動畫片中原雙龍道館館主夏加的確有將館主之位禪讓於愛麗絲的意願，但是當時愛麗絲也沒給出明確的答覆，現在看來愛麗絲終於還是繼承了夏加的意志成為雙龍道館的館主了？
不過奇怪了，這與動畫片劇情不符啊，怎麼小智沒遇到小霞他們直接就遇到愛麗絲了？而且他們也是在聯盟結束以後很久才分開的吧，到底是什麼力量在更改劇情？這對現實世界的人來說，只是一個消遣用的遊戲罷了，而所有的遊戲，遇上病毒都有可能被篡改內容。
小智問：“小杰，你有幾個徽章？”小杰一亮所有的徽章說：“六個。”小智興奮地拿出徽章盒說：“那真是太巧了，我也正好是六個，不如接下來的路我們一起旅行吧？”小杰一眼看穿了小杰的心思應道：“你不會是因為丹特沒在你身邊，你解決不了食物問題所以才來找我們的蹭飯的吧！”小智驚訝地說：“你怎麼知道！”小杰撇嘴說：“別問我，我說了也不算數，要蹭飯你得問我們美麗的廚娘——小靈。”小智心想完蛋了，剛才摔壞了她的東西她怎麼肯讓自己蹭飯？小智轉向小靈哀求道：“小靈姐姐，你也不捨得我捱餓吧……”小靈微笑說：“我哪有那麼小氣，當然是沒問題了，反正食物也充足得很，不差你一個人的份。”其實小靈也不是隨便答應的，他的想法是購物時能多個人手幫忙拎東西也好……小杰說：“既然小靈沒意見那我也沒意見，不過你要加入我還有個條件。”小智有一股不祥的預感，繼續問：“什麼條件？”
小杰把揹包放在地上說：“這是卡比獸一年份的壓縮糧食，可能有點重，就交給你了。”心中暗喜，自從金剛離隊以後一直是小杰來背，結果是不背不知道，一背嚇一跳，這麼重的東西揹著多累人啊，真是辛苦金剛了。不過也沒辦法，總不能讓小靈一個女孩子背吧？雖然小杰相信她能背起來……現在好了，小智的加入解決了這個問題。
“沒……問題！”小智咬著牙背起揹包，又放在地上說：“呼，太重了。小杰你剛才說你有一隻卡比獸？能和我的卡比獸對戰嗎？”小杰搖頭說：“最好不要，你不知道我的卡比獸有些特殊，而且看到是同類對戰起來可能會更加亢奮傷到你的卡比獸就不好了。”的確，要是小杰的卡比獸興奮起來把腰帶解開估計全力一擊可以把小智的卡比獸連鼻涕泡帶血一起打出來。
小智很失望地說：“這樣啊，那太可惜了……”小杰笑著說：“雖然如此，但來一場戰鬥還是沒問題的。來一場雙打比賽如何？”其實小杰也很想和小智對戰一場，他早就想和小智一較高下了，小智是他童年以來的偶像，他現在的確想知道自己和心中的偶像究竟還有多少差距。小智一下子又興奮起來了：“太好了，就這樣！我燃起鬥志了！”小杰說：“彆著急，這裡不適合戰鬥，我們換個地方。”
幾個人找到了一片開闊的空地，小智和小杰距離拉開，小杰丟擲兩個神奇寶貝球說：“拜託你們了，混混鱷，耿鬼！”小杰第一次使用耿鬼，收服以後一直沒讓它戰鬥，這次終於出場了！小智丟出一個神奇寶貝球說：“去吧，頓甲！”哦，是頓甲啊，這隻在小智的神奇寶貝里面算是很強的一隻了。小智只丟出一個神奇寶貝球，不出意外的話另一隻就是……果然，小智右手食指向前一指說：“就決定是你了，皮卡丘！”皮卡丘歡快地叫了一聲“皮卡”以後從小智肩膀上跳了下來。
拿頓甲對付浮游特性的耿鬼，面對地系的混混鱷小智更是用皮卡丘迎戰，小智的思維還真是奇怪啊。不過小智本來就是這樣子進行雜亂無章的戰鬥的，而且所謂無招勝有招，小智這種奇怪的打法反而讓很多人無法應付，所以也沒什麼值得奇怪的。
小智說：“我就不客氣地先進攻咯！頓甲，使用滾動攻擊，皮卡丘使用十萬伏特掩護！”小杰立刻作出迴應：“混混鱷擋下十萬伏特，耿鬼使用影子球擋下頓甲！”混混鱷擋下了十萬伏特，並且由於地免疫電所以毫髮無損，耿鬼也使用影子球炸飛了頓甲，這一輪交鋒小杰佔得優勢！
雖然出師不利，但是小智不是容易氣餒的那種人：“皮卡丘使用高速移動移到頓甲前面，頓甲再用一次滾動攻擊！”小智又在下令人匪夷所思的指令了，果然他喜歡使用自殺性戰術來打對手一個措手不及嗎……頓甲使用滾動打飛了擋在他前面的皮卡丘，同時頓甲力的方向也改變了居然飛了起來打向耿鬼，原來小智的目的是這個！滾動攻擊命中了耿鬼，並且又飛躍起來準備再攻擊一次。“皮卡丘，對頓甲使用鋼鐵尾巴！”皮卡丘一下子跳到頓甲上方使用鋼鐵尾巴一下子拍飛頓甲，但實際上頓甲由於皮卡丘的鋼鐵尾巴的拍擊滾動攻擊的力道變大，小智的戰術實在是太彪悍了，傷敵一百自損八十，到最後自己還是賺了！而且實際上這種戰術非常難破。總而言之，頓甲的滾動攻擊再一次命中了耿鬼。
滾動攻擊在連續使用的情況下威力是越來越大的，再來一次估計耿鬼就頂不住了，畢竟耿鬼本身就不是防禦特別高的神奇寶貝。頓甲果然又一次使用滾動攻擊向耿鬼襲來，小杰下令：“混混鱷，使用強力劈瓦擋下頓甲！”混混鱷向頓甲打去，小智說：“想要比拼力量麼，那就來吧！頓甲，調轉方向攻擊怒目鱷！”強力劈瓦與滾動攻擊對在一起，變成了力量之間的對決了！沒想到就在混混鱷與頓甲專注於角力的時候小智發起了奇襲：“皮卡丘，使用高壓電擊！”皮卡丘全身冒出電光向耿鬼撞去，它的速度快如光電，要躲開不是一件容易的事，而且此時混混鱷抽不開身也無法幫耿鬼擋下這一擊了。小杰只好決定將皮卡丘也拉下水降低損失了：“看來躲也躲不開了呢，耿鬼，使用殊命同歸。”皮卡丘的高壓電擊命中，一瞬間電光亂迸，然後皮卡丘和耿鬼都倒下了。
小智抱回皮卡丘說：“皮卡丘，辛苦你了。”小杰也收回耿鬼說：“耿鬼回來吧，辛苦你了，看來我們之間的默契還要繼續磨合啊！”此時頓甲還是憑著滾動攻擊連續使用以後的高威力壓過了混混鱷的強力劈瓦，混混鱷被撞飛，不過由於對滾動有抗性所以受的傷不至於太嚴重。而頓甲的滾動攻擊也停了下來。之前一直是小智先攻，這一次小杰搶到了主動權：“混混鱷，使用地震！”“頓甲，使用防衛卷！”頓甲使用防衛卷抵禦了地震的攻擊，而且之後使用滾動攻擊威力翻倍！
小杰皺眉說：“這麼厲害啊？看來必須用那一招了。混混鱷，使用岩石突！”地下冒出兩塊岩石死死地夾住了頓甲，小智驚呼：“這是什麼技能！”小杰得意道：“沒聽說過吧，這可是我自創的技能啊！”小杰已經臉皮厚到吹牛都不臉紅的了。小智下令：“頓甲，使用怪力術掙脫岩石！”
頓甲使用充滿力量的四肢拼命掙扎，趁著這正取出來的時間小杰也沒閒著，下令：“混混鱷，連續不斷地使用劍舞！”過了一會，隨著“轟”的一聲，頓甲終於打碎了夾住它的岩石，而混混鱷的攻擊也已經提升好多級了。面對攻擊提升數級的混混鱷小智絲毫不懼：“頓甲，使用億萬衝擊！”而小杰這一次角力有必勝的決心：“混混鱷，使用龍之爪！”
兩隻神奇寶貝都銳不可當地使用了各自的技能並且碰撞在了一起，一陣巨大的爆炸把它們炸飛摔在地上揚起煙塵。煙霧散去以後混混鱷還是掙扎著爬了起來，頓甲就爬不起來了。小杰鬆了一口氣，這場戰鬥雖然是他勝利了，但是也只是險勝而已，勝在那出奇制勝的一招岩石突，可這畢竟不是他自己的技能，而是阿虎的！所以這場戰鬥不能完全算他的勝利。
小智收回頓甲嘆了口氣說：“唉，我還是輸了啊。不過那招岩石豬真的好厲害啊，小杰教教我好嗎！”小杰扶額說：“是岩石突……”小智不在意這些細節：“無所謂啦，教我嘛！”小杰、金剛、小智，無一例外地第一次見到岩石突這招都有想要學習的衝動，可見這一招的確非常實用。小杰說：“反正我們以後就是夥伴了，來日方長不急於一時，我慢慢教你好了。”
於是三人繼續向下一個道館走去，有了小智的加入情況一定會有所不同……可憐的小智，本來是獨一無二的主角，現在卻淪為配角了，默哀三秒鐘……
三人路過一片森林，一隻比一般個體稍微大一點的比比鳥飛了出來，後面跟著一群**。小杰說：“看來我們不小心闖入它們的領地了，快跑吧！”小智攔住他說：“跑什麼啊，打敗它們不就好了。皮卡丘，十萬伏特！”十萬伏特大範圍命中所有**，這根本就是放電吧！**紛紛倒地，看來它們的確只是數量多而已，能力就不怎麼樣了。
只有剛才的比比鳥躲過了這一招，小杰說：“那就由我來……”小智打斷他說：“不，讓我來對付它！去吧，大王燕！”比比鳥面對大王燕毫無懼色，使用電光一閃攻擊，大王燕也使用電光一閃，雙方居然不相上下，這隻比比鳥不光是體型比較大，力量也不小啊。
比比鳥使用瘋狂攻擊拼命啄大王燕，小智喊道：“比意志力你不會輸的！大王燕，使用翅膀攻擊！”大王燕忍受著比比鳥的攻擊轉身使用翅膀攻擊拍飛了比比鳥。“非常好，大王燕，使用迴轉攻！”比比鳥也知道這一招很難躲開，所以使用羽毛舞降低了大王燕的攻擊力才成功頂下了這一擊。“看來只能提前用這一招了，大王燕，使用勇鳥！”奇怪了，在動畫片中大王燕是不會這招的，小智的另一隻飛行系神奇寶貝姆克鷹倒是會這一招，小杰感覺到小智的確改變了許多，這到底是為什麼，小杰也很想知道。
勇鳥銳不可當一下子把比比鳥打倒在地，比比鳥受不了這氣勢驚人的一擊失去戰鬥能力，大王燕勝利了！此時突然飛來一個神奇寶貝球把比比鳥收入球中，不過不是小智丟出去的，而是來自小杰。小杰收服了比比鳥，小智說：“明明是我打敗的比比鳥憑什麼你來收服啊！”小杰摳鼻說：“我本來是想由我來打敗的，你又要攔住我說你來對付。再說你不是已經有比雕了嗎，還需要比比鳥？”小智聽了陷入回憶模式，說：“比雕啊，我把那傢伙放生了，那個森林比我更需要它……”腦海裡開始不斷浮現他們之間的回憶，過了良久突然反應過來：“不對啊，你怎麼知道我有比雕？”小杰一見說漏嘴了趕緊掩飾：“天機不可洩露，嘿嘿……”
三人又到了下一個城市，這個城市非常繁華，和號稱洛奇地區最繁華的城市佛萊市有得一拼，廣場上更是人山人海，看起來有什麼活動吧。突然一個小孩子從背後拉住了小杰的衣服說：“大哥哥，能和我交換神奇寶貝嗎？已經好幾年沒有人願意和我交換神奇寶貝了，都覺得我的神奇寶貝看起來呆呆的。”小孩後面突然冒出一隻神奇寶貝，是果然翁。
小杰突然想到這該不會是動畫片中的那個劇情吧，連忙問：“這裡是神奇寶貝交換大會嗎？”小孩回答：“是啊，我已經參加這個大會好幾年了，就是沒有人願意換走我的果然翁，大哥哥求求你和我換吧，什麼神奇寶貝都無所謂。”小杰看了看這隻果然翁，心裡罵道那些人真是沒眼光，有寶貝都不懂得撿。不過也正是如此，小杰才有機會，不是嗎？小杰想，在動畫片中是武藏用大舌頭交換的果然翁，而小杰來這個世界這麼久根本就沒見到過武藏，連火箭隊的訊息也沒有，所以把果然翁換來應該也不算破壞劇情吧。於是他丟出那隻比比鳥的神奇寶貝球說：“我用它交換可以嗎？”小孩開心地說：“哇，擁有這麼大一隻比比鳥一定很酷！真的可以嗎，大哥哥？”小杰說：“你喜歡就好，那麼交換吧！”就這樣，小杰獲得了一隻果然翁。究竟大家在神奇寶貝交換大會還會有什麼奇遇呢？下集待續。