梁先生接任民盟祕書長之時，正是國民黨軍隊擴大東北內戰並將戰火蔓延到關內之時，國民黨軍隊連續攻佔由中共軍隊控制的四平街、長春，直打到松花江南岸。到6月29日，經過樑先生和民盟多位領導人沈鈞儒、章伯鈞等出面奔走於雙方進行調解，國、共雙方一度達成幾點協議，而蔣介石堅決不肯簽字。梁先生氣憤地說：“只有蔣介石的心最狠！”
7月4日，國民黨政府宣佈11月12日召開國民代表大會，5日，中共宣告不承認這種非法決定。同日，民盟方面由梁漱溟、羅隆基兩先生向國民黨口頭抗議：國民黨單方面決定違背政協決議，非法，無效。蔣介石一面於7月12日下令內戰開火，一面指使特務於11日、15日先後暗殺爭民主、反內戰的民盟李公樸和聞一多二教授。
調查李聞遇害真相，揭露特務罪行
李公樸、聞一多兩位教授被暗殺的訊息傳開，舉國震驚！
梁先生18日以民盟祕書長的名義發表書面談話：“李、聞兩先生都是文人、學者，手無寸鐵，除以言論號召外無其他行動。假如這樣的人都要斬盡殺絕，請早收起憲政民主的話，不要再說，不要再以此欺騙國人！”又說：“我個人極想退出現實政治，致力文化工作……但是像今天這樣，我卻無法退出了，我不能躲避這顆槍彈，我要連喊一百聲：取消特務。我倒要看看國民黨特務能不能把要求民主的人都殺光……”宣讀完這個書面談話之後，出於對國民黨特務的卑鄙凶狠的行徑的憤恨，在記者招待會上說：“特務們！你們有第三顆子彈麼？我在這裡等著它！”
梁先生接連發表兩次聲明後，於7月20日又與民盟參加重慶政協的代表：沈鈞儒、黃炎培、張申甫、張君勱、章伯鈞、羅隆基一起聯名向國民黨政府提出嚴重抗議，並提出處理昆明慘案的六項要求。要求國民黨派人與民盟所委派的人赴昆明共同調查李、聞謀殺案的真相。國民黨只同意民盟自己派人去調查，國民黨中央派一名祕書“協助工作”。
當時，國民黨特務在昆明氣焰囂張，活動猖狂，白色恐怖極其險惡，梁先生不顧個人安危，自告奮勇與周新民副祕書長一起去昆明調查慘案。
梁漱溟、周新民兩位先生，從8月6日抵昆明到8月22日，進行調查、取證，蒐集到許多關於李聞慘案的重要資料和人證、物證，足以證明凶手是國民黨特務。由於國民黨的阻撓，調查工作無法繼續。
梁漱溟、周新民兩位先生22日飛回上海後，於8月25日舉行了記者招待會，報告調查經過和結果，於26日見報，標題是“中國民主同盟代表梁漱溟在滬報告李聞暗殺案調查經過”。［《民盟文獻》217頁。］
梁先生在記者招待會上，義正詞嚴地講述調查經過和結果的梗概，將暗殺李聞兩位愛國民主人士的主謀和凶手，直指國民黨特務及其政府。為了徹底揭露國民黨特務的罪惡，梁先生依據調查所得大量詳實資料和物證、人證，又親自執筆寫出了近三萬字的《李聞案調查報告書》，周新民先生同具名。細緻、翔實、有理、有據，揭露國民黨特務的罪惡，在政治上對國民黨發出重型炮彈。
民盟元老馮素陶先生1986年曾對筆者說：“不把《李聞案調查報告書》那麼徹底揭發蔣介石反動暴力行動嚴詞批判其罪行的好文章放進《民盟文獻》一書，是不對的。”由是筆者向民盟中央檔案室借出《李聞案調查報告書》，連夜趕抄，附進《梁漱溟先生年譜》一書，公諸當世。
調解內戰失誤擔責辭職
民盟是由六個黨派組成，當時已出現不同政治傾向，梁先生不是完全不知，但警惕不夠。
民盟1946年10月28日所提“調解方案”是第三方面領導層約十多人經過集體反覆討論決定了幾項原則和內容，推定黃炎培、梁先生、莫德惠三人起草檔案。莫德惠提出為了東北鐵路暢通，沿鐵路線應行政統一，沿鐵路線有41個縣，有20個縣是中共管轄，要中共讓出這20個縣的行政權，國民黨只派縣長和警察接管，為了照顧中共，不派軍隊。梁先生竟信以為真而同意。更嚴重的問題是，他們竟然忘記三天前（25日晚）黃炎培向周副主席的約定，沒有將調解方案先送周副主席看過，就匆匆忙忙傳送國、共、美各方，不料大錯特錯。周副主席指出，鐵路上的警察是大特務戴笠的忠義救國軍改編，比正規軍隊厲害得多，因而大怒。聲淚俱下怒斥他們欺壓中共，首先宣佈他們是敵人時，梁先生對此意外情景竟茫然不知所措。民盟領導數人立刻親自出動，從國民黨孫科和美國馬歇爾處,智取收回剛送出的方案，並宣佈該方案作廢，周副主席才息怒。梁先生則反省自己糊塗，搞不了政治，負疚辭去民盟祕書長之職。