從此，神農但凡見到以前未曾見過的草木便用玉蓮所給的神鞭赭鞭打一下，看其有毒無毒，並將他們記錄下來，等到晚上的時候便將那些毒草服下，檢驗其毒性的強烈，慢慢的神農發現各種毒藥都有都有五行屬性，有些厲害的毒藥更是混含了數種五行之力，所以才毒性劇烈，神農察其寒、溫、平、熱之性，辨其君、臣、佐、使之義，慢慢的便可以用之解毒，還可以治病。
一天神農在石縫中找到一支開小黃花的藤狀植物，神農用赭鞭打一下發現其中蘊含劇毒，便把花和莖吃到肚子裡以後，沒有多久，就感到肚子鑽心地痛，好像腸子斷裂了一樣，連忙用功將毒性化解，一會神農起身擦了一下頭上的汗說道：“幸好我有老師傳下的道法護身，不然就會死在這裡了，一定要將這種草記下來告訴族民，以免族民誤食而喪命。這種草吃下去肚子鑽心地痛，好像腸子斷裂了一樣，就叫‘斷腸草’吧”。
經過數十年的辯嘗神農發現甘草可以治療咳嗽，大黃可以治療便祕，黃蓮可以消腫等等。他又發現了一種綠色葉子地木葉。食之可解百毒。謂之查。又作茶也。神農嘗中毒七十餘次。均靠著茶葉解毒。
如此，終於將山上的百草嘗完。眾人正欲返回之時，卻驚奇地發現那些冷杉全都長高長大，遍山搭的木架不見了。原來，那些搭架的木杆，落地生根，淋雨吐芽，年深月久，竟然長成了一片茫茫林海，擋住了回去的道路，正不知如何是好，只見從天際落下一輛天車，從車上下來一仙子，正是一個天庭的仙女。
那仙女朝神農施禮道：“奴婢見過人皇陛下，奴婢奉玉帝旨意特來送人皇陛下回陳都！”
神農聞言拱手說道：“如此有勞仙子了！”旋即帶著眾人上了天車，一聲嘶鳴聲中，天車飛騰上天，朝著陳都的方向而去。而那片神農嘗百草之地則被後人稱為“神農架”。
神農回到陳都之後便開始著書，寫下一本藥經。書中將洪荒常見之物，不常見之物一一寫進書中。只是神農得熊貓事先指點，在那藥經之前寫下是藥三分毒之說，這在後世醫術上人所皆知。
神農寫完藥經後，開始研究藥理為人族治病。人族中人何其之多，那些病症雖無後世那麼多，可每日前來看病求醫的也不少，神農一邊為人族看病，一邊研究治病之法寫在藥經之上。神農也將這藥經傳授給人族，讓人們知道萬物的藥性與作用。一些人在神農那裡學到不少醫理，便開始學神農在人族四方走動，為人治病。這些就是最早的遊方郎中。
神農在為人族治病之時，玉蓮又教神農用鍼灸之法治病，那人體經脈穴道繁雜無比，玉蓮為其指出大概，那些細小之處讓神農自己去研究。
為此，神農研究無數屍體寫下人體經脈穴道全圖，在研究經脈穴位之時而且還把人體研究個透徹，也一併寫在書上留於後人學習。本來這人體全圖，現在還沒人敢研究的，畢竟這是對死人不敬的。那神農身為人族共主，為了人族研究醫理，人族自然感激還來不及，倒不會阻止神農此舉，倒有不少人前來獻身幫助神農研究。這些當然也是熊貓的推舉了，他想讓人族醫理快速發展，就先讓神農把這醫術研究個通透，還免去後人不少的麻煩。
神農還在陳都親自教授族人醫藥之術，他又發現有些病發起來很快，等藥煎好的時候病人已經快不行了，藥服下去也不管用了。所以神農又想找到一種方法，將藥物的精華全部存下來，在病人剛發病的時候便將其服下，病人便可以乘早將其服下便可以保住性命，神農想了很久，都沒找到方法。
於是，神農便去向玉蓮請教。
玉蓮遂取出一個匣子，開啟一看，正是一部名為《丹學經典》的黃皮書，乃是玉蓮算到神農會問及丹學上的事情，等神農來問時將此書交給神農。這書可是玉蓮精心編制的，雖然在煉丹一途上，老子可謂是舉世無雙，就連玉蓮也是頗有不及。但玉蓮不怕，玉蓮畢竟有後世記憶來著，多少也知道些後世製藥的原理，且老子那一套煉鉛鍊汞的手法還是不要在人族流傳的好，他一干乾瘦老頭是聖人吃了沒關係，不代表下面那些凡人吃了沒關係，萬一哪個白痴沒事兒要想成仙，煉些鉛汞吃了，跟找死沒兩樣。
神農得了此書歡喜不已，又熊貓從袖中將玉蓮所煉的丹?取出，賜名‘神農鼎’，為神農專門煉丹所用。而神農鼎在神農的手中大放光芒，救死扶傷無數，從此被視為繼天皇伏羲的伏羲琴之後人族又一功德至寶，地皇神農獨一無二的象徵。
不過玉蓮贈丹書一事卻是惡了老子。論煉丹，洪荒首推老子，原本老子也算出神農會為丹學之事為難，但他故作清高，沒有采取主動，以為憑藉自己洪荒第一煉丹師的名聲，神農遲早會來向他求取。而他正好可以藉此機會顯擺，好好大施恩澤，讓人教太上老君之名能夠深入人心。可是老子沒想到這玉蓮又鑽了出來，破壞他的好事，老子自此對玉蓮這樣的干預人族之事極度不滿。
在經過數十年的刻苦專研，神農嘔心瀝血寫下《神農本草經》。《神農本草經》乃是神農畢生所學之大成，闡述了藥物的三品分類及其效能意義，藥物的君臣佐使及在方劑配伍中的地位和作用，藥物的陰陽配合、七情合和、四氣（寒熱溫涼）五味（辛甘酸苦鹹）、有毒無毒，藥物的採造，藥物的煎煮法，藥物與病證的關係等，最後神農將得自熊貓之處的煉丹技巧鍼灸技巧等等也寫在了上面。
此書一成天地震動。那神農寫下的藥經，幾乎囊括了後世所有病症，其中的治理之法寫得清清楚楚，而且此書把洪荒中所有的東西全部詳細的記載下來，就算那些洪荒絕種的東西在這書中也有詳細的記載，此書可謂記載完了洪荒過去未來一切。此書一出可謂是逆天的存在，雖然此書只是為解人族危難而出，可裡面有些東西卻不該出現，天道為此震怒欲將此書毀去，可神農為人族發展有大功德，天道只好將那天劫臨而不發。也不退去。
這時玉蓮現身，對著神農說道：“徒兒，你這書卻是逆天了。天想將此書毀去，你欲何為？”
神農道：“老師，此書可謂寫盡洪荒一切，若傳給人族可謂造化人族，若將此書毀去，我多年辛苦卻是付諸流水，人族不知何時才能有出頭之日。”
玉蓮笑道：“痴兒，人族發展大興，天道大勢所趨，若天道將此書毀去，天道自己就逆了自己，你又何必擔憂。只是此書太過逆天，只能傳下半部，剩下的半部由我擇人而授，只是此經逆天怕禍及家人，單位師自會幫助你。”
於是神農將自己寫下的《神農本草經》上半部傳授給人族，那剩下的下半部被熊貓帶走。天劫立刻散去，功德降落，神農得此功德，雖尚未證得人皇果位，但實力突飛猛進。
而神農傳下的《神農本草經》上半部，流傳人族之間，人族得到此書的幫助，死傷人口大減有了此書人族的壽命也開始延長，這卻是大有益於萬民，隨著《神農本草經》傳世，神農也功德日漸增加，比起伏羲有過之而無不及。
至此，神農承前啟後，開創了伏羲以後人族的又一次輝煌！