雖然免除了做那個吃力而不討好的火影，但新之助依然非常的忙碌。
而這倒不是綱手的大小姐脾氣犯了，而是新之助自己決定對木葉所有的體制進行一次徹底的改革。
不過說到驅逐團藏這件事，新之助根本沒有想到會那麼的順利，幾乎是沒等新之助率先發難，團藏就自己提出離開。
對於這樣配合的團藏，新之助也沒辦法在說什麼了。
其實團藏也用不著離開，因為他把根警戒部叛亂的責任都推給了那個根警戒部副手赤鬼滿，而且團藏似乎軟禁那些長老時也沒有對他們做什麼。
不過倒是那些長老的言辭讓新之助頗感失望——他們打死也不肯承認自己等人被什麼人軟禁過，如果按照他們所說的團藏應該除了御下不嚴之外什麼罪名都沒有的了，可他們偏偏對團藏恨的咬牙切齒，理由當然是團藏居然用赤鬼滿那種反骨仔給木葉造成了那麼的的損失，所以團藏應該自殺謝罪之類的。
而長老們之所以這樣做無非就是為了自己所謂的面子。因為他們這是既不想承認自己被軟禁過，也不願意就這樣簡簡單單地放過團藏。
對於長老如此言行不一，新之助實在是沒什麼好感。雖然團藏已經知道自己在那些長老們心目中已經成了人人喊打的老鼠而選擇離開，但新之助還是對那些除了添亂屁事也不能幹的長老們是越看越討厭！
而對於團藏為什麼去投奔波之國，新之助還是簡單的瞭解了一下。也許是歷史糾錯的原因吧，卡卡西還是帶領了佐助、鳴人和小櫻這個小組，而且他們也順利的接到了那個所謂的C級保護造橋高手的任務。
不過，由於無論是卡卡西還是那三個孩子的實力照前世卡通都有了明顯的提高，所以說這個任務的結局也大為不同。
雖然再不斬是死了，不過卻不是鳴人他們當中任何一個人殺死的，而他只是被卡多另外僱傭的忍者殺死。至於水無月白，則被卡卡西帶回了木葉村。
而對於那個火影世界第一偽娘，新之助現在自然沒有時間搭理他，因為木葉村的改革已經讓新之助忙的腳打後腦勺了，甚至連自己的家都沒正經回過一次，所以研究白的冰遁血繼當然就要放一放。
不過這件事也讓新之助揣摩出團藏為什麼去波之國了，要知道對於像卡多那種靠撈偏門起家的大富豪，就連新之助自己也對他的財富心動不已。所以團藏去波之國發展也絕對是謀劃好了的！
不過既然團藏已經不再木葉了，新之助也懶得去管他。畢竟只要木葉內部沒人跟新之助作對，那麼木葉村可以說並不懼怕忍界任何一支勢力！
而對於木葉村的改造，新之助決定參考一下地球上西方國家的制度。
首先他把木葉村所有與普通民眾有關而與忍者並沒有太大關係的瑣事全部都推了出去，也就是讓木葉村的軍、政分家。
結果過程也比新之助想象的要簡單，因為在木葉還是有很多有能力，有聲望卻不是忍者的人存在的，所以新之助讓他們參與木葉村的建設他們也都很樂意。
為此新之助還是擔心過火大名的態度，而火大名則更加開明。他甚至直接透過書信的方式告訴新之助，只要這種改革只限於木葉村，他新之助想怎麼該就怎麼改。
這樣一改火影的工作立馬少了一大半，而且這些瑣事又不涉及忍者，所以木葉忍者內部也沒有反對的。
對於忍者內部的制度，新之助也做了極大的改變，他上設了一個元老會，那些原來的沒事幹長老們新之助全都讓他們進入當元老。而且新之助賦予了元老會以直接監督火影的權利，而元老會也有權要求火影對所做的一些重大調整對元老會進行解釋。
而且新之助還害怕那些長老們閒著，所以他有直接設了一個議會，而議會的職責當然就是負責木葉村所有的瑣事，可以說新之助把木葉所有大型建設的決定權都賦予了元老會，可以說這種制度完全是西方國家的上下院制。
而那些長老一個個都是對自己的新職務興高采烈地接受了，因為在他們看來自己的職責不但有過去根的職責，甚至連過去只有火影才有權決定的瑣事談們也能決定大半！
而現任的五代火影綱手和猿飛日斬都對這種制度讚賞有加，而猿飛是直接看到了這種制度下對木葉行政能力提高的好處，至於綱手，她當然也對新之助這種在今後幾年代替波風做火影的時間裡減輕大部分負擔的制度表示歡迎了！
至於將來波風水門怎麼想，新之助也相信他沒有意見畢竟像波風那樣肯拿自己的命來換取木葉村安寧的人有怎麼能不對這種大大有利於木葉村的制度表示歡迎呢？
至於基礎的忍者組織，他把忍者組織劃分為八個部，分別是明部、暗部、刑部、服部、文部、武部、醫部和工部。
明部的職責是負責接待、整理所有外來的任務，並且還有權負責所有忍者任務的委派和對忍者執行任務情況的監督和考評。而明部部長和副部長的人選，則有右京和聽說木葉村鉅變而剛剛回來的阿斯瑪擔任。
暗部則被新之助劃分為三大塊，一個是火影專屬的影衛隊，不過新之助並沒有委任衛隊長而是直接將這項全力交由火影本人負責。
一個是情報大隊，大隊長由森乃伊比喜擔任。
而情報大隊下設三個支隊，分別是執行特殊任務的特殊任務隊，隊長有疾風擔任。
負責所有情報收集、整理和判斷的情報蒐集隊，隊長有伊比喜兼任。
負責木葉村內部安全的安全大隊，隊長由小次郎擔任。
而至於暗部部長和部長直屬大隊長則由新之助自己擔任，當然這個職務除了管理一大隊的精英忍者外，基本上算是個空銜。
而新之助之所以現則這個職務完全是為了方便自己偷懶，至於芽裡沒有實際職務的成員新之助也直接把他們劃歸到自己的大隊裡。雖然這些人的加入使得新之助的暗部直屬大隊實力暴增，但除了新之助自己之外其他人是沒有任何權利的，所以他也不擔心以後有人藉著擴充暗部部長直屬大隊而再搞一個根出來。
刑部負責的許可權則是忍者的考核、升遷以及獎懲，由於這個部的職責太過**，所以新之助直接將部長一職由火影兼任，而副部長新之助設下了三人，分別有退休的猿飛日斬、自來也和原三擔任。
雖然副部長是三個人，但可以說真正這個部具體的工作幾乎全部由原三負責，不過考慮這個原三日向一族的身份實在太過**，所以新之助直接將猿飛和自來也都拉了過來。
猿飛當然是為了讓這老人發揮一下餘熱，況且這個部有猿飛坐鎮別人也說不出什麼來。
至於自來也，新之助當然是利用這個虛銜算住自來也，省的他到處亂跑！
服部則是過去新之助新成立的木葉警戒部，正副部長當然還是由四郎和玄間擔任，不過這個服部於過去所不同的是就連木葉監獄這個部也要管理，而且普通民眾的案件也要兼顧。
文部則是由過去的木葉忍者學校和新之助前些日子所成立的“木葉忍者進修集訓基地”合二為一，不但要負責培養忍者的後備人才，而且還要負責所有忍者的進修和訓練。而且新之助讓這個部的部長也有火影兼任，至於副部長，新之助乾脆讓所有閒著沒事的木葉強者客串擔任這個職位。
而武部的任務則是專門開發忍術，部長直接由新之助的啟蒙老師後藤官兵衛擔任。
副部長跟文部一樣，誰有什麼獨特忍術想要奉獻出來就直接丟到武部就完事了。
醫部當然是負責救治木葉村所有患病和負傷的人了，部長由天善的兒子天善森馬擔任。
不過新之助還是把醫部細分一下，不僅劃分了內外科，而且還劃分了專門研究醫療忍術和培養醫療忍者的醫療研究分部和專門研究病理和醫藥學的醫藥研究分部。
而且新之助還順便打聽了一下藥師兜，發現這小子自從木葉崩潰計劃後就消失了，所以大家都以為他已經死了。
對此新之助也沒說什麼，而他只是直接找到了伊比喜，讓他規範一下所有木葉忍者資料。
至於那些確認死了的木葉忍者再出現的話，當然是一律按照間諜處理了！
而工部當然是負責忍具製造的部門，而部長人尋新之助則直接誘拐了之前給他打造查克拉玉武器的綱齋戒。而新之助單獨成立工部的意圖無非就是降低忍具製造的成本和擺脫木葉村對匠之國忍具的依賴。
而木葉所有人都覺得新之助的這套制度相當的完美，新之助對於這些讚譽當然也就卻之不恭了!
而且新之助對於自己的這套制度相當的有信心，畢竟在他前世的地球上，這套制度執行了可有幾百年之久…