太后沒有像武則天那樣長命，能活到八十多歲。
馮妙蓮出宮的第四年，太后終於死了，時年49歲。是病死的，臨終時，她對守候在她身邊的拓跋巨集立下遺囑，頒佈遺旨並書之金冊，安排了自己的後事：她死後，逾月即行安葬；山陵之制，務行儉約，其幽房設施、棺槨修造，不必勞費；陵內不設明器，至於素帳、縵茵、瓷瓦之物，亦皆不置。
一句話慨括：喪葬從儉，不必浪費。
太后死後，諡號為文明太皇太后。
太后是一個鐵腕人物，執掌乾坤，雷厲風行，同時也是個權力慾很強的女人，她對待自己的政敵和威脅國家安全的人，絕不心慈手軟，經常行殺戮，滅門甚至誅族之舉。可是，太后也是一個精明，悍彪，有政治才能的人，這些年來，她以國家大業為重，兢兢業業，勵精圖治，北魏帝國在她的手裡蒸蒸日上，國泰民安。
可以說，沒有太后，就沒有北魏的盛世。
道武帝拓跋珪（開國皇帝）時代，北魏是七分部落，三分國家；太武帝拓跋燾（拓跋巨集的高祖父）時代，北魏是半個部落，半個國家；到了太后時代，北魏是三分部落，七分國家。
但太后交給拓跋巨集的北魏，己是一個徹徹底底的國家。太后帶著拓跋巨集完成了北魏由半奴隸半封建社會向封建社會轉變的三大改革，為拓跋巨集的統治鋪平道路。
拓跋巨集很清楚太后對他的影響。
這些年來，他跟太后相處，在太后的教導指引下，思想觀念已被太后薰陶，自覺不自覺間，她已成為了他的榜樣。
儘管太后強行折散拓跋巨集和馮妙蓮，但拓跋巨集對太后並不怨恨，不但對她恭謹孝順，還懷著感恩之心，認為“養育之恩，詔教之德，尋之曠代，未有匹擬”。拓跋巨集對太后敬重，崇拜，可謂是五體投地。
太后的去世，最悲痛欲絕的莫過拓跋巨集。
他極盡哀思，五天沒有好好進食，一日三餐僅吃小半碗米粥，喪服也一直不肯脫下。儘管馮太后立下遺囑，要求喪葬從儉，但拓跋巨集還是將太后的喪禮舉辦得相當隆重，不顧大臣的反對，堅持將墳陵拓寬六十步。
太后不是皇帝，但拓跋巨集卻以皇帝的葬禮規格厚葬了太后。
遵照古禮，皇帝駕崩，天下百姓守喪帶孝三天，文武百官及朝廷命婦需在皇宮為皇帝守孝七天，七天之後還要待在各自的家中繼續為皇帝守喪戴孝二十天，滿二十七天，才能除去哀服。
皇帝去世之後，天下百姓要禁止宴樂嫁娶三個月，文武百官要禁止宴樂嫁娶半年。
皇室宗親五服之內要按照遠近親疏為皇帝守孝，九個月、十二個月、十七個月、二十二個月、二十七個月不等。
拓跋巨集提出，他要遵照古禮，為太后守孝3年。
守孝三年，實則27個月。在這27個月之內，不參與任何娛樂活動，不能婚嫁，夫妻不能同房等等。
拓跋巨集之所以這樣做，除了對太后那獨特而偉大的人格魅力所折服之外，還有一個重要原因，他希望透過喪禮的形式，將漢族的封建禮儀文化、忠孝仁義以身示範地落到實處；同時，拓跋巨集也想透過葬禮向文武大臣表明自己的態度，那就是將以更迅速更堅決更徹底的方式將太后的改革方略執行到底。
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