在一個平凡的城市裡，茫茫平房之中，一座八十多層的摩天大廈顯得尤其顯眼，三個金光大字就屹立在樓頂之上，但是卻很少有人能夠有幸看得到這三個字，只有過往的飛機才偶爾能夠近距離看到三個大字的冰山一角:任天堂。任天堂，孰人不知孰人不曉？這是一個非常厲害的日本大公司，出品了數不勝數的精彩遊戲，而其中最為耳熟能詳的，莫過於他們的王牌遊戲，一代人的童年回憶史詩經典:口袋妖怪！
某一天，從表面上看這棟大樓風平浪靜，其實內部已經炸開了鍋。一個研究員模樣的眼睛男嘶聲大喊:“沈經理不好了，遊戲出現未知錯誤！”一個肥頭大耳的男人緩緩走過來，目光犀利地喝道:“廢物！堂堂名牌大學計算機專業尖子生博士後畢業，居然連這種小問題也解決不了，真是白領我們的工錢！難道查殺病毒這種簡單的問題也要我來教你嗎！”另一個女研究員說:“不，沈經理我們幾乎試過了所有，殺不掉！”那個男人有些詫異地說:“怎麼可能？我們公司可是擁有全世界最先進的安全系統！區區病毒查殺不掉豈不是叫人笑話！”此時又一個乾瘦的男人走進來說:“沈經理，你可記得病毒角色？”
沈經理愣了一下，然後遲疑地說:“羅副經理，你的意思是說……他們終於動手了？”羅經理點了點頭說:“沒錯，掐指一算的確是半年之期期滿了吧？如果真的是他們做的，任何安全系統也拿他們沒辦法！”沈經理著急地說:“可惡，我居然忘了這麼重要的一件事！眼看研發工作就要完成了，難道我們這麼久以來的心血就要這樣功虧一簣了嗎！”羅經理很冷靜的樣子，淡定地說:“沈經理不用急，我還有一個辦法……”
在一間很普通的房子外，幾個人帶著大包小包，似乎是準備出行的樣子，那個年長一些的女人朝著裡面喊道:“智傑，我們要去東南亞旅遊一個月，這個月就拜託你看家了，廚房裡有足夠的泡麵，記得要照顧好自己！”呆在屋子裡的孩子不耐煩地說:“好了啦老媽，你已經說了好多遍了！”只見這個孩子雙眼清澈如泉透著一股純真，全身的面板並不是很黑但也算不上白，體格偏孱弱。那些人提著行李離開了，那個叫做“智傑”的孩子無力地癱軟在沙發上，或許大家會有疑惑為何他家人都去旅遊休閒卻留他在家看家？他拿出一沓紙片，這是……期末考卷還有成績單！上面白紙黑字，成績赫然印在上面:高智傑，語62，數學71，英語39……總之沒有一科是及格的，也難怪為何會被留下看家了。高智傑嘆了一口氣，他已經十七歲了，但是卻還從來沒有出去外面見識過世面，就如同一隻井底之蛙一般對外面的世界充滿了好奇。他之所以不能出去遊玩並不是家裡沒錢，而是老爸老媽非常看重成績，他們顯然對自己的成績非常不滿意，所以從來沒有帶他出去旅遊過，而身為尖子生的姐姐卻幾乎要逛遍了世界的每一個角落，這樣偏心哪個孩子受得了！但是，不管受得了受不了還不是得受著，高智傑只有以嘆氣來表達自己的憤懣。
高智傑到各個房間走了一圈，父母實在是太苛刻了:電腦上了新的密碼鎖著令他無計可施，psp，nds，3ds，gba之類的娛樂設施全部都被鎖在保險箱與小杰“隔海相望”，這要叫人如何這樣度過無聊的一個月啊，難道這暑假就要在練習冊中度過了嗎！此時高智傑在陽臺上看到他的幾個死黨從門口經過，小杰招呼他們：“嘿，你們去哪呢？”他們回答:“嘿，小杰，我們現在準備去網咖啦！”小杰心想這樣也倒不失為一種消磨時間的好辦法，於是滿心期待地問:“請問，可以帶我一起去嗎？”網咖這個地方小杰是憧憬已久，雖然他的成績不好，但一直都是一個老實的孩子，從來沒進過網咖這樣的“不法之地”。可是不去歸不去，他老是聽說在網咖就可以找到無盡的快樂，自己居然沒去過，顯得自己格格不入，很想去見識見識那裡到底是個什麼神聖之地。但是進網咖需要身份證，他還未成年沒有身份證，所以一直沒進去過。那麼與他同齡同樣沒有身份證的孩子是如何進去的呢？他聽說只要有人帶進去就行了，而此時就有這麼個機會。可是他的好朋友卻斷然拒絕了:“說了多少次了，你去網咖玩神奇寶貝遊戲很丟臉啊，難道你就不怕被人嘲笑幼稚嗎？不行！你不怕丟臉我還怕被你丟了我的臉呢！”於是頭也不回地走了，任小杰怎麼呼喊也不回頭。
小杰失落地坐在鋪滿瓷磚的地板上自言自語:“我只是喜歡神奇寶貝……這也有錯嗎？難道大孩子……就不能喜歡神奇寶貝嗎！可是我除了神奇寶貝以外也沒有愛好了啊！”的確，在小杰三歲的時候他的舅舅就送給他一片神奇寶貝動畫片的光碟，小杰那時候就被那些或可愛或凶猛的神奇寶貝深深吸引住了，從此一發不可收拾地迷戀上了神奇寶貝，他不斷地追看沒看過的每一集神奇寶貝動畫片，並且愛屋及烏地喜歡上了口袋妖怪這個遊戲。小杰的gba、nds之類的娛樂設施裡面只有神奇寶貝的遊戲，上電腦他也只是玩神奇寶貝的遊戲和看神奇寶貝的動畫片，幾乎沒有其它愛好。小杰看了看床頭的書櫃，還有一大摞書籍，全部都是神奇寶貝圖鑑、神奇寶貝遊戲攻略以及神奇寶貝漫畫之類的有關於神奇寶貝的各方面書籍，這些都是他對神奇寶貝滿滿的愛之體現啊。小杰拿了一本坐到床頭說:“看來這一個月只能拜託你了……”於是認真地看了起來，完全不因為這本書已經被看了很多次而感到厭煩。
家裡的大鐘噹噹噹地敲了七下，已經是晚上七點了，小杰居然不知不覺中看了好幾個小時。小杰放下書自言自語說:“馬上就要八點了，趕緊吃晚飯！”為什麼小杰這麼注意八點的時間呢？因為每天晚上八點電視上是會有神奇寶貝最新劇情的直播的，小杰作為資深神奇寶貝迷當然不能錯過。
小杰經過一番折騰狼吞虎嚥吃完飯看了看時鐘，七點五十，還有十分鐘。小杰開啟電視，果然，還是廣告。小杰不敢換臺，因為他怕換了臺就會錯過任何一個精彩瞬間，於是耐心等待著。突然一個以前從來沒看過的廣告映入眼簾。
只見一位穿著豔麗的女子站在一臺機器前進行解說:“你是神奇戰鬥迷嗎？神奇寶貝實體作戰器，讓你進入神奇寶貝世界真正體驗神奇寶貝的強大。活動期間免費試用，名額有限快來體驗！”根據廣告最後的商標註明這是任天堂的廣告。
能進入神奇寶貝的世界？這也未免太扯了吧？這年頭騙子手段未免太“高明”了，誰會相信這種鬼話啊……小杰等的神奇寶貝動畫片來了，但是他卻無心去看，真的可以進入神奇寶貝世界嗎……小杰經過一番思想鬥爭決定明天去看看！反正自己也沒什麼油水可撈，基本上不會吃什麼虧……
第二天小杰難得地起了個大早到了目的地，場上真是人山人海……天啊，這麼多人都想一探究竟嗎，那要猴年馬月才能輪到自己？小杰正在心裡打著小九九，突然一個聲音講他的注意力抓了回來。“大家淡定！”一個漂亮的女主持走出來了，很明顯這正是廣告上的那個代言人！“大家好我叫劉紅玉，現場的主持人。沒想到大家的熱情高漲啊如此熱烈地響應，我們為此感到萬分榮幸。但是人數遠遠超過了我們的想象，而名額有限，所以我們決定舉行一場比賽，只有獲得冠軍的選手才有資格使用我們的機器進入神奇寶貝世界冒險！大家一起翻滾起來吧！”
接著便是如火如荼的一場又一場惡戰，參賽選手都並非泛泛之輩，對付起來都有些棘手，不過小杰憑著豐富的經驗加上一點點小手段披荊斬棘順利來到了決賽。“蜥蜴王，使用刀葉！”隨著小杰做出了最後一擊，對手的太陽珊瑚應聲倒地，小杰成功地擊敗了所有的對手成為全場的冠軍！比賽的具體細節以後再詳細說明，總而言之最後的結果是小杰城管了！場上爆發出熱烈的掌聲，而加冕冠軍的小杰獲得了機器的使用權！
小杰雄赳赳氣昂昂地按照工作人員的指示走進了一個機器的一個執行艙內，劉紅玉對他說:“接下來就開始執行機器咯，請閉眼放鬆……待會你就會發現你身處神奇寶貝世界了。”小杰按照她的要求閉上了眼睛，感覺到雖然腳一直沒動卻有在快速運動的感覺，似乎是腳下的地面在不停滑動。“好了，睜開吧。”小杰聽到了這句話也就睜開了眼睛，自己不知何時身處一個隧道之內。前方有亮光，想是出口了。小杰大搖大擺地走向出口，忽然四周一黑，小杰張皇失措之際又重新亮了起來，這中間不過是三秒鐘的時間。
“怎麼回事？”小杰疑惑地問。“額……不好意思，剛才發生瞬間停電，有一個零件燒壞了……”劉紅玉不好意思地說。
“什麼零件？”小杰緊張得**一緊，自己已經倒黴了一輩子，好不容易交了一次好運不會突然就這樣“中獎”了吧。
“真不巧，把你傳送回現實世界的零件燒壞了，傳送通道崩壞中間被阻斷……”劉紅玉很遺憾地說。小杰被一個晴天霹靂炸得不知所措，慌忙地說:“趕緊把機器拆開修啊！”劉紅玉斷然拒絕：“不行，如果把機器拆開的話……機器會徹底停止執行，內部一切資料都會被刪除，當然也包括你這個臨時資料，到時候估計你就不只是出不來而已了。”
小杰剛開始還以為自己再也沒有希望了，但是接著轉念一想突然找到了這句話的重點：“這麼說，難道拆開機器以外的辦法能讓我出去？”
“是的，不幸中的萬幸，這個遊戲在獲得大滿貫以後會自動安全刪檔，當你通關六次，系統會自動查殺，然後會將你掃出來。這本來是我們用來驅趕賴著不走的訓練家的，沒想到卻在這時派上用場了。”
小杰十分無語，通關六次再掃除都已經是多久以後的事情了，還嫌賴得不夠嗎？“那麼，通關六次指什麼？”小杰又問。“一兩句話說不清楚，總之，你要到達六個地區，完成每個地區的目標，具體目標是什麼你都會知道的。你每展開一個地區的旅行都會有人聯絡上你，告訴你接下來的動向。”小杰震驚了:“要求那麼高！我怎麼可能完成？”
劉紅玉鼓勵他說：“在比賽的時候我就發現一個神奇的玩家，那便是你，我相信你能帶來奇蹟，沒有做不到的事情。怎麼樣，試試？別讓我失望啊。”
小杰心想再怎麼樣也只好認命了，而且這個遊戲貌似會很有趣呢，半是興奮半是無奈地說：“好吧……等一下！完成需要不少時間呢！我的學習什麼的怎麼辦？我可不想耽誤我的學習！”真是的，要是平日就這麼關心學習還會慘淡到每一科都不及格嗎。
“這你放心，遊戲中一年等於現實一天，還有好多天才開學呢！以你的技術難道還不夠嗎？”劉紅玉答覆他說。小杰稍微鬆了口氣說:“那我放心了。開始吧。”
“那麼遊戲開始咯！神奇寶貝世界，這個世界是一個新的地域，它有一個名字叫做——幻境，希望你玩的愉快！另外以後我可能很少機會可以與你通話了。”劉紅玉說。
“等一下，每一款神奇寶貝遊戲都有一個版本，這版是……”小杰問。正如他所說神奇寶貝遊戲有許多個版本，每一個版本的劇情和神奇寶貝都不盡相同，所以他有必要搞清楚，知己知彼才能無往不利啊。
劉紅玉自豪的介紹：“這可是目前為止的最新版本:彩虹版，彌補紅藍綠、金銀、寶石、鑽珍、黑白版精靈少的缺陷，這一版每個地區都是一到六百四十九號精靈全部都有可能出現！對了，你要去的第一個地區叫做洛奇地區，你的目標當然是打敗八個道館，獲得聯盟冠軍……”她經過喋喋不休的介紹終於將一個大陸的情況呈現在小杰面前，小杰突然對這個遊戲充滿了期待，穿過了單行道鑽入亮光之中……劉紅玉在小杰進入遊戲以後默唸:“這個遊戲的救贖之神……就是你嗎……拜託了拯救一下這個世界，以及千萬研究人員的心血吧。”
另一邊，一位少年在火海中無助的看著眼前的幾個人被大火侵蝕，火舌也向自己蔓延過來，感到無比地害怕。一顆燃燒著的大樹倒下壓在他的身上，他感覺自己的生命將會在今天就劃上句號，突然一股不知名的東西“嗖”地一下竄入了他的腦中。他漸漸感覺意識變得模糊了，然後大叫一聲：“啊！”縱身一跳居然跳出了被火焰包圍的森林……
他再醒來時，是躺在一張**。一個淚眼婆娑的女人說：“啊，你終於醒了！”少年按著腦袋說：“這是哪？我是誰？為什麼我什麼也記不住了？”女人說：“這就是你家，我是你母親高美麗啊！哎，昨天意外發生你爸爸哥哥弟弟全部遇難只有你不知道怎麼逃了出來。你爸爸當警察也挺得罪人的，這次事故肯定是黑鷹教搞的，如果那群惡魔知道你還沒死的話肯定不會善罷甘休的，還是先換個名字隱忍一時吧，叫什麼好呢……”
此時少年腦中突然湧出小杰的記憶，對，他就是小杰！可是他原來可是十七歲的孩子，這個身體看起來未免有些“袖珍”了吧，只有小杰十歲的體型啊！高美麗起了幾個名字小杰都不滿意，於是他提議道：“叫高智傑如何？”高美麗高興地說：“高智傑……好名字！以後就叫高智傑！”又看了看鐘說：“十點了，快睡覺吧，明天你就十歲了，可以領屬於你自己的神奇寶貝了！”小杰一聽十分激動，沒想到時間還碰得真準啊。他無法抑制自己的激動，振奮到半夜以後才安然入睡……