李世一生用兵多籌謀，其料敵應變，皆契事機，現在突然被貶，實在毫無理由。薛仁貴為皇上近侍，僅有衛護之責，而無宣旨之職，他卻受長孫無忌委派前來宣旨，實在透出蹊蹺。李世在此一閃念間，已洞悉了李世民的意圖，他近日對李世民病情早有耳聞，明白李世民如此做其實為身後事安排。想到這裡，李世對薛仁貴道：“薛將軍今日還回翠微宮嗎？”
“下官明日方回。”薛仁貴老老實實答道。
“如此，請薛將軍上覆皇上、皇太子及長孫太尉，就說我深深感激聖恩。現在接了聖旨，立刻往疊州赴任。”
“莫非李大人連家都不回了嗎？”薛仁貴見李世開始收拾簡單的行裝，不禁詫異問道。
“是啊，皇上如此緊急下詔，想疊州那裡定有要緊事，還是早日赴任為好。薛將軍，我要忙於收拾行裝，馬上就走，如此就不能與你敘話了，請多擔待。”
薛仁貴驚訝得張大著嘴巴，想不透他為何如此匆忙。不過如此一來，長孫無忌吩咐自己的事不用辦了，倒免了一番手腳。
片刻之間，李世已整頓結束，僅帶領兩名隨從，跨上馬向薛仁貴拱手作別。
李世民聽說李世的這番舉動，不禁嘆道：“唉，他畢竟識破了我的心機。不過他竟然不停頓一下，連家門都不入，未免露出了痕跡。”
李世民自知大限將至，這日將褚遂良喚來，讓其代擬遺詔。三日後，褚遂良將遺詔擬成，送入含風殿請李世民過目，此詔寫道：
夫天命之重，綠錯奉其圖書；天子之尊，赤縣先其司牧。而功兼造化，橋山之樹已陰；業致昇平，蒼梧之駕方遠。至於平寇亂、安黎元、灑洪災、攘大患，黃帝之五十三戰，商湯之二十七徵，以此申威，曾何足算！昔者亂階斯永，禍鍾隋季，罄宇凝氛，昏辰象，綿區作梗，搖盪江河。朕拂衣於舞象之年，抽劍於斬蛇之地，雖復妖千王莽，戮首車，凶百蚩尤，釁屍軍鼓。垂文暢於炎野，餘勇澄於斗極。前王不闢之土，悉請衣冠；前史不載之鄉，併為州縣。再維地軸，更張乾絡，禮義溢於寰瀛，菽粟同於水火。破舟船於靈沼，收干戈於武庫。幸李衛霍之將，鹹分土宇；縉紳廊廟之材，共垂帶綬。至於比屋黎元，關河遺老，或贏金帛，或賚倉儲。朕於天下士大夫，可謂無負矣；朕於天下蒼生，可謂安養矣。自櫛風沐雨，遂成弭診；憂勞庶政，更起沉痾。況乃漢苦周勤，禹胼堯臘，以矜百姓之所致也。道存物往，人理同歸，掩乎玄泉，夫亦何恨矣！皇太子治，大孝通神，自天生德，累經監撫，熟達機務。凡厥百僚，群公卿士，送往事居，無違朕意。屬纊之後，七日便殯。宗社存焉，不可無主，皇太子即於樞前即皇帝位，依周漢舊制。軍國大事，不可停闕，尋常閒務，任之有司。文武官人三品以上，並三日朝晡哭臨，十五舉音，事畢便出。四品以下，臨於朝堂。其殿中當臨者，非朝夕臨，無得擅哭。諸王為都督、刺史任者，並來奔喪。其方鎮嶽牧，在任官人，各於任所舉哀三日。其服紀輕重，宜依漢制，以日易月。園陵制度，務從儉約。昔者霸陵不掘，則朕意焉。太原無從人見在者，各賜勳官一級。諸營作土木之功，並宜停斷。
褚遂良體會李世民心意，擬詔時數易其稿，逐字斟酌。李世民閱後非常滿意，說道：“可在‘諸王為都督、刺史任者，並來奔喪’一句之後，加上‘濮王、萊王，不在來限’。”
褚遂良急忙答應，當即在稿上註上此八個字。李世民不讓李泰回京奔喪，深怕昔日魏王黨再有異動，如此對新皇帝不利。
李世民閉目養神一會兒，然後睜眼說道：“遂良，此詔擬得過於華美，像其中所言：‘前王不闢之土，悉請衣冠；前史不載之鄉，併為州縣。’又曰：‘朕於天下士大夫，可謂無負矣；朕於天下蒼生，可謂安養矣。’後人若見此等詞句，定會譏朕自我吹噓。你應該知道，此詔雖由你所擬，畢竟為朕之言語，對其中過於溢美之處，可以略作改動。”
褚遂良急忙答道：“陛下，臣擬詔之時，往往筆懸紙上難以下筆，深恐不能表達全貌。臣下筆之時，實際上已將陛下之功抹去不少，若再加改動，臣實在不敢奉旨。”
李世民此時無力多講，就輕輕揮揮手說道：“朕有些乏了，你下去吧。此詔就如此定稿，待朕賓天之日，可立即頒行天下。”
“陛下……”褚遂良聽到“賓天”一語，頓時淚如泉湧，有心想說話，終久不敢再說，遂躬身退出殿外。
李世民的擔憂其實為多餘的，後世史家寫此，由衷讚道：“甚矣，致治之君不世出也！……其除隋之亂，比跡湯、武；致治之類，庶幾成、康。自古功德兼隆，由漢以來未之有也。至其牽於多愛，復立浮屠，好大喜功，勤兵於遠，此中材庸主之所常為。然《春秋》之法，常責備於賢者，是以後世君子之慾成人之美者，莫不嘆息於斯焉。”
世人常常愛求全責備，然後人提起李世民，往往多溢美之言，對其“牽於多愛，復立浮屠，好大喜功，勤兵於遠”等諸多所謂的缺失，常常視而不見，由此可見後人對其極為愛戴。
李世民一日又一日躺在含風殿內，身上苦楚未有一絲減輕，反而日益加重。御醫們百般調治，終久束手無策。李治向長孫無忌說道，不如將李世民搬回京城診治，也許會有結果，長孫無忌堅決不同意，說李世民如此虛弱的身體，哪經得起如此折騰。
五月過後，李世民的身子更糟，其周身浮腫，面孔腫得變了模樣。長孫無忌見診治無效，對太醫令大發脾氣，罵道：“你們往日裡自恃醫術高明，皇上如今有病，你們怎麼越治越糟？哼，皇上若有個三長兩短，我定要問罪你們。”
太醫令也無計可施，心道皇上食丹中毒，無藥調治，怎能獨怨我們！長孫無忌現在權傾朝野，當此盛怒之時，他不敢與其犟嘴，只好小心回答，然後再苦思療法。
其實李世民到了現在，任何藥石用在他身上也毫無功效，其強撐至今，無非靠其肌體自身維持罷了。到了五月八日，李世民召長孫無忌入殿，想獨自對他說一些要緊的話。孰料長孫無忌一進殿門，看到李世民那令人撕心裂肺的模樣，不禁悲從心來，就此嗚嗚大哭起來。二人從小為伴，後來又成為至親，諸般情誼混雜在一起，非是簡單的君臣關係。
李世民嘆了一口氣，費力地抬起手來撫在長孫無忌的面龐上，替他拭去泉湧似的淚花，嘆道：“無忌，我喚你前來，有大事要說。你如此哭哭啼啼，我們如何說話？”李世民說完，忽然明白長孫無忌如此大哭，實為悲己將與之永訣，也不禁哽咽起來。
長孫無忌大哭道：“陛下……陛下……臣見到陛下如此模樣，實在心痛如割……”
李世民此前與人訣別時，其最大痛處即是今生再難與人相見。現在自己病重，心裡早知道離辭世不遠，與長孫無忌等人相見的時辰無幾。那一時刻，他不禁悲從心中來，也陪著長孫無忌流淚不已。
他們相對而泣，實在無法說話，過了好長時間，他們方才止住哭泣。然經此一折騰，李世民又耗去許多精力，沒有力氣對長孫無忌說話，遂讓長孫無忌退出，說道：“我今日歇息歇息，你明日帶治兒和遂良入殿說話。”
第二日為五月九日，李治、長孫無忌和褚遂良三人早早地候在含風殿之外。殿內，太醫令帶人正為李世民侍候湯水。
過了半個時辰，太醫令等人方才出來。太醫令將長孫無忌拉到一邊，小心說道：“瞧皇上的光景，今日很不好，你們入內後揀要緊的話說，不能讓皇上耗力太多。”
長孫無忌點頭答應，與二人一起入內。
李世民躺在病榻上微閉雙眼，看到三人入內，輕聲道：“你們來了，我有幾句要緊的話要說。”
李治不禁輕輕啜泣起來。
李世民輕輕地搖搖頭，說道：“不可再哭！”李治急忙止住哭聲。李世民目視長孫無忌和褚遂良，示意二人靠近一些，將手抬起拉著二人之手，殷切地說道：“我自知大限將至，今日召你們來，要將大事託付給你們。”
“陛下……”長孫無忌和褚遂良心裡非常明白李世民離死不遠，有心想再寬慰幾句，又覺得於事無補，唯有流淚不止。
李世民費力地抬起右手指了李治一下，說道：“你們當初言稱治兒仁孝，極力推薦他繼為儲君，我遂群臣之意立治兒為皇太子。治兒入東宮以來，勤勉學習，練達政事，堪稱仁孝，可為大唐天下之主。無忌、遂良，我此刻心中有千言萬語，然無力說出。一句話，治兒畢竟年輕，你們今後要好好輔佐他，將天下事辦好。”
兩人心裡明白，皇上臨終之前，指明自己為顧命大臣。長孫無忌既為勳臣又為國舅，當然為顧命大臣；而褚遂良為朝中新貴，新進位為中書令，卻能成為顧命大臣，他事先實在難以想到。兩人齊齊地跪在榻前，向李世民叩首道：“臣遇此大恩，願盡心竭節，鞠躬盡瘁，全力輔佐太子。”
“起來吧。自今日開始，你們二人就依此辦事。”李世民又將目光視向李治，說道：“若無忌、遂良在，你勿憂天下！”
李治也跪下叩首道：“兒臣奉旨。兒臣今後每遇大事，定事先與其商量。”
李世民讓長孫無忌、褚遂良為顧命大臣，其實他心中還有一個人，即是被貶出京的李世。後來李治即位，果然召李世回京，授其為尚書左僕射。有此三人輔佐李治，保證了大唐延續貞觀年間的做法，使大唐國勢保持了蒸蒸日上的勢頭，後世稱此段史事為“永徽之治”，此為後話。
李世民說完這些話，已大汗淋漓，無力多說。這時，他又忽然想起一件事，對褚遂良說道：“無忌隨我多年，忠心耿耿，我有天下，多其力也。只是他性格耿直，不知世人心內幽暗。我死以後，你要多替無忌操些心，不能讓小人進讒言以毀之。”
褚遂良躬身領旨，然心裡納悶，長孫無忌現在實為首輔，又為國舅，何人敢打他的主意？
李世民一生識人用人，實有他的過人之處。他現在囑咐褚遂良讓他保護長孫無忌，實在大有深意。後來李治即位，武媚娘漸漸專權，許敬宗也在朝中大行其道，許敬宗秉持武媚孃的意思，捏造長孫無忌與褚遂良意圖謀反，一下子扳倒了二人。這樣，褚遂良自身難保，更談不上保護長孫無忌，則李世民可謂一語成讖。
三人見李世民神情疲憊，無力說話，遂躬身退出。李世民這時又忽然想起一事，喚回李治，囑咐道：“我死之後，你千萬將《蘭亭序》放入墓中。我一生獨愛此帖，就讓它陪葬吧。”李治含淚答應。
是夜，李世民崩於含風殿，終年五十二歲。其死後，有司為其上諡號曰文皇帝，廟號曰太宗，後世從此稱李世民為唐太宗。
李治遵從李世民遺願，將《蘭亭序》放入其墓室枕前，並將其母長孫皇后與李世民合葬一起。這樣，李世民一生最愛的人和最愛的物件，從此又歸於一室。
墓室前，鑲嵌有六塊石畫，即是有名的《昭陵六駿》。
李世民駕崩，天下聞此噩耗皆為之舉哀，四夷之人入仕於朝者及來朝貢者數百人，聞喪皆慟哭，他們依本族風俗剪髮、面、割耳，以致流血灑地。阿史那社爾、契苾何力、執失思力等人痛哭流涕，向李治請求，要求殺身殉葬，李治堅決不許；松贊干布聞聽此訊，極為哀傷，以婿禮遣使弔祭，獻金銀珠寶十五種，請置李世民靈前，並致書長孫無忌，表示效忠李治，其中寫道：“天子初即位，若臣下有不忠之心者，當勒兵以赴國除討。”李治感於這些人對父親的一片忠心，就召來閻立德、閻立本兄弟二人，讓他們畫出歸附中國的十四位外國君長之像，再琢石為像立於昭陵之前，此十四人為：
突厥頡利可汗左衛大將軍阿史那咄苾；
突厥突利可汗右衛大將軍阿史那什缽苾；
突厥乙彌泥孰俟利苾可汗右武衛大將軍阿史那思摩；
突厥答布可汗右衛大將軍阿史那社爾；
薛延陀真珠毗伽可汗夷男；
吐蕃贊普松贊干布；
新羅樂浪郡王金貞德（女）；
吐谷渾烏地也拔立豆可汗諾曷缽；
龜茲王左驍衛大將軍訶黎布失畢；
焉耆王左衛大將軍突騎支；
于闐王右驍衛大將軍伏閣信；
高昌王左武衛將軍麴智勇；
婆羅門帝中天竺王阿羅那順；
林邑王範頭黎。
貞觀二十三年六月，李治即皇帝位，即是後世所稱的唐高宗，次年改元為永徽元年。