叛軍鍾景棠部(駐守魚珠炮臺)，限海軍於夜間離埔。乃請總統下令攻擊，溫樹德來阻止，憤極。
對於蔣介石的間關赴難之舉，和孫中山感到欣慰正好相反的，是陳炯明為之大起恐慌。當時，汪兆銘送來激勵函中提到：“陳(炯明)聞兄來，面色發青，說：‘他在先生身旁，必定出許多鬼主意’。”
陳炯明得知海軍未見動搖，加上陸路北伐軍回師平亂，乃兩度派遣使者向孫中山請求和解。他故意無可奈何地以業已被迫辭去粵軍總司令為藉口，表示因此控馭不住叛軍，頗感苦惱，希望北伐軍停止回師南下。孫中山以其只應悔過不能言和而斷然予以拒絕。
陳炯明口是心非，一面求和，一面卻圖謀收買海軍，進行其離間工作。被他收買的物件，是海圻、海琛、肇和3艘巡洋艦，都是三四千噸級的主力艦。如果失去這3艘軍艦，則剩下來遵奉孫中山指揮的，只是千噸以下的小型艦艇。因此，孫中山不得不考慮新的作戰部署。
“總統決心將各艦移駐長洲要塞後方的新造村一帶，免被叛軍之封鎖，是夜(7月8日)11時，海圻、海琛、肇和三大艦果升火起錨，駛離黃埔。總統聞此報告，亦即命其餘各艦，由黃埔上游經海心岡，駛往新造村附近，掩護長流要塞，以防魚珠叛軍之襲擊。”〔蔣介石《孫大總統廣州蒙難記》(1922年9月)〕
以長洲已失，無險可恃，力勸總統率各艦駛往省河，乃即率令各艦，隨侍透過車歪炮臺。時逆軍以野炮注視，永豐中六彈，船身震動甚，亟請總統移下艙，我仍守舵樓。有邀暫避者，不顧，瞪眸視時針而已。蓋逾二十分，即可透過是臺，危險只此剎那間耳。已而覺太僥倖，深自知罪，而總理則喜色有加。艦進沙基，諸同志皆來慰慶。
由於珠江下游是被魚珠炮臺和長洲要塞所鉗制，所以除了向上遊擊破車歪炮臺，開啟一條血路，往白鵝潭方面脫出而外，別無辦法。可是艦長認為車歪炮臺居於有利地勢，且炮隊密佈，艦隊極難透過該處。但孫中山則以此為死中求活的唯一出路，說服艦長贊同。
7月10日，艦長下令啟錨移動。不出所料，果然遭遇到最激烈的戰鬥。蔣介石陪同孫中山屹立舵樓，指揮艦隊。
“10日上午2時，總統命令永豐、楚豫、豫章、廣玉、寶璧等艦由海心岡駛至三山江口。拂曉，乃命各艦試射車歪炮臺逆軍陣地，逆軍發炮還擊。當時各艦以逆軍在車歪炮臺佈置周密，?徨無措，進退莫決。總統以‘民國存亡，在此一舉，今日之事，有進無退。’乃於9時半下令先以坐艦(永豐)表率前進，然後再命各艦鼓勇直前，速向車歪炮臺猛擊。”〔蔣介石《孫大總統廣州蒙難記》(1922年9月)〕
當時，敵軍炮兵不止配置在車歪炮臺一處，而是在炮臺附近兩岸部署有兩營以上野炮陣地，等候著艦隊到來。
永豐艦在來自兩岸的交叉炮火中穿越前進。蔣介石隨侍孫中山所站立的舵樓，暴露在彈雨之下。形勢甚為危險，蔣介石勸孫中山移避下艙，但孫中山表示：“艙房會比這裡安全嗎?”一步都不肯移動，乃至傷者續出，孫中山才同意扶掖傷者移往下艙，代為施治。
永豐艦中彈6發，船身震動激烈，蔣介石守在舵樓，指揮戰鬥。此時，必須儘快脫離敵炮射程以內的水域，計算其透過時間需要20分鐘，蔣介石一直注視著時鐘。
剛好20分鐘過去，才得脫出險境。艦上死傷頗重，直接駛入省河白鵝潭，尾隨艦也都受到輕微損傷。進入白鵝潭之後，永翔、同安二艦也隨之來歸匯合，艦隊力量反而較前增加。
以韶關未復，贛南復失，南雄不保，第一師降敵，前方基本軍隊戰機一時不易挽回，則總統留粵維繫人心軍心，效亦無幾，因勸暫離廣州。
北伐軍於7月29日，在韶關決戰敗北。8月3日，許崇智所率領的主力――粵軍第二軍退往南雄。自此開端，北伐軍全面潰敗。結果，粵軍第二軍及福軍(李福林部)退入福建；李烈鈞的贛軍、朱培德的滇軍、陳嘉佑的湘軍退往廣西方面。
下午三時，隨總統乘英艦去港(七時出虎門要塞)。
8月9日，有人密報陳炯明襲擊永豐艦的計劃。這個計劃，是一面賄買永豐艦上的官兵不加抵抗，一面對該艦集中攻擊，以謀害孫中山為唯一目標。同時對於其他各艦也進行收買活動，並陰謀由某艦假作還擊而炮轟廣州市沙基外國人居留地，藉以引起外國干涉，俾中傷孫中山的艦隊不能再在白鵝潭停泊。
就是在同一天，又得到了回師馳援孫中山而指向廣州的北伐軍業已敗於叛軍的確實報告，對於援軍已經是難以指望。“總統聞其報告，乃召集各艦長會議，僉稱腹背受敵，戰局必危，總統株守省河，有損無益，遂議決離粵赴滬之計。”〔蔣介石《孫大總統廣州蒙難記》(1922年9月)〕
孫中山以即日離粵之事通告各國領事。於是，英國領事乃提出派英國炮艦“摩漢”號送孫中山前往香港。在出發之前，孫中山對艦隊官兵發給一個月的恩餉，以獎勵忠勤功績。下午3時45分孫中山同幕僚換乘“摩漢”號，駛離白鵝潭。此時，蔣介石在永豐艦上，始終追隨孫中山左右，在由廣州往香港艦上，孫中山熱烈談論討逆計劃，不覺將近天曙。
上午六時，隨總統由港趁俄郵船歸滬。
8月10日清晨，蔣介石隨孫中山在香港乘俄國客輪歸滬。
安抵上海。
自此餘在孫邸辦事(是時，民八議員齊集孫邸)。
14日上午，孫中山所乘俄輪，安全抵達上海，在岸歡迎者，有數千人。
蔣介石在《本黨革命的經過與成敗的因果關係》(1949年6月)中寫道：“總理在陳逆部隊四面包圍之中，堅忍不拔，晝夜不息地對抗了55天之久，最後雖得離開廣州，安全到了上海，但是，總理百折不回奮鬥到底的大無畏精神，感召了我們一般革命同志和軍隊，加強了對革命的信心，和對於總理的崇敬。”
到甬，即趁慈北輪往普陀，養痾天福巷，南天門探勝，般陀庵觀魚，靜息時塑坐看經。
蔣介石與孫中山離開永豐艦，於8月14日回到上海後，只在孫中山的寓所幫助辦事7天，然後就到普陀山海島，住在天福庵遊山玩水，靜養身體去了。蔣介石在普陀山住了6天，到南天門去探過勝景，去般陀庵觀魚，剩下的時間就“泥塑”般的坐著讀佛經。廖仲愷與汪精衛來信請蔣介石到上海助孫中山策劃軍事方面的事情。蔣介石回信說：“連日腹瀉不止，回滬之期，不能如約。”