此後李世民與玄奘來往甚頻，多次將其召入宮中深談，每至夏天到玉華宮避暑之時，玄奘也隨同前去，一面譯經一面與李世民探討佛理。
李世民研討佛理，對其內心有何作用，後人不得而知。然有一件事很明顯，即是其心態開始平和起來，與其出征高麗前的躁怒心態相較，二者差距甚大。
高延壽這日稟報道：“自從龜茲（今新疆庫車）王伐疊逝去後，其弟訶黎布失畢繼位，已二度不來朝貢。臣等以為，應該向其問罪。”
龜茲與焉耆接壤，在焉耆的西南方向，國土橫約千里，縱約六百里。國內盛產麻、麥、粳稻、葡萄、黃金等，是一個富庶的綠洲小國。
李世民問道：“那乙毗射匱可汗依舊不答應聘禮嗎？”
“乙毗射匱可汗實在無禮，一年多來未有迴音。”高延壽答道。
“嗯，龜茲王仗其勢，所以不來朝，亦在情理之中。”李世民不屑地說道。
乙毗射匱可汗為泥孰可汗的孫子，貞觀十八年，泥孰可汗死，李世民冊其孫為乙毗射匱可汗。
貞觀年間以來，李世民一直採取扶植泥孰可汗來打擊肆葉護可汗的措施。焉耆之戰後，肆葉護可汗的勢力被削弱許多。及乙毗射匱可汗繼位，其藉助唐朝支援之力，接連發起攻擊，將肆葉護可汗的勢力逐到吐火國以西。如此，西域的形勢發生突變，乙毗射匱可汗開始在西域逞強。當是時，唐朝設定的安西都護府的治所依舊在西州，向西僅名義上控制焉耆。
乙毗射匱可汗得勢之後，即遣使入長安向李世民請婚。
李世民答應下嫁公主，但提出了一個條件：“須割龜茲、于闐（今新疆和田）、疏勒（今新疆喀什）、朱俱波（今新疆葉城）、蔥嶺（今新疆塔什庫爾幹）五國以為聘禮。”
這五國皆為沙漠綠洲國家，以綠洲灌溉農桑業為主，是時在乙毗射匱可汗的控制下。李世民所以提出此議，是想直接控制易於屯兵鎮守的農耕區，再對以遊牧為主的突厥人實施羈縻統治。
孰料乙毗射匱可汗沒有了下文，這期間，他還辦了一件令李世民更為惱火的事，即是派兵進入焉耆，以圖控制該國。只是因為李世民嚴令斥責，他才很不情願地退了兵馬。
李世民目視長孫無忌道：“無忌，你看此人勢弱之時，什麼事都能答應。現在有了實力，頓時變了嘴臉。可見四夷之事，一味以德綏之，有時並無用處。”
長孫無忌點頭道：“陛下所言甚是。突厥人與中國交往多年，向來是這等脾氣。強則依，弱則欺，若一味以德綏之，斷沒有好的結果。陛下，前幾年我國忙於漠北及高麗之事，現在漠北已平，諸部落歸附，高麗也是疲於奔命，我們可以抽出手來對付西域之事。”
李世民問道：“高麗那裡最近有何動靜？”
馬周答道：“臣剛接到營州上表，言稱程名振率舟師入高麗境內襲擾一陣之後，李尚書與張儉領兵渡過遼水，猛攻南蘇等五城，已破其兵焚其城郭而還。”
李世民讚道：“李世真英雄也！如此一來，那蓋蘇文無暇西顧，焦頭爛額忙於應付國內之事。無忌，你說得對，這麼多年來，突厥人為朕心中的最大一塊心病，現在要把西域的事辦好。”
要辦好西域的事，勢必要以乙毗射匱可汗為敵。如此一來，唐朝多年來奉行的扶植泥孰系西突厥的方略要有大的改變。
李世民果然問道：“玄齡，阿史那步真、阿史那賀魯一直在京嗎？”
房玄齡答：“皆在。”阿史那步真、阿史那賀魯自高昌與焉耆之戰後先後降唐，被授為將軍，留居在京。
“此二人誰在舊部最有影響？”
“阿史那步真已降唐多年，年齡已老，若二人相較，自然是阿史那賀魯在舊部中尚有號召力。”房玄齡答道。
“嗯，阿史那賀魯之舊部現在居於庭州莫賀城吧？如此，可在莫賀城置瑤池都督府，歸安西都護府節制，可授阿史那賀魯為瑤池都督。”
馬周答應後準備擬旨。
李世民重新起用阿史那賀魯，其意圖非常明顯，即是想以瑤池都督府為根本，讓阿史那賀魯想法召集肆葉護可汗潰逃後留在當地的殘部，以圖牽制乙毗射匱可汗。
西域形勢固然錯綜複雜，然究其根本，畢竟是大唐與西突厥在那裡互相角力的結果。如此兩股力量相較，終有一方敗下。大唐國勢既強，內部又鐵板一塊，反觀西突厥，其內部四分五裂，紛爭不已，註定為失敗的命運。
阿史那賀魯被授為瑤池都督，到任後召集肆葉護可汗的殘部，勢力漸強，起到了牽制西突厥泥孰系的結果。然乙毗射匱可汗勢力被大大削弱之後，阿史那賀魯感覺羽翼漸豐，又看到李世民駕崩，遂起兵叛唐，終被大唐撲滅，這些都是後話。
長孫無忌說道：“陛下，設立瑤池都督府以牽制乙毗射匱可汗，其勢太慢。如今焉耆已在郭孝恪節制之下，若發兵再取龜茲，即可斷乙毗射匱可汗之雙臂，使其不敢東顧。臣願帶兵前去征討。”
李世民搖頭道：“無忌，總兵出戰非你之長，今後若有徵討機會，你不可出戰，居京排程即可。朕以前征戰時多勝，若現在動輒親征，未必全勝。所謂術業有專攻，打仗的事，今後應該由薛仁貴等人去辦。”他停頓了一下，繼續說道：“龜茲王無禮，應該征討。只是如何征討，須妥善為之。治兒，你以為該用何法？”
李治稍微一思索，既而答道：“兒臣讀父皇《帝範》之《閱武》篇，見其中寫道：‘夫兵甲者，國之凶器也。上地雖廣，好戰****凋；邦境雖安，忘戰****殆。’兒臣體會父皇聖意，如今國內安靜，不可妄動刀兵。然龜茲王無禮，其欲與乙毗射匱可汗相連，非征討不可。兒臣憶起上次焉耆之戰，未從國內調兵，由郭孝恪領邊兵討之即勝，兒臣以為討龜茲時可沿用此法。”
李世民頗為讚許李治此言，說道：“你能這樣說，不枉朕與諸臣對你多日的訓導。不錯，非征討龜茲不可。朕這樣做，非是一味想謀求土地，龜茲向來與中國一體，將其納入中國一統之中，非為侵略，實為國脈之必須。不過，此戰明裡征討龜茲，暗裡卻為威懾乙毗射匱可汗，郭孝恪的那點兵馬，就有些過於單薄了。”
長孫無忌介面道：“陛下，臣意讓薛仁貴領兵十萬，與郭孝恪合兵一處，即可使此戰完勝。”
“不可！治兒剛才說了，為務求國內安靜，不宜從國內調兵；再者，薛仁貴畢竟未歷許多戰陣，讓他帶如此多的兵馬，朕有些不放心。”
馬周能識李世民的心意，遂稟道：“陛下，漠北諸部歸化中國之後，皆渴望有建功立業的機會。臣以為，此戰不用從國中調兵，可發契苾部、突厥部等兵，另讓吐谷渾、吐蕃出兵協助，即可完成兵力部署。”
李世民大喜，說道：“馬卿之言，與朕意相合。一者，這些部落與西域接近，勿用長途跋涉；二者，諸部之兵以馬騎為主，具有迅猛勁擊的能耐。不錯，就這麼辦了。”
其實馬周所言，其最大好處為不用從中國調兵，這樣最合李世民心意。
後數日，李世民詔令下：授阿史那社爾為昆丘道行軍大總管，契苾何力為副大總管。讓他們統領契苾部及突厥部十餘萬兵馬，並節制吐谷渾、吐蕃所部兵馬，前往西州與安西都護郭孝恪會合。
自從玄奘歸國後，大唐與天竺的關係漸漸升溫，李世民與戒日王互相佩服，雖遠隔萬里猶當面相對，二國遣使不絕。
貞觀二十一年冬，李世民派東宮右衛率王玄策為使，帶領隨從三十餘人，自長安出發，沿途經過吐谷渾、吐蕃、泥婆羅出使天竺。
王玄策一路上雖行艱險之地，然諸國皆與大唐友好，又有驛使前後招待，王玄策等人一路行得還算安穩。與玄奘的萬里孤征相比，實有天淵之別。
王玄策行到天竺地面，就見其國中大亂。其遣左右詢問所以，原來戒日王近日忽然得病逝去。
天竺國向來一分為四，戒日王勢強之時，控制著東西天竺，南天竺雖未完全降服，明面上還是表示臣服戒日王。如今戒日王逝去的訊息傳揚出去，諸國張目觀察，觀看中天竺的下步動靜。這時，戒日王之臣阿羅那順採用威強手法，自立為王。
阿羅那順本性凶暴，向來在諸國中的口碑不好。戒日王在日，可以斂其惡性，不給予其實權。現在戒日王剛死，阿羅那順認為再沒有人能夠羈絆自己，遂派人暗殺了國相羯羅畢試，以號令天竺。
天竺聞聽阿羅那順自立為王，頓時譁然。一些勢弱小國不敢吭聲，也就罷了，南天竺的一些勢強之國則表示從此自立，不再稱臣。
王玄策隨行之人得知此情，紛紛勸王玄策就此回頭，待天竺平靜之後再來出使。王玄策不同意，認為不可半途而廢，遂帶領從人到達阿羅那順的都城——茶和羅城，要求面見阿羅那順。
阿羅那順現在忙於應付國內焦頭爛額之事，沒有心思接見中國使者。這時，其下人稟報說中國使者攜帶有大量的財物，阿羅那順當即說道：“讓他們留下財物，馬上離開。”
王玄策所攜財物，有大唐送給戒日王的禮物，也有沿途諸國送給大唐的貢物。若阿羅那順將送給戒日王的禮物取走，即使不回贈禮物也就罷了，現在又要將其他貢物掠走，王玄策堅決不答應。
阿羅那順見王玄策如此強硬，不禁大怒，遂派五百兵闖入王玄策所住驛所，意欲強奪。雙方僵持不下，最後動上了手。王玄策所帶之人亦為強健之士，個個驍勇，然怎敵對方人多。一場混戰下來，王玄策帶採的三十餘人中有數人喪命，其餘人也束手就擒。
王玄策在東宮中素以驍勇著稱，雙方混戰開始，其抽出佩劍砍倒面前數人。他看到對方有數百人，知道今日結果難堪，遂且戰且退，如此退到後窗的位置，縱身一躍，撞開窗戶跳出窗外。是夜漆黑一團，他藉著夜色掩護覓來一匹馬，趁著夜色落荒向東北方向逃去。
王玄策一路上晝伏夜行，忍飢挨餓，好歹行出阿羅那順控制的地盤。王玄策此次出使天竺，一路上風風光光，感受到大唐四鄰友好的妙處。不料鬧到如此處境，心中既有失落，又有憤懣，這日行到吐蕃地面，其心中無名火更甚，遂奔往邏些，欲找松贊干布借兵。
阿史那社爾和契苾何力接詔後，即到兵部發了四道文書。其中二道分別發至突厥部和契苾部，令其整頓十萬兵馬開始西行；另二道分別發至吐蕃和吐谷渾，讓其準備五萬兵馬，皆赴西州集齊。
辦完了這些事，兩人即帶領數十名隨從，離開京城沿驛道向西州奔去。此次戰事並非小役，大唐僅發數道文書即將兵馬備齊；郭孝恪在西州等地屯田多年，那裡備有充足的糧草，不用從關中調劑，所以籌備戰事顯得無比輕鬆。
兩人此前曾於貞觀八年隨李靖征討吐谷渾，貞觀十三年隨侯君集征討高昌，皆從隴西經過。那時的隴西，城邑蕭條，人煙甚少。如今的隴西，驛道兩旁皆植滿了莊稼；由於西域道路通暢，路上商旅不絕，其中多為西域入中國通商的各色人種。兩人觀看此景，愈往前行愈發感嘆不已，這日行到豳州地面，阿史那社爾說道：“何力，知道皇上何時起意經營西域嗎？”
“大約從征討吐谷渾開始吧。皇上派李靖蕩平東突厥之後，方能騰出手來經營西域。”契苾何力答道。
阿史那社爾娶李世民之妹南陽公主為妻，契苾何力娶皇室之女臨洮縣主為妻，兩人昔為突厥族和契苾族之勇將，現在都成了皇室李門之婿，對李世民自然忠貞不貳。阿史那社爾聞言搖頭道：“非也。我聽說陛下為秦王時來此征討薛仁杲，一日與李靖站在豳州城樓上，遙望西方，說道：‘南北朝後，西域道路各國混戰，商旅阻絕，隋文帝雖經營一時，現在又歷戰亂，復歸於舊。若西域通路隔絕，中國難稱大國。’你看，許是此時，皇上已起意打通西域道路了。”
契苾何力點頭道：“從那個時候開始，至今已三十年矣。陛下謀慮長遠，此次派我等出征龜茲，看來還是要完成其雄圖大業啊。”
兩人到了西州，郭孝恪將他們接入城中。是時，契苾何力及吐谷渾所派兵馬已集於此，吐蕃及突厥兵馬路途稍遠，十日內當能趕到。
三人相聚後，一面等待後續兵馬，一面商量行軍方略。近在咫尺的龜茲王還不知道，唐王朝已在西州形成了鐵拳，即將對其致命一擊。
王玄策到了邏些，亮明瞭自己的身份。數月前，他以唐朝欽使身份路過此地時，曾受到松贊干布和祿東讚的殷勤接待，所以吐蕃禮官不敢怠慢，急忙將他引到祿東讚的面前。
祿東贊看到王玄策的狼狽模樣，其精光的眸子裡透出驚異之色，問道：“貴使離開鄙國時，身邊有數十人跟隨，現在為何獨身來此，且如此狼狽？”
王玄策神色黯然，將自己的遭遇緩緩說了一遍。
祿東贊聽罷，臉現憤怒之色，說道：“天竺佛國以禮聞名天下，竟然出了如此無禮之人。邦交之事為國之大禮，阿羅那順怎能為了蠅頭小利而使兩國交惡？賢使此來，意欲何為？”
王玄策說出了借兵之語。
祿東贊比較持重，沉吟道：“此事重大，我不敢做主。這樣吧，你隨我面見贊普，由他定奪出兵之事。”
松贊干布得知了王玄策的遭遇，不由得大怒，罵道：“如此無禮之人，若不擒之難釋其忿。我知貴使為勇力將軍，可以帶兵出征嗎？”
吐蕃國近年勢力更強，可謂雄霸高原。松贊干布自視除了大唐以外，周邊諸國莫能與之相抗。王玄策提出借兵，正中其下懷，自然滿口答應。
王玄策答道：“末將出使天竺，卻鬧到如此地步，實在無顏歸國。贊普答應借兵，末將深懷感激，願意領兵即刻出徵。”
“好，我調國內精銳之兵一千二百人助你，再讓泥婆羅國出兵一萬，並排程糧草隨你出征。”松贊干布斷然說道。
王玄策覺得借兵太少，為難地說道：“贊普，戒日王在世之時南征北戰，手下有雄兵十萬，由此一統天竺大部。末將僅帶這點兒兵馬，萬一深入天竺之後不能取勝，又遭難堪境地。末將請求，能否再派一隊兵馬以為後援？”
松贊干布搖搖頭，說道：“不用！我知道阿羅那順的底細，此人名聲不好，雖自立為王，然難服其眾。再者天竺地面雖大，然小國眾多，戒日王逝去，這些小國已陷入群龍無首之境地。你儘管前去，沿途小國知道你此行目的為徵阿羅那順，其為圖自保，絕不出面攔阻。你與阿羅那順交手之後，只要取得首戰勝利，其兵士定會驚懼而逃散。我已算定此戰詳細，你勿復憂慮，儘管放心前去。”
松贊干布雄霸高原多年，靠的並非運氣，實為能耐。他剛才說的這一段話，其實為默察大勢、熟知天竺國情的深思熟慮之語。王玄策聽後，大為心服，躬身說道：“如此，末將感激贊普援手之恩。明日，末將即帶同鐵騎奔赴天竺。因事態緊急，末將今日不向公主問安了。待得勝回來，再叩見公主。”松贊干布微笑道：“也好。你如此狼狽的樣兒，公主見了也會心酸。待你得勝迴歸，再將此過程詳述一遍。公主心念故國，見到故國之人異常親切，到時候你可將諸般事情娓娓道來，公主定會聽得有滋有味。”
王玄策躬身告退，然後隨祿東贊入驛休息。
阿史那社爾、契苾何力和郭孝恪一同商議此戰方略，阿史那社爾謙遜道：“郭都護久在西域，深知行軍方略，我與何力在路上商議過，此戰由郭都護主持。”
郭孝恪搖頭不許，堅決說道：“我讀罷皇上詔令，其中寫得很明確。此戰由你們為主，我在後方支援。你們不用推卻，我定遵從皇上旨意，力佐你們完勝此戰。至於交戰方略，我當盡我所知提出建議，以完備行軍大計。”