科學藉以掌握事物的手段是邏輯概念和推理，可是，思維憑藉這些邏輯手段不可能"達到存在的深不可測的淵源"。《悲劇的誕生》第15節。對於人生的探索不能靠抽象的邏輯思維，而要靠真切的心靈體驗。在科學精神支配下，人們憑概念指導生活，恰恰虛度了人生。參看《悲劇的誕生》第24節。
科學以人對外部世界中物的支配為鵠的，這種支配誠然也體現了人的主體作用。但是，一旦人僅僅按照對物的支配這個目的來建立自身的生命活動，他實際上就使自己服從於物，反而受物的支配了。所以，科學精神的統治的最嚴重後果就是使人喪失精神性，把自己降為純粹的生產者。尼采說："十七年來，我不知疲倦地揭露我們當代的科學追求的非精神化影響。科學的巨大範圍如今強加於每個人的嚴酷的奴隸狀態，是較完滿、較豐富、較深刻的天性找不到相應的教育和教育者的首要原因。"《偶像的黃昏》： 《德國人所缺如者》第3節。《尼采全集》第8卷，第110-111頁。尼采並非要抹煞科學本身的價值，相反，對於盧梭否定科學文化而提出"回到自然"的倒退主張，他是堅決反對的。問題在於，要恰如其分地看待科學的價值，它只具有工具價值。如果把科學當作目的本身，漫無止境地追求對物的支配，結果只能喪失人生本真的意義，使人成為物的奴隸。
尼采用來同科學精神相對立的恰是酒神精神。他說："貪得無厭的樂觀的求知慾與悲劇藝術的自我陶醉之間的鬥爭，是在現代世界的最高境界裡進行的。"〔3〕《悲劇的誕生》第16、19節。"今日我們稱作文化、教育、文明的一切，終有一天必將站在公正的法官酒神面前!"
〔3〕在尼采看來，科學精神是一種淺薄的樂觀主義，它使人浮在生活的表面，追求物質的繁榮，以這種繁榮給人生製造一種虛假的樂觀氣氛。他無限緬懷他想象中的古希臘人的生活方式，這是一種審美的生活方式，人們對人生的悲劇性有深切體驗，而從充滿生命熱情的藝術化的生活中尋求解救。
尼采的特點是強調生命本能與精神性之間的統一，他認為，生命本能愈健全，精神追求就愈強烈。所以，他始終把蘇格拉底哲學重邏輯性輕精神性的傾向看作本能衰退的徵兆。他一再說，蘇格拉底是"希臘衰亡的工具"，是"頹廢的典型"。在蘇格拉底那裡，"'理智'勝過了本能，而'理智'無論如何是一種破壞生命的危險力量"《看哪這人》。《尼采選集》第2卷，第437-438頁。。希臘哲學是希臘本能的衰退，蘇格拉底及其弟子柏拉圖是"希臘精神的頹廢派"，是"對古老高尚趣味的反動"。《偶像的黃昏》。《尼采全集》第8卷，第169、170頁。蘇格拉底之後，希臘人更熱心於邏輯和世界的邏輯化，變得更樂觀也更淺薄了。參看《自我批判的嘗試》第4節。《尼采選集》第1卷，第12-13頁。
科學對生命本能的破壞，最典型地表現在它的僕人學者身上。我們已經談到，尼采認為，學者型別的人因為長期從事科學工作，成了生命本能衰退、人性扭曲的畸形兒。
當然，許多偉大的科學家都是一些感情豐富、熱愛生活的人，而從事科學探索工作同樣也需要創造的**和直覺的稟賦。尼采感到不滿的是片面強調邏輯手段而忽視直覺的作用，他認為："在所有創造力旺盛的人物，直覺始終是一種積極創造的力量。"〔3〕《悲劇的誕生》第13、18節。尼采尤其反對誇大科學造福人類的力量，全人類把注意力放在發展科學事業上，而忽視了人生更根本的問題的探究。也就是說，他提出的是一個在現在的科學技術革命時代已經引起人們普遍深思的問題：究竟是科學為人服務，還是人為科學服務?
尼采希望，當我們看清科學本身的侷限性之後，我們心中能夠產生一種悲劇意識，掃除人類主宰萬物的幻夢，返回人生的根柢，探求人生的真諦。由此建立的"悲劇文化"，區別於科學至上的"蘇格拉底文化"，"其主要特徵是，智慧代替科學成為最高目的"。〔3〕科學仍然是不可缺少的，但是它應當服從於智慧--人生意義的探求。
"真正的世界"的寓言
哲學開始於理性的覺醒。理性覺醒的第一個徵兆就是對於感官的懷疑。我們感官所觸知的這個生成變化的世界是真正的世界嗎?在它背後還有沒有另一個常駐不變的世界，非感官所能觸知，然而更加真實呢?哲學家們冥思苦想，巴門尼德想出了那個不生、不滅、完整、唯一、不動的"存在"，柏拉圖想出了"理念世界"。直到近代，康德還在相信現象世界背後有一個"自在之物"的世界，黑格爾還在相信"絕對精神"的世界才是真正的世界。哲學始終與本體論結下不解之緣，這種本體論以構造"真正的世界"為唯一使命。