在基督教紀元的第一世紀，傑出的班超將軍把中國的武裝帶到了喀什噶爾和巴克特里亞，在歷史上首次於中亞建立中國的政權。這個政權隨著漢朝的衰亡而退隱，此後幾個世紀在中亞沒有見到中人。唐朝的皇帝們再次把中國的權力延伸到了帕米爾，但它又隨著唐朝衰落而退隱。蒙古人把中國和中亞置於統一的管理之下，為期幾十載。接下來的4個世紀，另有別人在爭奪班超和成吉思汗帶領軍隊征服過的那些中亞荒漠。這種狀況一直持續到偉大的乾隆再次在中亞重申中國的權力。乾隆接手了一場由他祖父康熙發動而後被他父親雍正所放棄的征戰，直到1760年才打完，結果是合併了西至帕米爾的新疆，並將帕米爾以西和以北的浩罕收為屬國。
亞洲地理的一個顯著特色是中亞有一個高聳的區域，人們稱之為帕米爾高原，或稱“世界屋脊”。起勢於帕米爾的大山脈，或多或少都會綿延連貫到大陸的頂端。興都庫什山脈朝西南方延伸，透過阿富汗，直達伊朗高原，在19世紀成為中亞英國政權和俄國政權的大致分界線。在帕米爾以北，天山向東北延伸，然後向東接入蒙古高地。從歷史地理的觀點來看，也就是說，並非嚴格遵照自然地理，天山山脈向東北的綿亙，是由阿拉陶山、塔爾巴哈台山、阿爾泰山和薩彥斯克山接續下去的，這樣在同一時期就在俄國迅猛增長的勢力與中華帝國的領土之間形成了一道分界線。
從帕米爾南部起勢的崑崙山脈，向東延伸到中華帝國的心臟，把新疆與西藏分隔開來。喀拉崑崙山也是從帕米爾南部分支，向東南綿延，與崑崙山一起劃出了的西藏高原的一大部分。喀拉崑崙山以南是雄偉的喜馬拉雅山和印度。在喜馬拉雅山、喀拉崑崙山和崑崙山之間那片無人荒漠的某一處，英國的統治足跡未到，而天子的庇廕同樣止步。在某種意義上，可以認為帕米爾是19世紀3大強國——英國、俄國與中國的交會點，把亞洲大陸劃分為3大塊。由於回民運動，清政府的權力在帕米爾到陝西的這一中國板塊上消退了，只是因為左宗棠將軍在1868－1881年間的天才努力，清政府的權力才得以恢復。
乾隆的軍隊從蒙古踏著烏蘭巴托－烏里雅蘇臺－科布多這條路前進，控制了天山以北蒙古與巴爾喀什湖之間的大區域，一般稱之為準格爾。清軍很快就與喀什噶爾的統治者發生了爭鬥，此人有浩罕王國撐腰。中隊征服了整個喀什噶爾，進入浩罕，直達塔什干，迫使浩罕人承認乾隆為他們的宗主。波爾格說，乾隆這次征戰動用的兵力為15萬人。新疆中部和南部實際上只包括天山與崑崙山之間從帕米爾延伸到羅布泊以東的那個地區。這個地區又叫喀什噶爾。準格爾的北部被劃入了塔爾巴哈臺縣，征服的所有土地取名為“新疆”，意為“故土歸新”。這片新領土在北部與俄國與蒙古接壤，在東部與蒙古與甘肅接壤，在南部與西藏和克什米爾交界，在西部與阿富汗與浩罕毗鄰。它的面積超過50萬平方英里，但其人口即便在1864年之前或許都沒有超過300萬。
天山從西向東橫貫新疆，形成一個分界，把這塊土地的大約1/5劃分在山北，把它的大約4/5劃分在山南。南部叫做塔里木盆地，幾乎全是荒漠，邊緣散佈著一些綠洲，西邊和北邊較多，新疆中部與南部的居民，就聚居在這些綠洲之內。盆地邊緣比較重要的人口中心，從南開始列舉，依次為：和闐，葉爾羌，喀什，阿克蘇，庫車，庫爾勒，吐魯番，以及東部的哈密。從北向南穿過塔里木盆地沒有常規路線，只有從東端到西端有常規交通。
天山以北地區分為兩個部分，東部，或嚴格意義上的準格爾，以及西邊的伊犁河谷。東部的主要中心為巴里坤、古城、烏魯木齊和瑪納斯。伊犁河谷極為肥沃，養活了可觀的人口。主要城市是老固爾扎和新固爾扎，兩城相距約25英里，都在伊犁河邊。新固爾扎是乾隆修建的，是整個新疆的行政中心。在造反時期，它的人口約為7.5萬。這裡駐紮著一支精銳的衛戍部隊，它是全國各地官員的著名流放地。直到本世紀（指20世紀）清王朝結束為止，這裡一直是罪犯居留地和流放地。
在嚴格意義上的準格爾，人口由中國回民和蒙古人組成。在伊犁河谷，回民與蒙古人、漢人和滿人雜居在一起，其中以回民為主。這裡的政府類似於中國內地邊緣區域所有特區的政府。
塔里木盆地的居民幾乎全是維吾爾人，與更往西去的居民關係很近。在這個地區，清政府透過各個城鎮的頭人來進行統治。統治者沒有試圖限定維吾爾人的語言、宗教或習俗，清政府的統治對這些人非常寬鬆。
從中國內地有兩條主道通往新疆。一條是從北京通往甘肅肅州以西嘉峪關長城西端的官道的延伸。這條路從嘉峪關到安西－哈密－吐魯番－阿克蘇－葉爾羌－喀什一線，一直通往西土耳其斯坦的各座城市。還有一條人跡較稀的路線，從安西沿著塔里木盆地的南緣通往和闐與葉爾羌。這就是馬可波羅在13世紀訪問中國時所走的路線。另一條通往新疆的主道，是從歸化和包頭出發，前往巴里坤－古城－烏魯木齊－瑪納斯－固爾扎一線，還可通往西土耳其斯坦。這是大駱駝幫行走的路線。
有兩條翻越天山的主道，與這兩條東西大道相連。在東邊，有一條路從哈密通往巴里坤，再往西，有一條路從哈密通往烏魯木齊。翻越天山的其他通道非常稀少，而且人跡罕至。事實上，一條大道是沿天山以北延伸，另一條大道是沿天山以南延伸，因此它們分別叫做“北路”和“南路”。久而久之，這兩個名稱就跟天山以北地區和天山以南地區聯絡起來了。新疆北部通常稱為“北路”，而天山與塔里木河之間的那個地區就叫做“南路”。不論走哪一路，要從中國內地前往新疆，都要經過一片廣闊的荒漠，而要在新疆維持一支部隊，就成為一個永恆的問題。
當乾隆的軍隊於1770年前後佔領塔里木盆地時，喀什噶爾王國走到了盡頭，和卓王族逃到了巴達赫尚，後來在浩罕尋求避難。許多年來，在喀什復辟和卓的希望是渺茫的。大約在1812年，浩罕的統治者停止向北京進貢，這在中亞是一個訊號，表明中國的控制正在削弱。這件事鼓舞了覬覦喀什王位的和卓，他們希望重登王位。而浩罕的統治者以各種方式支援他們的要求，只是沒敢公開向中國宣戰。
在1826、1831、1845和1857年，覬覦王位的和卓在浩罕組織了遠征軍，成功地在新疆西部發動了小型反叛。這一地區在清政府統治之下繁榮昌盛，居民方面很少有思變的願望。所以清軍不難把部隊派往這個地區，並且很快就恢復了秩序。值得注意的是，用於鎮壓那些叛亂的軍隊和全新疆的衛戍部隊一樣，幾乎全部是回民。帝國政府一直使用這些回民，他們的忠誠度從來沒有遭到懷疑，即便在他們要跟同教中人作戰的時候。
由於喀什地區反覆發生叛亂，清政府對反叛者的鎮壓越來越緊，對他們的敵意迅速地在居民中蔓延。1857年的暴亂是由和卓偽王瓦里汗領導的，情況一時頗為嚴峻。清政府在塔里木盆地各城駐軍的辦法，是緊鄰城鎮建立堅固的堡壘，而不是把堡壘建在城鎮之內。這些駐軍有一個習慣：當緊急情況出現時，他們會縮回堡壘等待援兵。瓦里汗佔領了喀什地區的幾個城鎮，而且似乎越戰越強。但是，當駐軍的強大援兵到來時，他的追隨者們失去了勇氣，他的妄想破滅了。
1862年，陝西回民發動了回民運動，很快就波及陝西全省和甘肅全省。它的傳播性很強，新疆的回民不久就針對漢人起事。各地駐軍中的回民反戈對著他們的老闆，見到漢人、滿人和蒙古人就會加以屠殺。
首次暴動發生在哈密和吐魯番，那裡的回民攫取了政權。烏魯木齊和瑪納斯以回民為主，在同教中人的領導下，建立了以他們的先知為首腦的地方政權。
新疆西部暫時還很平靜，但是看到東部所有地區的穆斯林從中國官員手中接過了權柄，這裡也於1864年發生造反。駐軍部隊參與了動亂，這裡的中國當局很快就消失了。只有在喀什和英吉沙爾中國當局還能挺下來，也許是因為這些地方的軍隊是滿人和非穆斯林中國人。他們縮排堡壘，靜觀其變。
同一年在伊犁河谷發生的暴動格外血腥，因為這裡有一大批非穆斯林居民。新固爾扎城被毀，整個河谷的漢人、滿人和蒙古人都被屠殺。不久回民內部發生了內訌，很快戰爭就升級到白熱化的程度。
在塔里木河流域，來自吐魯番的回民掃蕩南路，很快就控制了西至阿克蘇的所有地區。在喀什、葉爾羌與和闐，地方派別在爭奪主導權，沒人試圖控制整個地區。吉爾吉斯的強盜頭伯克司迪爾在喀什要求控制權，但是遭到激烈反對，他最後送信給浩罕的汗，請他派和卓布素魯克汗——瓦里汗的堂兄弟，到喀什來僭取王位。