波風水門有些不甘心的望著蠍飛走，但這並不影響大局，許多木----閒地品茶的大蛇丸大人在輿論的瘋狂攻擊下，找到了自己的師父——猿飛日斬。
大蛇丸看到自己師父眼中那種失望的神『色』，忽然滿心的憤怒與不甘變成了一種意興闌珊，他研究禁術雖然是為了自己的永生，然而追求自己的夢想有錯嗎？難道研究禁術就不能為木葉做貢獻了嗎？二代火影也是開發禁術的傢伙啊！而且人體研究可是團藏允許的！
大蛇丸沒有與猿飛日斬說一句話，只因話說得再多已經無用，自己的師父絕對認定自己的心靈扭曲的傢伙，眼神中還包含著野心與惡意，真是可笑啊，誰天生願意作惡，愚昧的群眾啊，我大蛇丸再也不願呆在這樣的地方了！就讓心靈扭曲的我，完成一場弒師的壯舉吧，猿飛日斬，死在我的手上，是你的榮幸！
繼三忍之一的綱手離開之後，大蛇丸又叛逃了，帶上了自己所有的實驗資料，當然在木葉中還剩下一些未完成的人體實驗，比如用想要製造出擁有木遁血繼限界的人的實驗。
他的心中慢慢積累著對自己的師父與木葉的恨意，發誓總有一天要將這樣的背叛報復回來，他忽然想起與赤砂之蠍的約定，心中在讚歎對方眼光準確的同時，不由更加痛恨猿飛日斬，若不是他，這個賭就不會輸了，而自己也將獲得無上的榮耀。
大蛇丸叛逃之後，與他羈絆頗深的自來也大人當然也離開了木葉，為了追尋大蛇丸的足跡，同樣也為了自己的作家生涯，自此，木葉毫不費力打敗砂隱之後，三忍出走，實力反而驟降，要知道，這永遠是一個高階戰力決定一切的世界。
自此，波風水門總算坐實了下一代火影之位的訊息，而三忍的出走也讓更多後輩嶄『露』頭角，比如波風水門班的天才旗木卡卡西，就是他們這一輩的代表人物。
三代火影自從知道自己三個弟子相繼出走之後，彷彿一夜間老了許多歲，臉上的皺紋愈發多了起來，手段比起年輕時來說更是軟弱了不少，有不少事情，他開始慢慢傾向於利用更加緩和的手段來解決。
不過“邪惡變態”的大蛇丸則是馬上被定義為s級叛忍，遭到木葉的追殺，大蛇丸是何等的強悍，憑藉著超s級的實力無視追殺，他遵守了與赤砂之蠍的約定，加入了曉組織，而加入曉組織時，他和佩恩的一戰可謂精彩萬分。
縱橫多年幾乎未嘗一敗的大蛇丸在佩恩手上吃癟，佩恩大神的輪迴眼讓大蛇丸驚駭萬分，輪迴眼可是比起寫輪眼還高一個層次的存在，沒有任何血繼限界的大蛇丸惜敗於佩恩之手，不過只有至少數人知道這個事情。
大蛇丸得到了曉組織的認可，獲得了戒指“空”，代號曉之空陳，帶在左手小拇指上，一般曉組織都是兩人一組行動，所以大蛇丸很快就和赤砂之蠍配對，由此曉組織的蛇蠍組合成型，兩個研究狂人迅速開始轟轟烈烈的研究事業。
一切都在蠍的計劃之中。