橫嶼之戰的真正意義在於殺雞給猴看，此戰之後，福建各地倭寇皆聞風喪膽，再也不敢囂張放肆，戚繼光趁勝追擊，先後在杞店、牛田、林墩大破倭寇，先後殲敵五千餘人，形勢一片大好。
但這時麻煩來了，雖然胡宗憲總領東南，但福建並不是他的屬地，戚繼光只是被暫借而已，時候一到還要回去報到。
有這麼好的外援，福建巡撫自然捨不得放走，而且此時正是打擊倭寇的最好時機，如果撤回浙江，必將前功盡棄。
於是戚繼光決定向胡宗憲上書，要求延長租借期，他信誓旦旦地對福建監軍汪道昆表示，胡宗憲是一個通情達理，顧全大局的人，如無意外，事情絕無問題。
但意外偏偏發生了，因為他的這封上書，胡宗憲根本就沒有看到。
嘉靖四十一年（1562）十一月，胡宗憲被削去官職，逮捕入京。