三神柱被意外地打敗了，冠軍和四天王都受了重傷，可是，兩大神獸的對戰還繼續持續著。
雖然大家都想不明白為什麼炎赤松和水梧桐會擁有鳳凰和露基亞，可是，現在已經沒有讓他們去了解的餘地了。再這樣下去，不僅芳緣，關東、成都等其他的大陸都會遭到極大的損害的。所以，其他地區的道館首領也前來協助。可是，這時兩大神獸的對戰已經到了頂峰，兩股力量形成了保護城，把處在火山中心的琉璃市圍了起來，前來協助的人都無法進入。
別以為只是形成能量層，能量不斷擴散，繼續破壞著芳緣。阿正一行人終於邁出腳步，走進了醒覺寺。蘭博跟在後面。走到寺的盡頭，蘭博拿出一個精靈球：“亡靈（鬼盆栽），開啟吧！”接著，一道紫光後，一扇門就在阿正他們面前打開了。
“最起碼你們要透過這裡。雖然那些幻覺是我設下的，可是不是隨便可以解開，所以，就當是一種考驗吧！如果連這裡也不能透過，就更別想封印古拉多和蓋歐卡了。”蘭博帶著沉重的語氣強調。
阿正和大夥開始向異空間走去。當他們邁進異空間的時候，在他們的眼前出現了……
這時，能量的擴散已經到了崩潰的邊緣，芳緣的破壞程度幾乎到了全部被夷為平地的局面了。在新紫堇避難的災民，也在其他大陸的道館首領的幫助下遷移到其他地方了……神奇寶貝聯盟為了阻止這次的災害，不得不請出那兩位高手了。他們是當年結束聖戰的關鍵的人物。
神奇寶貝聯盟的飛船，來到天元鎮天宇博士的研究所。雖然所有地方都破壞得很厲害，可是，研究所卻絲毫無損，那是因為有那位高手在使用神祕符咒在保護。他，就是阿正和阿撤的父母。
“沒想到神奇寶貝聯盟的主席會親自駕到。不過，我的名氣還不夠我的老師小田卷博士的一半，我想你們應該不會是來找我的了，對吧！”天宇博士非常不客氣地說。
“現在已經到了要毀滅的時候了，你還有空說笑，快，我要見他們。”主席也很不客氣地說。
“他們只是我的客人，不是你們的僕人，要不要見是他們的事。”天宇說完就回到屋裡去了：“我還有很多研究資料要處理，沒空陪你們，你們的事情我不管了。”
阿正的父母也在後院忙著，主席走過去：“日淳（父親），曉春（母親），我們好久不見了，你們還好嗎？”主席親切地問道。
“你認為現在我們好嗎？”日淳冷冷地回答。
“我希望……”主席想說什麼，被打斷了。
“我們的精靈球已經被你們沒收了，我們已經不是訓練員了。你們留下的麻煩還是你們自己解決吧！”曉春也冷冷地說。沒收精靈球，意味著要跟現在所有的夥伴分離，並且以後不允許在收服任何精靈，也就是說，不再是訓練員。
“你們應該知道，你們研究綠寶珠的時候，得到了綠寶珠的力量，所以現在只有你們可以召喚天空之龍裂空座。如果你們不幫忙，世界就會完蛋了。”
“可是，如果不是副隊長，上次我們也完蛋了。隊長在研究中犧牲了，你卻把責任推到我們身上，沒收了我們的精靈球，我們差點死在死去，你們卻漠不關心。”日淳憤怒地說：“我們現在已經沒有精靈了，即使有，也留下來保護我們自己。”
“哼，別以為我不知道，其實你們還是在祕密訓練精靈。我也告訴你們，你們那對兒子已經在醒覺裡了。他們要去把寶珠拿出來，如果拿了出來，有什麼後果你清楚的。趁他們還在蘭博設下的空間裡徘徊的時候，你們還是趕緊出發吧！”主席說完，走了。邊走邊喃喃地說：“什麼態度啊！以為在跟誰說話，可惡！”
“你們竟然讓兩個小孩子去冒險，你們……”曉春激動了。
神奇寶貝聯盟的飛船走了。
“淳哥，我們還是去吧！”曉春說：“他們拿到寶珠，不能好好使用，有可能死去。我不要這樣子。”說著流下了眼淚。
“恩，我們讓古拉多和蓋歐卡再次沉睡，就可以不用寶珠的力量了。我們馬上啟程吧。”
“你們想去就去吧！阿正和阿撤傳回來的精靈都很強，足以保護這裡。”天宇博士也鼓勵他們去。
他們要去的地方，就是天柱……天空之龍裂空座的巢。
是的，大陸和大海都在同一片天空下，所以，也只有這片天空可以制服它們，那就是天空之神裂空座。
可是，他們夫妻倆跟神奇寶貝聯盟到底有什麼仇怨呢！他們跟裂空座又有什麼關係呢？還是要追溯到當年的聖戰。
當年聖戰的最後，也是古拉多和蓋歐卡在對戰，不僅破壞了芳緣，連關東，成都和新奧都遭受嚴重的破壞。最後是他們夫妻倆成功召喚了裂空座，鎮壓了古拉多和蓋歐卡，聖戰才得以結束。本來他們應該是大功臣，可是，他們卻把可以指令和封印裂空座的綠寶珠卻遺失了。神奇寶貝對此非常憤怒，故沒收了他們夫妻倆的精靈球……
雖然精靈球是被沒收了，可是跟夥伴的感情還是無法磨滅的，所以，日淳和曉春都留下最後一個精靈。它們雖然沒有進入精靈球，卻一直陪伴在主人身邊。
“暴鯉龍，麻煩你了。”日淳說，暴鯉龍是日出抓到的第一個精靈，當時還是鯉魚王，多年來感情一直很好，它始終對不再是訓練員的日淳不離不棄。
“你也是，美納斯。”美納斯也是在它還是笨笨魚的時候，曉春就收服它了。它們是日淳夫婦最厲害，也是最後的精靈。
日淳夫婦騎上自己的精靈，向天柱飛去。（暴鯉龍和美納斯都是龍型的精靈，所以我把它們設定成可以像哈克龍那樣飛翔）
他們夫妻二人體內的綠寶珠力量，即使不用x裝置，也可以把裂空座喚醒並且對它發出指令。所以，他們夫妻倆出馬，要控制局面，簡直易如反掌。
雖然是這麼說，可是，阿正一行人並不知道，所以，他們已經進入了存放寶珠的異空間了。
在異空間裡面，大家果然都看到了很多不想回憶的事情。
小看到了……校園開放日，辛勤的父親……
大看到了……出色的哥哥，無法攀比的哥哥……
阿撤看到了……爸爸媽媽只在關心臥病在床的哥哥……
馨紅看到了……父母被車撞死，司機一走了之……在孤兒院裡，妹妹被……
輝鰭看到了……那些取笑他是沒有媽媽的孩子……看著那強大的哈克龍……
輝翼看到了……嚴厲的父親……強大的大巖蛇……
阿正……阿正好像還沒看到什麼。
大家都受不了了，在大聲地慘叫。顯然，要面對這些事情，他們還不夠勇氣……他們可以克服這些困難嗎？
（待續）