陰差陽錯，小杰來到了一個奇妙的世界，他一醒來就遇到一個自稱是他母親的女人，並且得知……第二天他就可以領到第一隻神奇寶貝了！旅行，即將展開……
“小杰，起床了，今天是你領神奇寶貝的日子啊！”小杰睜開眼，發現一個女人在叫他。“媽媽……”小杰不由自主地叫了這兩個字，據她所說她是小杰的母親。
“好了好了，你看都幾點了，你想不想領到神奇寶貝啊？”高美麗(也就是小杰的母親）半開心半生氣地說。“糟了！”小杰一看錶，十點了，果然熬夜是不好的習慣啊！別和小智一樣弄個叛逆神奇寶貝，那可就傷不起了。小杰心急火燎換好衣服就出去了。到了研究所，小杰發現柳木博士已經雙手叉腰有點不耐煩地在等他了。“對不起，我又遲到了！”小杰抱歉地說。得，看起來又要重蹈小智的覆轍了……
博士生氣地說:“怎麼這麼重要的日子你也會遲到！算了，你自己看看現在是什麼情況吧。”隨著博士手指的方向，小杰呆得下巴都掉下來了，裝載神奇寶貝球的容器空空如也，全部被領走了！博士解釋說:“本來今天只有三個新人的所以我只準備了三隻神奇寶貝，沒想到突然加入一個由於疏忽被遺漏掉的孩子，所以就少了一隻。”真是的，這是什麼神棍劇情，怎麼運氣總是這麼好！而且，小杰這才發現不對勁的地方，為什麼處在日本的神奇寶貝世界大家都說中？好吧，不得不為任天堂細緻入微的漢化工作點贊！
小杰當然非常沮喪，失望之餘無意中瞥見有一個神奇寶貝球放在高處，便滿懷希望地問道：“博士，那隻神奇寶貝可以給我嗎？"博士驚愕地說：“你確定要那隻神奇寶貝？”小杰疑惑地問：“對呀，不可以嗎？”博士搖頭說：“算了吧，也曾經有許多新人對這隻神奇寶貝感興趣，但是它太凶狠孤傲了，所以他們到最後都只能放棄……罷了，反正也沒有多餘的神奇寶貝了，能遇上也算是你們的緣分，你姑且試試看能不能馴服它吧。”
聽博士這樣一說小杰更是來了興趣，有個性的神奇寶貝可塑性要更強，而且敢狂傲說明它有狂傲的資本啊！神奇寶貝球一拋，出場的是一隻黑目鱷，黑目鱷的屬性是地加惡，而特性是自信過剩，每打倒一個對手攻擊力上升一級。黑目鱷還帶著一副墨鏡，小杰也知道如果黑目鱷失去墨鏡會變得非常軟弱，算是一點弱點的存在吧。小杰發現自己觸控到從未接觸的神奇寶貝並沒有掉雞皮疙瘩之類的害怕表現，一方面是因為他在之前的比賽中已經有過初次體驗，另一方面或許是他對神奇寶貝的喜愛已經超過了恐懼了吧。
小杰滿心歡喜地對黑目鱷說：“黑目鱷，做我的夥伴吧。”說著想要去抱它，卻被它一個衝擊撞飛。黑目鱷頭偏向後院，博士解釋：“每個想要帶走它的訓練家必須去後院與它對戰，只有勝利了才能使它心甘情願地跟隨。”小杰為難地說：“我只是一個普通人而已，又不會什麼技能，怎麼可能打敗神奇寶貝呢？”
黑目鱷一扭頭，轉過去了。博士解釋說：“這個動作表示膽小可以離開，黑目鱷不會承認你為它的訓練師的。以往所有對他感興趣的新人都是在這裡退縮的。”小杰被這麼一激鬥志反倒被激起來了，也不顧實力懸殊就貿然同意了：“好，我接受它的挑戰！”
後院，小杰被打的灰頭土臉狼狽不堪，黑目鱷又是撞又是咬的小杰完全無法招架……黑目鱷想用咬咬給小杰來個最後一擊，沒想到用力過猛一甩頭墨鏡飛池塘裡了。黑目鱷開始手足慌亂，小杰知道，這一隻特殊的黑目鱷沒有墨鏡是絕對不行的，黑目鱷又是地系，不敢下水去打撈墨鏡，這怎麼行，小杰最見不得神奇寶貝受苦了！幾乎是什麼都沒有多想，為了救黑目鱷小杰奮不顧身一個猛子扎入池塘，潛到池塘底撿起墨鏡然後浮到水面扔給黑目鱷：“黑目鱷，接著！”正好扔中目標位置，然後小杰還來不及高興又想到一件很重要的事——他自己也不會游泳啊！小杰掙扎了幾下，沉到池塘底了，從池底冒出幾個泡泡就沒反應了……此時黑目鱷亂叫了幾聲，意義不明，然後就跑掉了。
小杰意識模糊，只覺得有人在扯他的肩膀，難道是無常來索命了？小杰胡亂掙扎說：“不，別帶走我！”一下驚醒過來，發現自己躺在一張病**，坐在邊上的是博士和黑目鱷。博士說：“真是的，不會游泳別逞強呀，這麼淺的池子你也能淹著。還好黑目鱷及時提醒我，否則你就可能成為我後院池塘的冤鬼了！”
小杰鬆了口氣笑著說：“黑目鱷，原來你沒事啊，太好了。謝謝你救了我。怎麼樣，願意成為我的夥伴嗎陪我一起旅行嗎？”黑目鱷立刻跳入小杰懷中，小杰大喊：“我收服黒目鱷啦！”博士也鼓掌說:“嗯，看來你在關鍵時刻不顧自己的精神已經感動了黑目鱷，它已經被你的人格魅力征服了呢，可喜可賀，可喜可賀！”
次日，小杰康復出院了，開始了他的冒險，臨走時博士給了他神奇寶貝球、神奇寶貝圖鑑、洛奇地區地圖和足量神奇寶貝食物，還有一些旅途上的注意事項，叮囑他路上小心。小杰很快已經走到了鎮口，他回頭看了看這個優美的小鎮，紅月鎮，千百年來經營訓練師的搖籃。縱有萬千不捨，卻也只能類別。他大喊道：“再見了，紅月鎮！”雖然小杰只是在這裡生活了幾天，卻不知不覺對這個地方有了特殊的情感，已經把這裡當做自己真正的家了呢。
小杰拿出地圖查了一下，最近的道館所在城市是三色市，離這裡非常近。第二天小杰起了個大早，他要在成為神奇寶貝大師成功之路上邁出第一步——收服精靈增強戰鬥力！小杰到處看了看，到處都是小拉達，**，綠毛蟲什麼的，小杰全都看不上眼，掃興。他百無聊賴地尋找目標，只注意眼前卻沒注意腳下，被一個東西絆倒了。
小杰大叫：“討厭！什麼東西！”然後發現這居然是一隻呆呆獸！小杰一下就心動了，很好，就是它了！“黑目鱷，就決定是你了！”黑目鱷帥氣登場。“黑目鱷，咬咬！”小杰下令。
黑目鱷的鋸齒般尖牙咬住了呆呆獸，呆呆獸雖然天性有些呆，但受到有敵人攻擊也意識到了危險，立刻甩開對手。“黑目鱷，飛沙腳！”在圖鑑的幫助下小杰清楚地知道黑目鱷掌握什麼技能。呆呆獸眼睛被沙子迷住了。“就是現在，黑目鱷，衝擊！”小杰倒是還有模有樣地當訓練師，看不出來他還是一個羞澀手生的新人訓練家。衝擊命中，呆呆獸確定了黑目鱷的方位，使用水槍擊中黑目鱷。
“黑目鱷，不要緊吧？”小杰緊張地問。黑目鱷甩甩頭表示沒事。“那好，黑目鱷，泥巴射擊！”泥巴射擊是威力達到了55的地系技能，並且帶有對方速度必下降一級效果，這是目前黑目鱷最厲害的一招。呆呆獸用水槍抵擋，但是威力不足沒擋住被泥巴射擊擊中了倒在地上。
機會來了！“去吧，神奇寶貝球！”小杰甩出神奇寶貝球，神奇寶貝球不偏不倚砸中了呆呆獸，看來以前玩丟沙包手感還在能精確命中，呆呆獸化為一道紅光被收入球中，搖了神奇寶貝球停止晃動紅光便消失了。小杰撿起神奇寶貝球說：“我收服呆呆獸了！”小杰的首戰就漂亮地收尾了，並且還獲得了巨大的收穫！
激戰過後小杰肚子開始咕咕咕地叫了，從昨天晚上開始就沒吃東西，自己也不會煮，黑目鱷倒是有神奇寶貝飼料撐著，自己可就慘了。忽然聞到了陣陣食物飄香，小杰抓到了救命稻草，跟著味道走過去，發現一個小女孩與一隻小達摩對戰。小達摩是火系的神奇寶貝，特性是緊張，攻擊上升但是命中下降。邊上是一鍋的濃湯，很明顯小達摩是來搶食的。女孩子用的是葉藤蛇，這一隻是草系的新手使用御三家之一，看來也是新人訓練家。葉藤蛇的藤鞭、衝擊全被小達摩靈活地避開，而小達摩一個火焰牙葉藤蛇就倒下了，果然屬性問題還是有很大影響的。
小達摩準備去吃那鍋食物，女孩當然不樂意，卻又束手無策。小杰心想：這小達摩恃強凌弱搶別人的東西可不道德，更重要的是這些食物都被他吃了自己吃什麼！這果斷不能忍啊！心中義憤填膺，於是喊道：“出來黑目鱷，沙地獄！”
黒目鱷用沙地獄，又被小達摩閃開了，小達摩速度還不錯。小達摩用火花，小杰下令：“黑目鱷，泥巴射擊！”呆呆獸的水槍擋不住這招，沒想到小達摩的火花居然與之持平！小達摩的攻擊力也很厲害，看來硬打果然不行。小杰心生一計：“黑目鱷，向地面發射泥巴射擊！”反衝力使黑目鱷飛了起來。
“就是現在，衝擊！”黑目鱷下墜加強了衝擊的威力，同時速度也加強了，高處的黑目鱷又對下面的情況一覽無餘鎖定了小達摩的位置，小達摩閃不開，被擊中了。“黑目鱷，泥巴射擊！”近距離命中，效果拔群！小達摩昏倒在地，看來防禦方面有待提高。
“去吧，神奇寶貝球！”興高采烈的小杰決定梅開二度，今天真是大豐收啊。神奇寶貝球掙扎了幾下便停止晃動，小杰又將小達摩收服了。
小杰撿起神奇寶貝球，做出一副淡定的樣子，然後站在一旁觀戰的女孩已經看呆了……這麼嫻熟的戰鬥技巧，他，到底是誰……