隊長在全國的所有地方進行大肆破壞，所到之處，全都被夷為平地，無一倖免。死傷人數繼續增加，而且，得以躲避的地方也越來越少了，人們天天人心惶惶，不知道隊長什麼時候來到，實在可怕。各地區的四天王正全力抵抗，已經沒有餘力顧及其他事情了……
由於城市的破壞和人民的死傷，軍方開始對神奇寶貝聯盟進行政治攻擊，抱怨神奇寶貝聯盟辦事不力，沒有阻止那些神獸破壞；同時，神奇寶貝聯盟也攻擊軍方，說軍方保護不力，沒有保護市民的安全，救援工作沒有做好等等……
神奇寶貝聯盟跟軍隊，表面上是兩個合作團伙，而且明規定，神奇寶貝聯盟不允許參政，同時，軍隊不能干預神奇寶貝聯盟的內務。但是，事實上，他們兩個卻是權利相當的兩個政黨，天天明爭暗鬥……
這時，阿正的朋友陸續來到了阿正家裡。如今，要對付神獸，就必須用到神獸的力量，蘭博也在很早的時候，為阿正留下了各種尋找神獸的方法。
當大家看到阿宗的時候，表情都顯得非常驚訝。這是阿宗第一次面對阿正的朋友，他會怎樣面對呢？
阿正在對大家編了一大堆謊話，什麼失散啊！被隊長抱走啊之類的話，阿撤也在一邊附和，可是老實的阿正哪裡會講謊話！一下子就穿了。還是阿宗勇敢，他對阿正說：“哥，既然是朋友，還是直接說好了，大家都是朋友的話，我相信大家會接受我的。”然後把自己奇特的出生說了出來，大家都目瞪口呆。
既然阿正說是弟弟，那就弟弟好了。大家都很親切的叫阿宗的名字，很快就跟阿宗成為了夥伴。雖然是阿正的複製體，但是，還是兩個個體，從性格來講，阿宗比阿正活潑和外向多了，而且，阿正很靜，阿宗很好動，阿正的性格跟安靜的精靈一起會比較好，而阿宗，對於淘氣的溶食獸，是最適合不過了……
話說回來，要召喚神獸，到底要怎麼做呢？大家都有一個疑問——召喚神獸出來，如果不能控制它們的力量，到時候怎麼辦？
“召喚出來真的沒有問題嗎？我父親說了，當年的聖戰，就是把神獸召喚出來，才……”輝翼擔心地說。
“可是，當年的聖戰，也是靠神獸結束的啊！要不是裂空座和三神柱的話……”輝鰭說。
“聖戰的問題，我們的父母都不願意跟我們講，所以我們瞭解得不多。”阿憧說：“但是，我們把所有神獸召喚出來，那就是兩股力量在惡鬥了，這樣好嗎？”
“對啊！就好像古拉多和蓋歐卡一樣，它們的力量僵持著，不是也沒有個結果嗎？”阿玲說。
“不，我們並不是要跟隊長決一勝負，而是要解放四大龍神。”阿正停了停，又說：“擁有零波導的我，可以聽到它們的心聲。它們不是自願為隊長賣命的，只不過是某些工具的影響，使它們不得不服從罷了，例如裂空座，現在指揮它到處破壞的，是隊長對綠寶珠發出指令控制的，我能清楚地聽到它們的呼喚。因此，我們的目標是奪回控制龍神的寶物，這樣，它們四個就可以自由了……”
“那接下來要怎麼做呢？”阿力問。
“現在要做的，就是特訓。假如寶珠力量能夠流入我們的體內，能夠膨脹，能夠傷害我們的身體，那其它的力量，也應該有這種可能性，而且，到作戰的時候，我們可能要親自駕馭神獸，沒有氣，身體的能力就不夠。因此，大家要對氣的特訓做準備。”
“氣是長時間的鍛鍊漸漸得到的，短時間內靠我們自己怎麼可能練得到。”阿賓嚷道。這個傢伙，自從阿正跟他哥阿力做了朋友後，阿力對他的溺愛減了一大半，可是他還是像以前那樣，一不高興就嚷……
可是，方法總是有的。日淳和曉春把其餘幾位七英都請來了。他們的身體已經癱瘓，行動不便，但是，他們的氣還是非常厲害的，他們把自己的氣輸入到大家的體內，打通是大家的氣門或提升了大家的氣。
斧炎鎮也被破壞了，亞莎覺得身為道館的首領，沒能保護自己的城市，感到很愧疚，所以，沒有聽神奇寶貝聯盟的指揮，擅自來到了天元鎮，助阿正一臂之力。
聽從阿正的安排，十四人分成了七組，目標是古拉多和蓋歐卡，鳳凰和露基亞，還有三神柱……
阿正，阿宗，阿撤和小，向送神火山出發了。首先要拿到紅寶珠和藍寶珠。雖然有點擔心寶珠力量的膨脹，但是，父母體內的寶珠力量並沒有膨脹的現象，所以阿正相信，打敗隊長就沒什麼可怕的了。
拿到寶珠後，阿正跟阿宗去往煙囪山，阿撤跟小去了海底洞窟的海路
阿憧跟阿玲，就去120號道路，為召喚鋼神柱雷吉斯奇魯準備。
阿力與阿賓到達111號道路的大沙漠，為召喚巖神柱雷吉洛克準備。
小勇和馨紅在105號道路，為召喚冰神柱雷吉艾斯準備。
三神柱即將同時甦醒。
輝翼跟亞莎到了圓珠市的風鈴塔，輝鰭和櫻蘭到達了旋渦洞……
阿正跟阿宗利用紅寶珠的力量，讓身體沉下去，進入了煙囪山的低地。紅寶珠的力量指引著他們，告知古拉多的位置。當他們來到古拉多的面前，古拉多的眼睛已經睜大了，顯然是已經甦醒。阿正拿著紅寶珠，希望對古拉多下指令，沒想到竟然沒紅寶珠的力量發出的能量震飛，紅寶珠掉到了地上。
“愚蠢的人類，休想控制我。”古拉多大聲的吼著，擁有零波導的阿正跟阿宗聽得清清楚楚。
古拉多開始發起攻擊了，陽光烈焰跟大字爆連續攻擊，讓他們倆陷入了困境。阿宗拿出鴨嘴暴龍，使用噴射火焰還擊，可是，只能勉強防禦。阿正派出帝牙海獅，製造出冰牆，擋住了攻擊，阿宗很配合地派出蘑蘑菇，與阿正的毒薔薇同時使用麻痺粉末，希望讓古拉多冷靜，然而，飄到上空的粉末，全部著火了，粉末沒有沾到古拉多。
“可惡，古拉多所到的地方，都是炎熱的晴天，它的火焰太厲害了。”阿宗對阿正說。
“再這樣，我們都會被燒死的。”阿正艱難地說。是啊！地洞內的溫度確實非常高，帝牙海獅的冰牆，不一會兒就融化了。幸好帝牙海獅的厚脂肪特性保護著它，否則，水系的它早就被蒸乾了。
“可惡，既然這樣，夥計，幫忙啊！”阿正不得不出動超夢了。阿正開始後悔了，如果自己身受險境，那就表示其他同伴也是如此，現在自己因為有超夢，可以脫離險境，可是，其他的同伴不就會被殺死。
超夢使用它的力量，製造了一個結界保護阿正和阿宗，阿正嘗試利用零波導與古拉多溝通，告訴它他們的來意，可是，古拉多沒有理會，繼續攻擊。
阿宗看著掉在不遠處的紅寶珠，再看看超夢和阿正，心想：指揮神獸應該會很累的吧！這樣的話，哥哥想同時控制超夢和古拉多就很困難了……
想到這，阿宗心中想到了方法。在阿正忙著跟古拉多溝通的時候，阿宗突然衝出結界，把阿正嚇了一跳。阿宗一直衝向紅寶珠，像阿正一樣，他有著敏捷型的氣，躲避古拉多的攻擊非常迅速，當那到紅寶珠的時候，一團熊熊的烈火射過來了，阿宗沒有躲避，他把紅寶珠放在懷裡，然後對著紅寶珠說：“古拉多，大地之神，我們需要你的力量，請你幫助我們吧！”
火焰打中了阿宗，阿正跟超夢飛快地衝過去，也沒有救到阿宗，然而，這個時候，紅寶珠發光了，紅寶珠的力量保護是阿宗不受傷害。
“少年，我願意幫助你，我們世界正處於毀滅的邊緣，我們不會坐視不理的，現在就把我的力量交給你……”古拉多說著，身體邊小，鑽進了紅寶珠裡面。紅寶珠是古拉多的專用精靈球。
阿正喘了口氣，對阿宗說：“阿宗，你真厲害，我都無法控制古拉多，它卻被你收服了。”
“不，其實哥哥也很厲害，因為哥哥要指揮超夢，是需要很多力量的，但是我不是，我沒有像超夢這種神獸的負擔，所以我可以指令它。”阿宗解釋道：“但是，有了古拉多，要控制第二個神獸就不行了。”
“希望大家都沒事就好了，不知道大家是否都熬過了神獸的攻擊。”阿正擔心極了。
“放心，不會有事的。”古拉多在紅寶珠裡說：“因為我們都知道世界的災難，所以，我們都願意全力幫助你們，剛才的攻擊，不過是對你們的考驗，看看你們是否適合當我們的訓練員。”
說著，古拉多已經把他們帶到了地面，果然圖鑑響起了，輝翼跟輝鰭已經會合了。輝翼已經用貼上著金色羽毛的精靈球，把鳳凰收服，輝鰭也把貼上著銀色羽毛的精靈舉起來給阿正看，露基亞正興奮的舞動。
阿玲跟阿憧，阿力跟阿賓，小勇跟馨紅，也陸續傳來了好訊息，三神柱也被收服了，然而，卻一直沒有阿撤的訊息……
阿正很擔心，大家也不知道發生了什麼事，於是，決定一起去找阿撤，他們在芳緣的綠嶺市會合後，一起飛到127號道路，在哪裡，不僅看到了阿撤，還看到可怕的事情……
到底發生了什麼事呢？
（待續）