“我是不會讓你得逞的。”阿正和阿撤分別對著他們的敵人說。然而，事情變得越來越麻煩，火巖隊和水艦隊是動真格的了。火巖隊的高手都來齊了，包括火雁和烈火。水艦隊也是，湖鏡和雨雲和其他的人都到齊了。這次真是一場惡戰。
“各位，要上了哦！”亞莎跟她的弟子說。阿正和小輝兄弟也做好了戰鬥的準備。
“你們通通去死吧！”火雁大叫一聲，她的兩個九尾同時使出噴射火焰，擊向亞莎的弟子，阿正命令比恩使用電火花，擋住火焰，然後讓海魔獅使用冷凍光線，冷凍光線射中了一隻九尾的腳，接著，毒薔薇用花瓣舞，打中了另外一隻九尾，阿正就趁亂撲向火雁，把火雁抱住，火雁掙扎著：“你要幹什麼？”
阿正緊抱火雁說：“你清醒一點，難道你願意自己的悲劇再次發生嗎？發生在別人的身上無所謂嗎？你的一切掌握在你自己手裡，不要再自暴自棄，拜託。”
“啊！”聽到阿正的話，火雁停了下來：“真的掌握在我手中嗎？我的父母，我的妹妹，他們，他們……”火雁跪了下來，哭了：“我這種苦命的人，你這種在父母懷抱中長大的人，可以理解嗎？”
“可能我不能理解，但是，我可以理解你的孤獨。你的強大，你的溫柔，可以幫助很多人，也可以傷害很多人，可是，如果傷害人的話，也會傷害你自己。你的冷酷到此為止了，好嗎？”阿正說。
其實，火雁是一個很可憐的孩子，自幼父母因車禍死了，唯一的妹妹也病死了，孤獨寂寞無助的她，遇到了炎赤松……無論變得多壞，本質還是沒有變，阿正一直相信。
阿正幫火雁脫下了那身火巖隊的制服，然後跟她說：“我們一起把火巖隊趕走吧！”
“快，要馬上叫更多的人來，阿正，你聽我說，其實火巖隊的計劃是要喚醒沉睡在火山裡的超古代的神獸古拉多，那個精靈是大地的神，有能力控制大地。司令他今天的目的就是要喚醒它。如果那個精靈甦醒了，災難就會降臨了。”
“什麼？！”阿正大吃一驚：“怎麼這樣子啊！好，我讓亞莎把其他訓練道館的人叫來。”阿正說完就跑了。
阿正跑過去找到亞莎，並把火雁的話告訴了亞莎，亞莎聽了也很吃驚，她說：“我明白，我馬上聯絡其他人。”
這時，阿正注意到，火巖隊的人，把他們的司令炎赤松緊緊圍了起來，好像要保護他不受打擾。火雁說：“炎赤松正在呼喚著古拉多，那個x裝置隱藏著能夠控制古拉多的紅寶珠的力量，簡單點說，就是仿製的紅寶珠。只要把那個x裝置破壞，計劃就會失敗。”
這個時候，128號水路的海上，阿撤他們也跟水艦隊進行著激烈的戰鬥，跟火巖隊一樣，所有的水艦隊的人，把他們的司令水梧桐緊緊圍住，好像要保護他不受打擾，同樣，水梧桐也有x裝置，裡面隱藏的是控制大海之神蓋歐卡的藍寶珠的力量。兩邊的戰鬥繼續持續著，難分難解。
收到訊息後，神奇寶貝聯盟終於清楚了火巖隊和水艦隊的目的，於是立刻派人支援。
很快，卡娜茲道館的杜鵑、武鬥道館的藤樹和橙華市的千里帶人來到了煙囪山，而紫堇道館的鐵旋、蔭鬱道館的琪娜和琉璃市的前任道館首領亞當去到了128號水路。幾乎出動是所有的道館首領，希望可以阻止這次的災難。
大家合力，打倒了圍在炎赤送和水梧桐的人。可是，一切好像都太遲了，在炎赤松和水梧桐的身邊，出現了能量層，把他們緊緊圍住，即使集合了所有訓練道館的首領的力量，都衝不進去。
火山的大地開始震動了。
大海的波濤開始翻動了。
在炎赤松的周圍的能量層，向一道厚厚的牆，誰也進不去，炎赤松的腳下形成了流沙，他開始下沉了，要沉到地下。突然，阿正的心一疼，然後倒了下來，把在一旁的亞莎和小輝兄弟嚇了一跳。阿正大概感知到什麼了吧！他坐在地上，說：“快，所有精靈一起攻擊，集中在一點攻擊。”亞莎聽了，點點頭：“瞭解。”接著，命令她的熔岩蝸牛等六個精靈同時使用噴射火焰，集中一點射過去。
“還不夠，大家來幫忙。”阿正叫喊著，接著，海魔獅的冷凍光束，毒薔薇的陽光烈焰，落雷獸的十萬伏特和比恩的打雷，也同時出招，終於在能量層上打了個洞，緊接著，阿正讓傲骨燕使用燕返，衝進去，利用這股氣流，阿正在地面一躍而起，也衝進了能量層。阿正的這一舉動讓大家都大吃一驚，這樣實在太危險了。
阿正一手把炎赤松手上的x裝置抓住：“我是不會讓你得逞的。”
“你這小鬼，快給我放手。”兩個人在搶，鴨嘴暴龍對準阿正，使出噴射火焰，傲骨燕用盡了全力，使出翅膀攻擊，居然把噴射火焰打散了，阿正趁炎赤松吃驚的時候，終於把x裝置搶奪過來。然後阿正跳出了能量層，傲骨燕跟隨在後，而炎赤松就和他的小精靈鴨嘴暴龍消失在流沙之中。
搶到了x裝置，大地就停止了震動。阿正終於鬆了口氣，然後笑著對大家說：“各位，我沒事。”
“阿正，你也太亂來了吧！”亞莎的爺爺說道。
“不過，你的傲骨燕真厲害，居然能打散噴射火焰。”亞莎讚歎地說。
“那是因為，我讓傲骨燕用盜竊偷走了它身上用來增加火焰系絕招的木炭。”阿正自豪地說。
這時，火雁走過來，看看那x裝置，然後說：“不對，這只是一個空殼，仿製紅寶珠已經被他拿走了。”
“什麼……”大家都被震驚了。這時，大地再次震動。
另一方面，阿撤他們，也跟水艦隊僵持著，雖然水艦隊的兵都被打敗了，可是，那能量層，還是無法衝進去。阿撤利用雷音的擴音能力，說：“大家一起攻擊吧！一定可以阻止他的。”於是，來自各個不同方向的攻擊，鐵旋雷電獸的雷電，楓和楠太陽巖和月石的精神障礙，亞當海刺龍的水炮還有琪娜七夕青鳥的神鳥。在大家強烈的攻擊下，能量層果然減弱了，可是，還是沒有破。
“看我的。”阿撤大叫一聲，使用齊魯莉安的瞬間轉移，居然跑進了能量層。阿撤狠狠地打了水梧桐一拳，還踹了一腳。沒想到阿撤個子不大，力氣不小。接著，齊魯莉安用念力，把x裝置搶了過來，然後與阿撤一起離開了能量成。水梧桐跟他的水箭龜也消失在他腳下的旋渦之中。可是，那個藍寶珠的力量，也沒有搶到出來。水梧桐帶著藍寶珠，潛到了海底。
炎赤松和水梧桐消失後，天氣就開始發生異常了。天元鎮，紫堇市和綠嶺市三個城鎮為線，東南方向的地區開始下起連綿大雨，西北方向的地區開始烈日當空。在102號道路的天氣報告中心預測，未來幾天，東南地區將繼續下雨，而且有出現海嘯的可能，而西南地區則會繼續幹旱，還會有頻繁的地震。
神奇寶貝聯盟讓所有訓練道館的首領立刻回到自己所管轄的城鎮，疏散所有市民，可是，現在整個芳緣地區都已經受到了影響，無論到了什麼地方，都躲不了。
鐵旋說：“要不，讓所有人都到新紫堇躲避一下吧！紫堇市是芳緣地區的中心點，也是水災和旱災分線的中點，在那裡受影響的情況會輕點的。大家躲到地下應該絕對沒問題。”於是，大家都遷移到了新紫堇。
阿正和阿撤，也先後來到了新紫堇，阿正見到了阿撤。
果然，第二天的早上，武鬥鎮整個島都被洪水淹沒了，整個城市沉到了海底。而道吉鎮，就被一場地震夷為平地……
“可惡，到底要怎樣才能使這場災難停止啊！”阿撤一拳打在牆上。
“要是，我們再強大一點，就可以阻止了。”阿正沉重地說。
“不，是我不好，如果我早點告訴你們事情的經過，就不會這樣了。”火雁很內疚地說。
“喂！我已經向我父親求援了，父親的軍隊應該很快就來支援，還有很多居民沒有來新紫堇。”輝翼說：“我說你們啊！現在已經不是灰心喪氣的時候了，必須想辦法補救。”
“我們現在要做的事應該是這樣阻止這場災難。按照火雁說的，他們的目標應該是超古代神獸，那麼，他們應該是去找那兩個東西了。”輝鰭說。
“照我父親的研究所的研究，古拉多應該是沉睡在煙囪山的地底下，蓋歐卡就沉睡在128號水路的海底洞窟裡，現在，我們應該想辦法追去才對。”大說。
“你們說對了。”突然，一個老者緩緩地走出來。
“啊！是你啊！蘭博爺爺。”小叫了出來。這位老者，就是載阿撤他們去綠嶺市的蘭博。
蘭博說：“現在已經發展成跟當年的聖戰一樣了。上次，因為無法克服煙囪山地下高溫的熔岩和海底洞窟海底的水壓，所以只能眼睜睜看著古拉多和蓋歐卡甦醒。可是，這次與上次不同，因為我們有兩位勇敢的小戰士，為我們奪得了主動權。”
蘭博停了停，對阿正和阿撤說：“我說的小戰士就是你們，你們願意拯救你們的家園嗎？”
“什麼……”阿正和阿撤都驚訝了：“主動權在我們手上？”