雲陽縣書生靳明，字無垢，祖上也是官宦人家。可是，那一年家鄉收成不好，靳明便背起行囊，遊走四方，由於居無定所，到二十三歲了他都還沒有娶妻。
他搭船來到揚州，在西郊富室程氏家中坐館，教授程氏家裡的小童讀書，賓主之間頗為融洽。
一天，來了一個乞丐老婦人，在村裡討飯，病得快要死去了，靳明慷慨拿出一部分自己所得的薪金，給老婦人購買棺材，收斂她的屍體，程氏也願意出一塊地埋葬老婦人。
老婦人死了，留下一個女兒，那女子自己說她十八歲了，面貌極為醜陋，流著鼻涕，一身汙垢，常用又粗又髒的手指搔癢，一雙泛黃的眼睛，毫無生氣，佝僂著背，瑟瑟縮縮，穿著的衣服七縫八補，打滿了結，還時時露出了手肘，呈紫黑色，人們見到她，都感到很厭惡。
她哭著把母親葬下之後，蓬頭垢面，像個囚犯一般，對靳明說：“我一個人孤苦伶仃，並且面貌醜陋，叫我到哪裡去？”
靳明可憐她，就向程氏請求，說：“君家也不吝惜那一兩碗飯，就豢養著這個孤兒吧！”
程氏就答應了，叫她去清洗身子，換上粗布衣衫，跟著家裡的老媼，一起操作家務，燒火提水，倒也十分勤快，全家人都看得中，便叫她為“黑牡丹”。
過了一年多，靳明忽然得了神經麻痺症，精神委頓，全身骨架像是分離一樣，整天睡臥在**，大小便都需要人照顧。
程氏知道他無家可歸，又可憐他還是單身一人，就對他說：“你要是不嫌棄，願意讓黑牡丹來供你使喚，但是她又醜又蠢，還請你諒解。”
靳明認為可以，就說：“總比沒有人在身邊的好。”
程氏就讓黑牡丹到靳明的房裡，服侍他吃藥喝湯，倒也頗有耐心，只是手腳生硬，心性有些笨拙。
靳明見她左手上長有枝指，就是多餘的小手指，於是給她改名叫“枝娘”。
從此，枝娘鋪上柴草，睡臥在靳明的床邊。夜裡索要尿壺，不小心失手，尿壺摔碎了，尿水流得滿地都是，還沾溼了被褥，靳明也沒有責怪她。又有一天晚上，給靳明倒茶，不小心打碎了靳明心愛的古瓷杯，又有一次給靳明收拾書桌，打碎了靳明家傳的香姜硯。枝娘感到很慚愧，心裡感到過意不去，靳明也沒有惱怒，反而安慰她說：“枝娘不必放在心上，這些東西的好壞，都有一定的定數，該壞的時候就壞了，誰也阻止不了。”
過了一個多月，靳明稍微有什麼地方違拗了枝娘，枝娘凶狠地對他瞪眼，有時候還惡聲惡氣地咒罵，靳明也從來都不回答她，心想她照顧也夠委屈她的了，抱怨幾句也是應該的。
枝娘見靳明總是那麼溫和，忽然對靳明說：“我資質鄙陋，又已無路可走，承蒙你救援，感激之情一直深深藏在我的心中。主人叫我來服侍你，正好可以報答你的大恩，可是我又屢屢犯錯，對你無禮，你又總是那麼寬容，不跟我爭執，能不敢在你面前露出真面目嗎？你猶如獨自藏在繭裡的蠶，我好比求偶的雌野雞。你不是好色的登徒子，我可也要毛遂自薦了，請你轉給頭去。”
靳明轉頭之間，枝娘也變成了一個絕色美人，螓首蛾眉，衣帶輕飄，服飾豔麗，姍姍細布，楚楚可憐。
靳明大吃一驚，問：“你是人，還是妖？我這一把窮骨頭，不能讓你填飽你的肚子。”
枝娘看著他一副驚懼的樣子，笑著說：“我是上清界的仙子，貶謫凡塵，該當配給世上之人。然而，滿眼都是痴俗輕薄之人，沒有一個如你這般長厚。前面故意裝成乞丐，只不過掩人耳目罷了。現今呈現出真面目，聊且報答你的恩義，但是你得保守祕密。”
靳明又是驚訝又是歡喜，說：“能得仙子降臨，我修了什麼福了？但是醜變成醜了，主家一定感到驚駭怪異，並且屋裡藏著美人，要招來別人閒話的，這怎麼辦？”
枝娘道：“這不用擔心！外人看到我，仍然如前面一般醜陋。”
可是靳明仍然有些侷促不安，說：“我固然不能讓你睡在床邊的地上，可是我一身病痛，又不能讓你安睡在**，這可怎麼辦，怎麼辦？”
枝娘道：“我正要給你治病，哪有**床下的區別？”
晚上，枝娘便自己脫去外衣，輕輕地舒展著玉一般的手腕，上到**，給靳明按摩。纖柔的手指揉捏著靳明的關節骨頭，頓時病痛的骨頭鬆軟了好多。枝娘又用一雙小腳，再三靳明的背上，按著經脈踩壓了幾下，問道：“是否感覺有一股暖氣到達丹田之中？”
靳明道：“一股奇異的暖氣由湧泉穴直往上衝，只是衝不到頭頂，仍然感到酸楚，難以伸展。”
枝娘道：“這非要仙池的水來清洗不可。”
於是，把小舌頭伸到靳明的嘴裡，攪動了幾下，把口水送入靳明的嘴裡。
忽然，靳明的肚子中便發出咕嚕嚕的響聲，骨節都通暢了，病痛忽然就消失了。
靳明一下跳躍起來，跪在**叩頭，對枝娘說：“你真能讓死去的人再復活啊！以前我竟然有眼無珠，沒有察覺出來。”
枝娘笑著說：“你兩手空空，準備用什麼來酬謝我這個大神醫呢？”
靳明道：“擺上花香，早晚供奉，尊之如神明，敬之如師父，鐫刻在心上，生生世世都不忘記。”
枝娘偎依著她，說：“琴絃都擺在桌上了，挑撥彈奏全由你了。”
靳明笑著道：“同床共枕，同棲同面，未免不太褻瀆仙子了嗎？”
枝娘低低嫣然一笑，也不再和他玩笑，於是，成了夫妻之好。
早上起來，古瓷杯和筆硯，打碎的東西，全都變回了原來的樣子，安安穩穩地擺在桌子上，像是沒有縫隙的天衣。
靳明微微觀察枝孃的為人，體態嫋娜，心性溫存，和以前大不一樣，不再像以前那樣笨手笨腳，就私下詢問她，枝娘道：“只不過故意那樣試探你罷了，仙人的作為豈是凡人能夠預料？”
程氏見靳明的病忽然就痊癒了，心裡感到很奇怪，實在不知道是枝孃的伎倆。
靳明仍然向程氏請求，說：“沉痛的疾病剛好，調節護理還需要人，希望能把枝娘借給我，陪伴我的孤寂，當沒世不忘君家的恩義。”
程氏聽了，一臉疑惑，問道：“枝娘是誰？”
“就是君家的黑牡丹。”靳明就把更改名字的原因告訴程氏，程氏叫枝娘來查驗，果然長有枝指，便許可了，見到靳明和枝娘那般親密，就私下和人說：“靳公子大概有些怪癖，不然，擇取侍妾怎麼也不計較美醜呢？”他哪裡知道，枝娘在靳明面前是個絕色美人呢？
靳明本來嗜好讀書，如今他夜裡和枝娘夫妻歡愛，白天就咿咿唔唔地念書，寫好了八股文就放在桌上，搖頭晃腦地高聲吟誦。
枝娘好像感到頗為厭煩，等讀到靳明寫的文章，立即皺著眉頭，說：“你是個老誠君子，缺乏靈敏的心思，生得俊秀非凡，而沒有豐富的象形力，你這些文章都是老套路，缺少新花樣。像這樣拼拼湊湊的文章，怎麼能取得高官呢？”
靳明道：“我身體有病，你用手腳當刀圭，把我治好，我的文章有病，你又用什麼來醫治呢？”
枝娘笑著道：“這個，我這神醫也有高妙的法子。請你暫且丟下書本筆硯，可以嗎？”
靳明道：“好！”
晚上的時候，枝娘都帶著一些酒菜和琵琶到靳明的房裡，染上蠟燭，夫妻相對，飲酒作樂。
枝娘撥動琵琶，錚錚地發出響聲，縷縷不絕。輕攏慢捻，淺淺地撥弄，低低地彈奏，發出哀怨之聲。靳明問是什麼曲子？
枝娘道：“這是昭君出塞，馬上第一拍也。”
靳明道：“妙哉！晴空一碧，無邊無際，大雁的影子猶如一條繩子，飄搖在風沙之中，真像在眼前一般！”
枝娘按著弦，琵琶再次響起，聲音淒涼悱惻，靳明又問是什麼曲子。
枝娘道：“這是文姬歸漢，哭泣著告別單于。”
靳明道：“泠泠作響，不知道要到何處去，兒女私情，難分難捨，如泣如訴，錦繡旗幟傘蓋，圍著準備上路的駱駝，相隔千里萬里，也就像是在身邊一般。”
枝娘又急促地彈奏，發出豪邁之聲，靳明又問是什麼曲子。
枝娘道：“這是木蘭從軍，率軍征戰沙場，捷報凱旋之歌。”
靳明道：“壯哉！閨中女子，身軀矯健，身處千軍萬馬之中，氣勢洶洶，讓人心胸澎湃了。”
枝娘該換節奏，作嗚咽悲壯之聲，靳明問是什麼曲子。
枝娘道：“這是虞姬聽到了四面楚歌，在霸王帳下舞蹈。”
靳明道：“英雄美人，足以照耀千秋，霸王勇力能拔動山河，而心中難以割捨美人，也不愧是一時人傑啊！”
枝娘又忽然變更絃音，發出春風和煦之聲，靳明問是什麼曲子。
枝娘道：“這是唐明皇的宮女，身穿輕紗，跳霓裳羽衣舞。”
靳明道：“妃子曉妝，萬花競放，李三郎真是歡樂死了。”
枝娘彈奏完了，才斂起袖子，笑著對靳明說：“為你轉移性情，將要擁有一副靈會的心竅了。”
靳明享受歡樂，差點忘記年歲了，也記不得去讀書了。
枝娘帶著靳明投射竹籤，隱藏物品，下圍棋，猜謎語，沒有一樣不精通，然而始終不談論讀書作文的事。
過了兩個多月，靳明也漸漸地能和枝娘配合著玩幾下了。枝娘才說道：“行了！”夜裡睡覺的時候抱著靳明，叫她呼吸靈氣，吐納真陰，靳明喉嚨間忽然格格作響，忽然吐出一團東西，有拳頭那麼大，墜落在地上，還蠢蠢欲動。
枝娘道：“這心中的塊壘，積鬱在心中不除去，即使有再神妙的法術，也是無可奈何，靈竅難以暢通。現今好了，請用酒清洗一下。”
地上的那團東西也化成了碧綠的水汁。
靳明起來，翻閱以前的文稿，汗水直冒，一把火全都燒了。
早上起來，靳明又模擬做了一篇，枝娘看了之後，就用她黃鶯一般的聲音吟誦起來，更加是婉轉動聽。
聽說考試的日期快到了，靳明打算回去了。
枝娘道：“回雲陽，還不如直接上到京城去呢？”
靳明答應了，就辭別程氏書館的事，就準備上路了。程氏又把枝娘送給他，就等上車，一起走了。
到了山東，剛好碰上教民作亂，阻擋了道路，靳明帶著枝娘住在旅店之中，資財都消耗完了，靳明感到很憂慮。
枝娘笑著道：“醫治貧困也是我這大神醫的事。”就寫了一張招牌，說：“夫賣文，婦賣卜，藉此獲取上京考試之費，不是誆騙酒錢。”
山東一地的文人都爭著來請靳明替他們寫文章，靳明總是拿起筆一會兒就寫好了，大叫都稱他為窮司馬。
人們請枝娘卜卦，枝娘隨口都能決斷出他們的疑惑之處，大家交相稱呼她為女嚴君平。
得到很多資財。
抵達京城之後，靳明連連高中，被授予了太史一職。枝娘也時時顯露出美貌的容姿，不再像從前那樣，在其他人面前，呈現著讓人可憎的面貌。
過了一年多，靳明奉旨巡視江浙一帶的海防，經過邗江，程氏出來迎接拜謁，上了船，看見帷帳後面有個人影，身著繡裙，掩映在帷帳上，有很多小婢女在身邊伺候。
程氏問道：“先生已娶得佳偶了嗎？”
靳明笑著說：“我們也算是姻親，願意讓以前的丫頭出來見見主人。”
接著，就看見一個女子滿頭珍珠瑪瑙，穿著繡裙，寬大的袍子，亭亭大方地走出來，向程氏盈盈下拜，豔美得猶如天上的仙子。
靳明問道：“還認得嗎？就是枝娘。”
程氏錯愕不已，一時說不出話來。
枝娘提起衣袖，伸出手來，讓程氏看手上的枝指，程氏才相信，就請靳明暫且住到他家，稍作盤桓，枝娘也去程家拜望，像是回孃家一樣。
程家中的男女老少全家都吃驚不已，不相信眼前的美人，就是以前的醜丫頭。
當時，邗江一帶發生了瘟疫，枝娘拿出丹藥了，醫活了數萬人，便到處紛紛傳說是天女下凡。
這事被朝廷知曉了，派遣了一個侍御作為欽差到邗江來勘察，將要以妖妄惑眾的罪名懲治靳明。
靳明大為驚恐，枝娘道：“這有什麼好憂慮的。”
就挺身出去面見欽差，頓時該換為原來的醜陋的面貌，那侍御見了，笑著說：“這樣子，怎麼是仙女呢？”回去覆命，這件事才停息。
過了一年多，又奉旨出海，到琉球國去冊封琉球國王。
枝孃親手抄寫了一卷《金剛經》，交給靳明說：“把這放到船上，算得上避風珠，再大的風浪，也動搖不了帆船半分。”又畫了十幾多幅小幅的花卉，並且枝枝花兒都折斷了，說：“拿去給海外的人看，一定有意想不到的事發生。”
靳明經過海洋，船果然十分安穩。抵達了琉球，有一個碧眼商人看了他的船，私自驚訝地說：“天使的船上，怎麼那麼多寶物之氣？”就來拜問靳明。
靳明道：“下官只不過一介窮儒，囊中哪會有什麼珍寶？只有內人畫了十多幅畫，還不算俗。”就拿出來給商人看。
商人驚訝地對著畫拜了兩拜，說：“天上的仙女怎麼下凡到了人間？你看這花兒，枝枝折斷，像沒有骨幹一樣，是人間的無價之寶啊！”於是，獻上珊瑚玉樹明珠寶石等珍貴的寶物，價值可抵得數萬兩銀子，強行把靳明的畫買去了。
靳明回去之後，把所得到的寶物進獻給天子，天子嘉獎他為官清廉，都又還給了他。
枝娘苦於不能生育，勸說靳明納妾，生了一個兒子，剛十七歲就獲得了功名，娶了媳婦也十分賢惠。
有一次，靳明私自問枝娘：“你的母親死了，真的是蛻化成仙而去了嗎？”枝娘道：“她不是我的母親，是天上降謫人間經受劫難的仙婆。”開啟墳墓來看，果然是一口空棺材。
靳明既然富有了，又懶得做官，就辭官回家了。
靳明年老了，面貌漸漸地衰敗了，枝娘則一直都猶如二十多歲的人。
一天晚上，枝孃的枝指忽然像被刀削一樣，墜落到了地上，就說：“我的劫數滿了，這塵世之夢怎麼這麼長啊！”就用黃色錦帛裹著那斷了手指，埋在家裡的後園中，有把家事全交給了兒媳婦，帶著靳明朝拜五嶽山川，就沒有回去了。
後來，經過了十年，埋手指的地方忽然長出了一株紫色的靈芝，兒子媳婦拜了幾拜，採摘來服下，也都仙去了。