聖戰結束至今，已經十一年之久了。當年的聖戰，打了十年之久，最後由聖戰七英把戰爭結束了。
二十一年前，國家比較**，軍隊的力量一天不如一天。這個時候，某個邪惡的組織，趁機造反，想奪取國家政權，他們選擇了在聖光聯盟開幕那天發動，並自稱——聖戰。
聖戰開始後，軍隊顯得不堪一擊。在這個世界，雖然人類的科學一天比一天進步，但是目前主要的戰鬥力，還是精靈的力量。然而，軍隊卻只為自己的利益，居然去在宣傳，要用強大的高科技武器來取代精靈，並以此為藉口，大規模地貪汙，弄得民不聊生。
因為軍隊的**，人民已經對軍隊失去了信心。就在這個時候，一群戰鬥實力強大的精靈訓練員，聚集在一起，組成了一個聯盟，就是現在的神奇寶貝聯盟。他們與邪惡組織戰鬥著，得到了人民的擁戴。可是，軍隊卻認為他們是想造反的另外一個組織，為此對他們進行屠殺……
不過，神奇寶貝聯盟也不好惹。聯盟可謂是高手眾多，其中有七個孩子，實力最為厲害，他們僅僅七個人，就把軍方的兩個師給炸掉了。這七個孩子，是非常好的朋友，在他們當中，年紀最大的是16歲，名字叫浩淪，而年紀最小的，就是阿正的父母日淳和曉春，當時他們年僅12歲。
後來，軍方的新領導人作出了深遠的改革，使軍隊日益強盛，同時，軍隊也意識到神奇寶貝聯盟的實力和作用性，於是開始拉攏神奇寶貝聯盟，跟神奇寶貝聯盟合作起來，對付邪惡組織。
兩軍的合作，十年的戰爭，使邪惡組織陷入了崩潰狀態，十年間，七英的七位少年，也長大成人了，開始有了自己的家庭，有快樂的生活，但是戰爭依然持續。
眼看戰爭就快結束了，邪惡組織去作出來一個驚人的舉動，它們把煙囪火山炸開，拿出了紅寶珠，把神獸古拉多喚醒了。
得到神獸的力量，邪惡組織又死灰復燃了，古拉多的力量非常可怕，聖戰七英同時出動，都無法阻止它的前進。遠古的神獸古拉多，是大地之神，它的出現，使大地震動，山崩地裂。
然而，愚蠢的軍方，為了對抗古拉多，竟然召喚了另外一隻神獸。或許軍方沒有想過，惡鬥惡是什麼後果。果然，軍方也潛下神祕洞窟，找出藍寶珠，喚醒了蓋歐卡後，當蓋歐卡甦醒的那一刻起，兩大神獸失控了，它們不再受人類的指揮，而是去到了芳緣的琉璃市，開始了千年未果的大戰，這個時候，大家才想起那個遠古的傳說。
彷彿一切都已經成定局了，兩大神獸的戰鬥，摧毀了所有的一切，包括城市，田野，森林和無數人民百姓的生命以及這個國家幾千年的明。古拉多帶來的陽光，就像老天在取笑人類的愚蠢，蓋歐卡的雨水，就如老天在為我們流淚。
這個時候，一個老人來到了神奇寶貝聯盟的總部，這個老人，就是蘭博。蘭博提出了一個非常另人驚訝的設想——依照傳說，喚醒剋制兩大神獸的四個神獸，並且，為大家提供了喚醒它們的方法。
大家都覺得，這個老人有點老糊塗了，現在兩個神獸在鬧，都無法克服了，還要召喚第三個……但是，這已經是沒有辦法中的辦法了，大家都決定，按照老人說的做，那是孤注一擲。
傳說，遠古的人類，為了剋制古拉多和蓋歐卡的力量，特意培育出三隻精靈，它們具有強大的封印力量，它們就是三神柱，它們的任務就是封印強大的力量，當力量被封印後，它們也就同時失去了活動的能力，恢復沉睡狀態，因此，是這場災難的救星。
同時，裂空座的龍鳴，也是鎮壓兩大神獸的武器，因為無論大地還是海洋，都處在同一片天空下，裂空座是它們兩個老大，只要能夠呼喚出裂空座，戰爭同樣能夠結束。
於是，神奇寶貝聯盟派遣七英完成這件事。七英分成了兩隊，開始為拯救世界努力。其中，隊長浩淪，還有曉春和日淳，負責天柱上的裂空座，其餘四人，就尋找三神柱。
事情進行得很順利，浩淪他們，終於得到了綠寶珠，並把綠寶珠放在聯盟為他們安排的實驗室裡。可是，這天夜裡，因為實驗失敗，綠寶珠的能量突然爆發，整個實驗室都被炸燬了。
浩淪用身體擋住了爆炸，保護了日淳和曉春沒受傷害，他自己就犧牲了，而綠寶珠能量外洩，直接灌輸進了曉春跟日淳的體內。第二天，綠寶珠不見了，放置綠寶珠的地方，放著一個精靈，裡面睡著浩淪最強大的精靈沙漠蜻蜓。
在沙漠蜻蜓的夢裡，日淳看到了浩淪的遺言：“把它交給我的兒子，他會將它訓練強大的。我只是被強大的能量指引而去了異世界，我會回來的……”（順便說一下，日淳同時具有零波導和愈波導，這兩種能力，分別遺傳了給阿正和阿撤。）
雖然綠寶珠不見了，但是因為日淳和曉春體內已經吸收了綠寶珠的能量，所以，可以順利地召喚裂空座，同時，其餘四人，也成功喚醒三神柱，不僅兩大神獸被封印起來，還把邪惡組織手上的紅寶珠搶奪過來了。聖戰七英獲得了勝利，然而七英從此不再完美了，永遠只有六個人了，但是，大家相信，終有一天，隊長會回來的，他從不說謊……
兩大神獸被封印後，聖戰也進入了最後的階段。邪惡組織將要被一舉殲滅，但是，這個國家，就只剩下了一片廢墟。雖然如此，大家還是很積極地把自己的家園恢復原貌。
國家逐漸恢復了原貌，軍隊因為深遠的改革而變得日益強盛，同時，神奇寶貝聯盟也成為了這個國家的另外一個政黨。是時候為七英加冕了，卻傳了一個驚人的訊息——聖戰七英在戰爭中偷走了關鍵的武器綠寶珠，現在為了作出懲罰，要把七英的精靈球全部沒收……
這樣的結果，讓七英簡直無法相信，也無法接受，這場戰鬥，七英們付出了，也犧牲了，卻反倒被誣衊，背受一個如此大的罪名，還要奪走他們的精靈，這絕對不可能……
但是，已經無力反抗了，在封印兩大神獸的時候，他們和他們的精靈，都已經用盡了所有的力量，不論是體力還是精神，都無法馬上覆原。因為沒有戰鬥力，神奇寶貝聯盟馬上就把他們逮捕了，幸好蘭博出面，才保住他們。但是他們的精靈，被按照生活特性，釋放到世界不同的角落……
這個時候，七英已經不再是訓練員了，永遠也不是了，聖戰七英被瓦解了……
後來，知道了實情，軍方為了得到民意，把召喚神獸惹來的禍，推給了神奇寶貝聯盟，神奇寶貝聯盟就把這件實情的關鍵人物聖戰七英拉出來當代罪羔羊……
雖然感到很不公平，但是，已經沒有辦法反抗了，為了自身的安全，蘭博吩咐他們，馬上離開這裡，從此隱姓埋名，雖然心有不甘，但是，遠離戰爭，過幸福的生活，也未嘗不好。蘭博還努力，為他們尋找回一個最親熱最強大的夥伴，來保護他們，即使沒有精靈，只要心與心連在一起，精靈還是服從的。
大家按照蘭博的吩咐，各散東西了。日淳跟曉春結為夫婦，在一個貧困的小鎮天元鎮隱居，還生下了一個可愛的孩子，他就是阿正。
阿正一歲那年，聖戰宣佈結束，聖戰結束後的第二年，阿撤也來到了人間……