原來淺井長政為了對抗六角氏，曾與朝倉義景結有盟約，兩家的聯絡非常緊密。正因如此，織田信長本次越前討伐戰並沒有強要長政出兵相助。在他想來，自己此次發兵，是打著幕府將軍足利義昭的旗號，以責問朝倉義景為何不肯上京謁見為名，曾與自己並轡入京的長政即便不願相助，也應該不會橫加阻撓。
然而淺井長政此時卻已無法控制家中輿論，被迫要背棄盟約，向信長揮舞刀劍了。淺井家本採取“重臣合議制”，家主不過合議的主席而已，並沒有足夠強大的獨裁力量，家中重臣和麾下豪族多年來與朝倉氏並肩作戰，早就培養起了牢不可破的感情，況且他們認為織田信長狼子野心，毫不可信，如果順利滅亡朝倉氏，很可能掉過頭來攻打淺井家。重臣們紛紛以“脣亡齒寒”之意遊說長政，見長政不予採納，乾脆又把隱居的老頭子淺井久政扛了出來。
不忍拂逆父親之意，無力抗拒臣下要求，同時又怕失去家主寶座的淺井長政終於下定了決心，祕密發兵，準備與朝倉氏南北夾擊織田信長的軍隊。織田信長得報，匆忙轉身後撤，並讓羽柴秀吉、蜂須賀正勝和德川家康殿後，阻擋正從一乘谷洶湧殺來的朝倉援軍。在西近江豪族朽木信濃守元綱的協助下，織田大軍沿琵琶湖西岸，經朽木谷城折往西南，終於在三十日順利迴歸京都——這就是歷史上著名的“金崎退兵”。
五月十九日，織田信長僅率從者10人離開京都，翻山越嶺迴歸本城岐阜，途中遭遇刺客，幾乎喪命。此時近江的局勢一片混亂，朝倉、淺井聯軍分道南下，流亡伊賀的六角義賢、義治父子也煽動江南諸郡爆發國人一揆。京都東面急報頻傳，而西面的三好氏也大有渾水摸魚、捲土重來之勢。
當年六月，織田信長整備濃尾勢三國大軍，動員了15萬人馬，並要求德川家康親統5千三河兵趕來會合，浩浩蕩蕩重新殺入南部近江，以救援本方困守的幾座孤城。叛亂陸續被平定，六月二十一日，信長到達淺井氏本城小谷南方不遠的虎御前山，他命令士兵放火焚燒附近村莊田地，意圖誘出淺井軍主力與自己決戰。淺井長政固守不出，同時派快馬前往一乘谷，要求朝倉氏出兵增援。
織田信長不敢遽攻堅城小谷，於是轉道南下，攻擊要隘橫山城。橫山位於小谷與淺井氏重鎮佐和山城之間，只要攻克橫山，就如同往敵人的心臟部位插入一柄尖刀，淺井軍即便不因此元氣大傷，也無法再輕易南下騷擾京都附近地區了。六月二十三日，織田軍層層包圍了橫山城，次日，越前8千援軍終於趕到了小谷城北方，著名的姊川合戰就此拉開序幕。
秭川發源於伊吹山地，迤邐向西，流過橫山城的北面，最後注入琵琶湖。六月二十七日晨，淺井、朝倉聯軍偽作撤退之勢，隨即半途殺回，於次日凌晨突然向駐紮在龍之鼻地方的織田本陣展開猛烈進攻。織田、德川對淺井、朝倉，雙方在秭川岸邊爆發激戰。織田、德川聯軍一開始處於劣勢，但織田信長陸續將包圍橫山城的部隊拉到前線，投入戰鬥，終於扭轉了戰局。
當時與朝倉8千大軍所面對的德川軍，投入戰鬥的僅有3千人而已，但三河兵素以能耐苦戰聞名，在大將酒井忠次的指揮下，連續數個小時阻遏敵軍，使其不能前進。上午10時以後，淺井、織田兩軍也開始正面交鋒，淺井方大將遠藤直經一馬當先，率800騎直插信長本陣，猛將、佐和山城主磯野員昌隨即跟進，織田軍幾乎瀕臨崩潰的邊緣。
然而織田信長在危急關頭保持著清醒的頭腦，他讓剛剛趕到戰場的丹羽長秀等部不必前來加固本陣的防守，反而轉向陣列最西面，攻擊朝倉軍側翼，援護德川家康。於是得到生力增援的德川軍開始反擊，大將榊原康政突破朝倉軍側翼，殺死朝倉氏猛將真柄直隆父子，終於將敵軍趕回秭川北岸。
朝倉軍潰敗後，淺井方不敢再孤軍深入，也被迫緩緩後撤，在淺井長政幾近完美的指揮下，很快就擺脫了追兵，安全撤到秭川以北。此戰雙方損失，一說淺井、朝倉方為5千人，織田、德川方為3千人，一說比例類似，但總數不超過3千。
雖然淺井、朝倉聯軍首先敗退，但織田、德川聯軍也無隙可乘，無法追擊以擴大戰果，因此從戰役層面來說，秭川合戰可謂勝負難決。但從戰略角度來考慮，朝倉、淺井聯軍主力戰後向北退去，暫時不敢再來，織田信長遂得以調動全部兵力攻打橫山城，並最終迫使其開城投降。
織田信長派羽柴秀吉守備橫山城，然後南下攻擊琵琶湖東岸的堅固要塞——佐和山城，守備此城的，正是在秭川合戰中曾給織田軍以沉重打擊的猛將磯野員昌。信長知道要攻克此城，絕非一朝一夕之功，於是命丹羽長秀在城東、市橋長利在城北、水野信元在城南、河尻秀隆在城西，構築鹿砦，重重包圍，做好長期戰鬥的準備，他自己則於七月四日進入京都，並於4天后離京迴歸岐阜城。
燒討比睿山
元龜元年（公元1570年）八月二十日，織田信長再度從美濃髮兵，進攻攝津國的野田、福島等城砦，這些城砦都是“三好三人眾”與齋藤龍興在得到本願寺、淺井、朝倉等勢力的暗中支援下修築的。
在攻擊這些城砦的同時，為了威懾本願寺，使其放棄對三好黨的增援，織田信長致信本願寺法主顯如（光佐），要他交納貢錢，作為織田軍的軍費。其實信長並不在乎這一點點軍費，他要的是顯如立刻表態：“支援我，還是與我為敵。”然而顯如上人早有與織田勢一戰的覺悟，他和朝倉氏本有姻親關係，又以中國地區的毛利氏為後援，自以為石山堅城，根本就無人可以撼動，於是毫無轉寰餘地地拒絕了信長的要求。
九月十三日深夜，織田軍首先動手，運用大鐵炮（大口徑火槍）轟擊石山本願寺，顯如上人派根來、雜賀、湯穿等紀伊國擅長使用鐵炮的家族，以3千支鐵炮與織田軍對射，一時間硝煙瀰漫，震動天地——長達11年的石山戰爭就此拉開序幕。
為了救援三好黨和本願寺，淺井、朝倉聯軍於九月十六日大舉南下，殺入坂本口，守備宇佐山城的織田方大將森可成戰死。織田信長聞報大驚，匆忙放棄對野田、福島兩城的包圍，並且脫離與本願寺兵馬的接觸，以柴田勝家、和田惟政殿後，自己退回京都。二十四日，織田軍從京都出發，迎戰淺井、朝倉聯軍，聯軍在比睿山內的蜂峰、青山、局笠山等地佈防，嚴陣以待。
比睿山延歷寺是日本佛教天台宗的總本山，由最澄大師於9世紀初建立，歷史悠久，它的軍事力量雖然不可和本願寺同日而語，宗教神聖地位卻更高。知曉淺井、朝倉聯軍在比睿山佈陣的織田信長開出條件，只要延歷寺肯加入本方，就交還前此被近江大名侵奪的山門領（寺廟地產），同時威脅說，若不服從，“包括根本中堂在內的三王二十一社等所有廟宇，我都會一把火將其燒為灰燼”。然而延歷寺輕視信長的行動力，斷然拒絕了這一要求。
織田信長眼看威懾無效，自己此刻四面皆敵，一個搞不好就要全域性糜爛，於是又把足利義昭這尊“泥菩薩”扛了出來，要他下令各方勢力退兵和解。義昭雖然滿心不願，但自己身處信長的掌握中，暫時還不敢明著和對方硬碰。於是十一月二十八日，在足利義昭和公卿二條晴良的調解下，雙方開始和平談判，最終決定停戰退兵，江北2/3歸屬織田家，1/3歸屬淺井家，延歷寺仍保有舊領。
這一協議使淺井氏喪失了南方大片領地，隨時可能被近在咫尺的織田軍侵襲騷擾，損害是相當巨大的，但被織田軍切斷了後路、急於奪路回國的朝倉軍基於本身利益考慮，迫使淺井長政退讓妥協。此後淺井氏即陷入了疲於奔命的窘困境地，最終滅亡的命運，其實在此刻就已經註定了。
次年即元龜二年（公元1571年），二月間，佐和山城終於開城降伏。淺井長政匆忙出兵進攻橫山城，卻被羽柴秀吉擊退。同年八月，在朽木元綱的協助下，織田軍攻陷了江南一揆的重要據點志村城，保證了進出比睿山附近的通路。
此時比睿山延歷寺已成甕中之鱉，於是織田信長親率大軍來到山下，要兌現他去年許下的諾言，把這座宗教聖山夷為平地。家臣佐久間信盛、武井夕庵等對此表示異議，遭到信長的痛罵。他下令封鎖一切下山通路，然後縱起大火，開始了殘酷的圍殲戰。根本中堂以下山王二十一社全被焚燬，包括僧侶、信徒在內約三四千人，不分男女老幼，均慘遭屠殺。
因為這一暴行實在令人髮指，從此織田信長就被稱為“第六天魔王”（指佛教神話中欲界第六天的魔王，名為他化自在天）、“佛敵”，加上他此前為了獲得來自南蠻的武器、物資，與天主教教士頻繁接觸，遂被視為接受天主教義，要絕滅日本傳統的宗教——佛教。不過根據近年來的考古發掘所得，延歷寺的建築在元龜二年以前就大多譭棄，並且沒發現有多少火燒的痕跡，同時一部分文獻史學的研究者也提出了類似旁證，即焚燒比睿山延歷寺如此大事，在當時公卿們的日記中卻很少提及——此事的真偽，大概是永遠的歷史之謎了。
戰國城砦群
戰國時代所謂的“城”，其實並不是真正意義上的城市，而是城堡，反而散佈在城堡外圍的基本無防護的商業區，即所謂城下町，才真正具備了城市的雛形。當然，當時的日本並非沒有真正意義上的城市，諸如堺、平戶等自治都市，以及京都，均可算是城市。
戰國時代，諸侯林立，紛紛構建城堡以保護自己的財產，此外還在軍事要衝或城堡周邊修建砦，砦也就是寨，是小型的城堡。一般情況下，城或砦都由竹木製成圍牆，外掘淺壕，內建樓櫓和士兵居住的長屋，此外還大多蓋有一片核心建築，是城主、城代，或者砦守將的居處和指揮所。
隨著戰爭次數的頻繁、戰爭規模的擴大，以及軍事技術的發展，城堡的規模也日益擴大。到了戰國中後期，產生出許多號稱“難攻不落”的巨型城堡，比如相模的小田原城、安藝的吉田郡山城，以及織田信長建構的安土城、豐臣秀吉建構的大坂城，等等。城堡分山城和平城兩種，山城依山而建，取其地勢險要、易守難攻，而平城則往往建在大平原上，取其交通發達、商賈輻輳。
戰國中後期的著名城堡大多以土壘牆，偶有用到石材的，結構更為複雜，防護力更強。這些城堡並非僅有外圍一道圍牆而已，往往城堡內部也層層隔斷，樓櫓密佈，到處都是明門和暗門。這些圍牆將城堡分割成為多個區域，這些區域分別稱為“丸”，丸皆有名，一般情況下中心區域稱為“本丸”，往外輻射，層層區域分別稱為“二之丸”、“三之丸”，等等。也有用方位來命名的，如“西之丸”、“東之丸”，等等；也有用地名或守將苗字來命名的，如“京極丸”、“真田丸”，等等。各丸分佈因地勢而千變萬化，有呈圓形層層向外的，也有呈一字型由高向低的，也有相當不規則的。
戰國前期，城主所居官邸稱為館——因此城主往往被尊稱為“館樣”——中後期則大量湧現出一種名為“天守閣”的建築。所謂天守閣，一般以碎石為基，上以土木構建多層樓閣，四面密佈矢倉（箭樓）和炮櫓，本身既是城堡的政治、軍事中心，也是防衛嚴密的碉堡。天守閣一般都是城堡中的最高建築，站在頂層就可以鳥瞰城堡全貌，有助於城主指揮整個城堡的防衛戰。建構天守閣耗資巨大，非有力戰國大名不能完成，因此天守閣本身也逐漸變成了大名實力的一種象徵。