行樞密院。至元三年，伯顏右丞相奏準，於四川及湖廣、江西之境，及江浙，凡三處，各置行樞密院，以鎮遏好亂之民。每處設知院一員，同知、僉院、院判各一員。湖廣、江西二省所轄地裡險遠，添設同僉一員。各院經歷一員，都事二員，照磨一員，客省副使一員，斷事官二員，蒙古必闍赤二人，掾史六人，宣使六人，知印、怯裡馬赤各一人，斷事官譯史一人，令史二人，怯裡馬赤、知印各一人，奏差二人。至四年二月，遂罷之。至正十三年五月，嶺北行樞密院添設斷事官二員，先已設四員，共六員。又立鎮撫司，除鎮撫二員。立管勾所，置管勾一員，兼照磨。後又添設僉院二員、都事一員。十五年十月，置淮南江北等處行樞密院於揚州。十二月，河南行樞密院添設院判一員。十六年三月，置江浙行樞密院於杭州，知院二員，同知二員，副樞二員，僉院二員，同僉二員，院判二員。首領官：經歷、知事各一員，斷事官二員，經歷一員。十八年，以參政崔敬為山東等處行樞密院副使，分院於漷州，兼領屯田事。十九年八月，以察罕帖木兒為河南行省平章政事，兼河南山東等處行樞密院知院。二十六年八月，置福建江西等處行樞密院。
行御史臺。至正十六年九月二十八日，命太尉納麟為江南諸道行御史臺御史大夫，以次官員，各依等第選用。是日，御史臺奉旨，移置行臺於紹興。十二月，合臺官屬，開臺署事。是年，置河南廉訪司於沂州。十八年，御史臺奏準，江西湖東道肅政廉訪司，權於建寧路開司署事。二十二年九月，權置山北廉訪司於惠州。二十三年六月，濟南路復置肅政廉訪司。二十五年閏十月，御史大夫完者帖木兒奏：“江南諸道行御史臺衙門，嘗奉旨於紹興路開設，近因道梗，湖南、湖北、廣東、廣西、海北、江西、福建等處，凡有文書，北至南臺，風信不便，徑申內臺，未委事情虛實。宜於福建置分臺，給降印信，俾湖南、湖北、廣東、廣西、海北、江西、福建各道文書，由分臺以達內臺，於事體為便。”有旨從之。十一月，仍置河東廉訪司於冀寧。
行宣政院。元統二年正月，革罷廣教總管府一十六處，置行宣政院於杭州。除院使二員，同知二員，副使二員，同僉、院判各一員。首領官：經歷二員，都事、知事、照磨各一員，令史八人，譯史二人，宣使八人。至元二年五月，西番寇起，置行宣政院，以也先帖木兒為院使往討之。至正二年，江浙行宣政院設崇教所，擬行中書省理問官，秩四品，以理僧民之事。
河南山東都水監。至正六年五月，以連年河決為患，置都水監，以專疏塞之任。
行都水監。至正八年二月，河水為患，詔於濟寧鄆城立行都水監。九年，又立山東河南等處行都水監。十一年十二月，立河防提舉司，隸行都水監，掌巡視河道，從五品。十二年正月，行都水監添設判官二員。十六年正月，又添設少監、監丞、知事各一員。
都水庸田使司。至元二年正月，置都水庸田使司於平江，既而罷之。至五年，復立。至正十二年，因海運不通，京師闕食，詔河南窪下水泊之地，置屯田八處，於汴梁添都水庸田使司，正三品，掌種植稻田之事。庸田使二員，副使二員，僉事二員。77nt/19181/首領官：經歷、知事、照磨各一員，司吏十二人，譯史二人。
都總制庸田使司。至正十年，置河南江北等處都總制庸田使司，定置都總制庸田使二員，從二品；副使二員，從三品；僉司六員，從四品。首領官：經歷二員，從六品；都事二員，從七品；照磨兼管勾承發架閣一員，從八品；蒙古必□赤、回回令使、怯裡馬赤、知印各一人，令史十八人，宣使十八人，壕寨十八人，典吏四人。其屬官，則有軍民屯田總管府，凡五處，置達魯花赤各一員，從三品；總管各一員，正五品；同知各一員，正六品；府判各一員，從七品。首領官：經歷各一員，從八品；知事各一員，從九品；提控案牘兼管勾承發架閣各一員，蒙古譯史各一人，司吏各六人，典吏各二人。又有農政司，置農政一員，正五品；農丞一員，正六品；提控一員，司吏二人。又有豐盈庫，置提領一員，正八品；大使、副使各一員，正九品。
分司農司。至正十三年正月，命中書右丞悟良哈臺、左丞烏古孫良楨兼大司農卿，給分司農司印。西自西山，南至保定、河間，北至檀、順州，東至遷民鎮，凡系官地，及元管各處屯田，悉從分司農司立法募民佃種之。
大兵農司。至正十五年，詔有水田去處，置大兵農司，招誘夫丁，有事則乘機招討，無事則栽植播種。所置司之處，曰保定等處大兵農使司、河間等處大兵農使司、武清等處大兵農使司、景薊等處大兵農使司。其屬，有兵農千戶所，共二十四處；百戶所，共四十八處；鎮撫司各一。
大都督兵農司。至正十九年二月，置大都督兵農司於西京，以孛羅帖木兒領之，從其所請也。仍置分司十道，專掌屯種之事。
茶運司。元統元年十一月，復置湖廣江西榷茶都轉運司。
鹽運司。至正二年十一月，中書省奉旨講究鹽法，奏準於杭州、嘉興、紹興、溫臺四處，各置檢校批驗所，直隸運司，專掌批驗鹽商引目，均平袋法稱盤等事。每所置檢校批驗官一員，從六品；相副官一員，正七品。
漕運司。至元二年五月，京畿都漕運司添設提調官、運副、運判各一員。至正九年，添設海道巡防官，給降正七品印信，掌統領軍人水手，防護糧船。巡防官二員，相副官二員。
防禦海道運糧萬戶府。至正十五年七月，升台州海道巡防千戶所為防禦海道運糧萬戶府。九月，置分府於平江。
添設兵馬司。至正十年十月，中書省奏：“東南千里外，妖氣見，合立兵馬司四處，掌防禦之職。”遂置大名兵馬司、東平兵馬司、濟南兵馬司、徐州兵馬司。每司置都指揮、指揮各二員，副指揮各四員，經歷、知事、提控案牘各一員，譯史各二人，司吏各十二人，奏差各八人，貼書各二十四人，忽剌罕赤各三十人，司獄各一員，獄丞各一員。十一年，罷沂州分元帥府，改立兵馬指揮使司。十五年十月，濟寧兵馬司添設副指揮二員。
各處寶泉提舉司。至正十一年十月，置寶泉提舉司於河南行省及濟南、冀寧等處，凡九所。江浙、江西、湖廣行省各一所。十二年三月，置銅冶場於饒州路德興縣、信州路鉛山州、韶州岑水，凡三處。每所置提領一員，正八品；大使一員，從八品；副使一員，正九品；流官內銓注。直隸寶泉提舉司，掌浸銅事。
湖南道宣慰使司都元帥府。至元元年六月奏準，湖南道宣慰使司兼都元帥府，總領所轄路分鎮守萬戶軍馬。
邦牙等處宣慰使司都元帥府，至元四年十二月置。先是，以緬地處雲南極邊，就立其酋長為帥，三年一貢方物。至是來貢，故改立官府以獎異之。
永昌等處宣慰使司都元帥府。至正三年七月，中書省奏：“闊端阿哈所分地方，接連西番，自脫脫木兒既沒之後，無人承嗣。達達人口頭匹，時被西番劫奪殺傷，深為未便。”遂定置永昌等處宣慰使司都元帥府以治之，置宣慰使三員、同知二員、副使二員。首領官：經歷、知事、照磨各一員，令史十人，蒙古譯史四人，知印二人，怯裡馬赤一人，奏差八人，典吏二人。
山東東西道宣慰使司都元帥府，至正六年十二月改立，掌開設屯田、屯駐軍馬之事。
荊湖北道宣慰使司都元帥府。至正十一年十一月奏準，荊湖北道宣慰使司兼都元帥府。
浙東宣慰司。至正十二年正月，添設宣慰使一員、同知一員、都事二員。
淮東等處宣慰使司都元帥府，至正十五年二月置。統率濠泗義兵萬戶府，並洪澤等處義兵。招誘富民，出丁壯五千名者為萬戶，五百名者為千戶，一百名者為百戶，降宣敕牌面與之，命置司於泗州天長縣。
興元等處宣慰使司都元帥府，至正十五年十二月置。
江州等處宣慰使司都元帥府，至正十六年九月奏準，宣慰使都元帥廷授，佐貳僚屬，命江西行省平章政事道童、火你赤承製署之。
河南宣慰司。至正十九年十月，罷洛陽招討軍民萬戶府，置宣慰司，以張俊為宣慰使。