2003年財政部調查，古井貢2002年、2003年涉及的稅款金額為9921.8萬元，加上2004年度“需要補提”的所得稅5433.6萬元，三年合計15355.4萬元。
王效金當時對此的態度是：第一，承認錯誤，不找理由，不找藉口，不推卸責任，深刻檢討自己。第二，立即整改。第三，我們會反映實際存在的問題，我們企業要繳的消費稅、增值稅、所得稅、白酒從量稅，能源、交通、教育、水費等稅加起來，稅務負擔已達到了50%。我們希望財政部考慮這些具體的問題，幫助上市公司能順利渡過此次難關。
2000年始，古井釀酒規模收縮；2001年，辭退了900多名農民合同工。企業經營舉步維艱，國企老總們也在探求擺脫困境的靈丹妙藥。
從1998年始，古井貢開始走下坡路，2000年，釀酒規模收縮，2001年，辭退了900多名農民合同工，而且從2002年到王效金落馬時，古井貢職工半年生產，半年放假，放假期間，只發基本生活費兩三百元。在生產月份，普通工人的工資仍然只有八九百元，已經低於安徽省平均工資水平。由於產權不清、經營狀況下滑的原因，古井改制勢在必行。2003年年底，王效金開始了古井的改制之路。
此改制方案是“全體員工持股、管理層持大股”，即將古井集團不良資產剝離，保留優良資產，經過評估作價，以淨資產為基數，轉售深圳萬基集團60%股權，餘下40%在內部分配。
按照上述方案，古井集團普通職工平均每人將分到3萬股左右的股權，副總經理以上的高層則平均分到80萬股左右的股權。員工根據公佈的細則計算出，王效金一人拿到1000萬股股權，古井集團黨委書記楊光遠則獲得700萬股的股權。
職工認為，此種分配嚴重不公。2004年3月3日，數千職工聚集在古井大酒店和火車站，舉著“支援改制，反對不公”的標語表示抗議。在一片反對聲浪中，王效金的改制方案胎死腹中。
從1998年始，MBO（管理層收購）被視為國企改制的一劑良方。王效金的改制方案正是MBO(管理層收購)，因為MBO實現了“所有者”在位的產權關係。
2004年8月，國資委等四部門緊急頒發了《關於開展企業國有產權轉讓管理檢查工作的通知》，要求徹查國企改制、產權轉讓兩大國有資產流失“命門”。
當年9月中旬，安徽省國資委下發了特急檔案，要求省內地市的國資部門對國企產權轉讓情況自查。古井集團制訂的改制方案被有關部門否決。
此後，改制的主導權逐漸從王效金落到亳州市政府手上。
2005年11月到2007年3月，古井集團100%股權在合肥產權交易中心掛牌轉讓，但數度流拍，最終轉讓底價從10.8億元降至9.8億元。